Ян Длугош. Художник Антонуш Грамматика, 1878 г.
Наиболее известное сочинение Длугоша – это «Анналы, или Хроники великих королей Польши» в 12 книгах, обычно называемые «Хроникой Длугоша». Они писались с 1455 по 1480 год на латинском языке по образцу сочинения Тита Ливия. Первая редакция «Хроники» составлена была в 1458–1461 годах, но впоследствии неоднократно редактировалась и дополнялась. Повествование начинается от библейских времен и доводится до 1480 года – года смерти Длугоша. Впервые «Хроника» была опубликована в 1614 году в сокращенном виде, а полностью – только в 1711–1712 годах. Длугош называет Леха, мифического отца и прародителя поляков, современником императора Карла Великого, а Руса, столь же мифического отца и прародителя русских, – племянником Леха. Длугош использовал материалы государственных и церковных архивов, польские, чешские и венгерские хроники, русские и литовские летописи, «Прусскую хронику» Виганда Марбургского, «Хронику пап и императоров» Мартина Опавского, «Церковную историю» Птолемея из Лукки, «Историю великой схизмы» Дитриха из Нихайма, жития святых, народные предания, мемуары Збигнева Олесницкого, которому Длугош посвятил свой труд, а также свидетельства очевидцев и участников событий. Он собрал практически все доступные тогда сведения о прошлом Польши. В посвятительном письме памяти Олесницкого Длугош сообщал о намерении «обратить труды моих стараний к похвале, превосходству и славе благословенной Троицы, к величию истинной веры и во украшение и прославление нашего отечества и тебя самого, я взялся письменно изложить память о погодных событиях польских и прочих соседних с Польшей народов, охватив деяния, совершённые в мире и на войне, желая даровать спящему и покрытому долговременным мраком людскому праху известность и память и представить отдельным читателям и слушателям их деяния; не полагаясь на возможности таланта (ибо он мал и скуден, и для совершения настоящего труда слаб и недостаточен, чтобы можно было прославить и украсить славные деяния героев и выдающиеся победы) и не в намерении превзойти простое повествование древних манерой изложения, но потому что скорблю, что многие славные и достойные известности деяния и предыдущих, и наших времён уйдут в вечное забвение (ибо существуют выдающиеся и достойные упоминания деяния некоторых сиятельных польских мужей, касающиеся то ли мира, то ли войны, обременённые достойными примера событиями, в которых можно обнаружить мечи, обагрённые из-за слепой жажды власти братской или родственной кровью, а также смуты, мятежи, различные изгнания, различные потрясения общественной жизни и избиения вельмож и граждан, требующие, чтобы их осветили светом поэмы)». Некоторые из использованных им летописей и хроник до наших дней не дошли. Длугош также является автором жизнеописаний святого Станислава и святой Кинги; каталогов и жизнеописаний польских епископов и книги имений краковской церкви и трактата «Знамена пруссов» – о трофейных знаменах Грюнвальдской битвы.