Главной задачей Корпуса жандармов, как следует из Положения 1881 г., была охрана государственного порядка и, вместе с ведомством дворцового коменданта, особы императора, членов императорской семьи и высших должностных лиц государства. Для предупреждения и искоренения всяких посягательств на то и другое в каждой губернии существовали жандармские управления, к которым впоследствии прибавились охранные отделения в С.-Петербурге, Москве, Варшаве, а затем и в других крупных городах. В 1907 г. по инициативе директора Департамента полиции М. И. Трусевича были созданы районные охранные отделения (по одному на несколько губерний). Кроме того существовали розыскные пункты и жандармско-полицейские управления железных дорог. Каждое из этих учреждений вербовало секретных агентов, организовывало наружное наблюдение, пользовалось перлюстрацией писем и нередко не брезговало ни провокацией, ни шантажом. Финансировалась эта работа, помимо бюджетных средств, еще и из секретного фонда Министерства внутренних дел, подотчетного лишь самому министру.
Познакомившись с деятельностью своего нового ведомства, В. Ф. Джунковский в первом своем приказе по Корпусу жандармов 6 февраля 1913 г. напомнил своим подчиненным слова императора Николая I, сказанные А. X. Бенкендорфу при учреждении Корпуса жандармов в 1827 г., как "священный завет милосердия, призывавший осушать слезы несчастных" 7. При этом В. Ф. Джунковский выразил надежду, что в офицерской среде Корпуса он встретит "те качества, которыми гордится русская армия, — а именно — дух товарищества, взаимного доверия и благородного прямодушия в отношении к начальникам, друг к другу и к подчиненным" 8.
Яркое и необычное выступление на полицейском поприще нового руководителя вызвало живейший интерес и резонанс во всех кругах общества. В своих воспоминаниях В. Ф. Джунковский подробно и с юмором описывает, как пытались залучить его в свой стан крайние монархисты во главе с князем В. П. Мещерским, приводит отклики оппозиционной прессы, одобрительные и недоверчивые.
Так, П. П. Рябушинский писал в своей газете "Утро России", что "истинно порядочный человек в частной жизни, В. Ф. Джунковский всецело перенес эту порядочность в область служебных отношений", а это явление "в России редкостное" 9. Другой журналист из той же газеты, И. Лопатин, со скептицизмом замечал: "…мы, обыватели, пытаемся угадать, кто кого раньше переделает на свой лад: жандармы своего начальника или начальник — жандармов"10.
В консервативных кругах приход В. Ф. Джунковского в Министерство внутренних дел встретили с большой настороженностью и опаской. Наиболее ярко это отразилось в переписке Д. А. Хомякова с К. Н. Пасхаловым, который для черносотенцев был патриархом и теоретиком одновременно. В своем письме Д. А. Хомяков заметил, что назначение В. Ф. Джунковского "заставляет почесать затылок", поскольку "очень уж ненадежный этот господин, хотя и любимец публики". К. Н. Пасхалов согласился с тем, что выбор "Джунковского в начальники всероссийской полиции действительно побуждает не только устремиться к затылку, но и душу направиться в пятку" 11.
У этих людей были серьезные основания для беспокойства. С первых же дней своей работы В. Ф. Джунковский обнаружил множество таких вещей, с которыми он не мог мириться. Прежде всего он решил покончить с анонимными письмами, поступавшими к нему в огромных количествах. Он объявил, что не будет их читать, как не читал в Москве.
Первым ответственным делом В. Ф. Джунковского на новом посту была организация охраны императора и царской семьи во время их путешествия по русским городам в связи с празднованием 300-летия дома Романовых в мае 1913 г. Маршрут проходил через Владимир, Суздаль, Боголюбово, Нижний Новгород, Кострому, Ярославль и Москву, и В. Ф. Джунковский постоянно сопровождал Николая II. Записи, которые он сделал в это время, дали ему возможность красочно и подробно рассказать в воспоминаниях о том, как проходили встречи царя с народом.
Романовские торжества были ярким событием в деятельности В. Ф. Джунковского и скоро сменились рутинной работой в министерстве. Теперь делом первостепенной важности стала реформа полиции и борьба с порочными методами ее работы, прежде всего с провокаторством.