Главный исполнительный орган назывался диван, состоявший из нескольких палат, ведающих финансовой, налоговой, торговой, внутриполитической и другими сферами государственной жизни. Курилтаи – традиционные представительные съезды – в Орде быстро потеряли ту роль, которую они играли в Монголии. Ханская власть в Орде снизу никем не ограничивалась.
Своеобразно развивались политические и дипломатические отношения между Русью и Ордой. Русские князья получали право на княжение в ханской ставке. Имели место карательные походы на Русь и грабительские набеги бесконтрольных кочевых отрядов. Но в то же время и Русь обладала каналами политического и духовно-идеологического влияния на Орду. Особую роль играла русская православная церковь через открывшуюся в 1261 году в Сарае епархию.
В начале XVI века дикая степь начиналась за старой Рязанью на Оке и за Ельцом на Быстрой Сосне – притоке Дона. Крымские татары владели в совершенстве тактикой набегов, выбирая путь по водоразделам. Главным из их путей к Москве был Муравский шлях, шедший от Перекопа до Тулы между верховьями рек двух бассейнов, Днепра и Северного Донца. Углубившись в населённую область на 100–200 километров, крымцы поворачивали назад и, развернув от главного отряда широкие крылья, занимались грабежом и захватом людей. Пленники продавались не только в Турцию, но и в европейские страны. Крымский город Кефе был главным невольничьим рынком.
Ежегодно Москва собирала весной до 65 тысяч ратников, чтобы они несли пограничную службу на берегах Оки до глубокой осени. Для защиты страны применялись укреплённые оборонительные линии, состоящие из цепи острогов и городов, засек и завалов. На юго-востоке древнейшая из таких линий шла по Оке от Нижнего Новгорода до Серпухова, отсюда поворачивала на юг до Тулы и продолжалась до Козельска. Вторая линия, построенная при Иване Грозном, шла от города Алатыря через Шацк на Орёл, продолжалась до Новгорода-Северского и поворачивала к Путивлю. При царе Фёдоре возникла третья линия, проходящая через города Ливны, Елей, Курск, Воронеж, Белгород. Первоначальное население этих городов состояло из казаков, стрельцов и других служивых людей. Большое количество казаков находилось в составе сторожевой и станичной служб, которые наблюдали за движением крымцев и ногаев в степи.
Тысячи людей, живущих в пограничье, становились жертвами набегов. Безусловно, это являлось тяжким бременем для государства и мешало его социально-экономическому развитию. Набеги кочевников препятствовали хозяйственному освоению южных регионов страны, где почва была лучше, а сельскохозяйственный сезон продолжительнее, чем в северных регионах. Были фактически перерезаны старинные торговые пути, соединяющие Россию с регионами Чёрного и Каспийского морей. В первой половине XVII века, в результате развития поместной системы, в России оформилось крепостное право.
В начале XVII века в России начинается Смута. В сентября 1609 года, воспользовавшись предложением некоторых бояр поставить на царство в Москве польского королевича Владислава, польский король Сигизмунд-III осадил Смоленск. Вышедшее весной 1610 г. на выручку Смоленска, русское войско под командованием князя Дмитрия Шуйского, было атаковано и разбито у деревни Клушиной польскими войсками гетмана Жолкевского. После того, как Жолкевский двинулся к Москве, боярская дума вступила в переговоры с королём, соглашаясь признать своим царём Владислава на условиях сохранения самостоятельности московского престола и принятия Владиславом православия. В ночь с 20 на 21 сентября Жолкевский занял Москву. Смоленск также был взят поляками после полуторагодичной осады. В 1611 г. донские казаки под предводительством князя Трубецкого двинулись к Москве и оттеснили поляков в Кремль, а в августе 1612 г. появилось у Москвы нижегородское ополчение под командованием Пожарского, благодаря которому 22 и 24 августа были разбиты у стен Москвы польские подкрепления Ходкевича, которые в панике отступали по смоленской дороге. Последствием победы Пожарского была сдача в плен поляков, находившихся в Кремле. В январе 1613 г. в Москву съехались выборные от всех сословий, включая крестьян. Собор (то есть всесословное собрание) был один из самых многолюдных и наиболее полных. Здесь были представители даже чёрных волостей, чего не бывало прежде. Выставлено было четыре кандидата: Василий Шуйский, Иван Воротынский, Дмитрий Трубецкой и Михаил Романов. 7 февраля царём был избран Михаил Фёдорович Романов. С избранием царя Смута закончилась. Но правительству предстояло выполнить сложные задачи по преодолению розни и восстановлению государства и государственного порядка.