Невероятные истории сопутствовали жизни и карьере Кусто. Например, учёный и его помощники утверждали, что в глубинах озера Титикака на высокогорном плато в Южной Америке обитают «гигантские черепахи». Поиск продолжался, время уходило, но ни одна черепаха не соблаговолила показаться. Тогда Кусто приказал выпустить в озеро нескольких привезённых издалека черепах и заснять их. Правда это или нет? Поклонники капитана отвергают эту историю как клевету, противники — и среди них бывшие сотрудники — клянутся, что так оно и было.
На протяжении многих лет Симона была для Жак-Ива соратником, помощником, верным другом и только в последнюю очередь женой. «Первая леди» «Калипсо» и первая в мире аквалангистка, она исполняла все поручения Кусто, занималась перепиской, вела переговоры с банкирами и промышленниками, когда требовалось раздобыть средства на очередные исследования. Симона пользовалась любовью всего экипажа «Калипсо»; её с нежностью называли Пастушкой — она заботилась о том, чтобы все были сыты и здоровы.
Дети Жак-Ива и Симоны пошли по стопам отца. Кусто в юности учился в американской школе и своих детей тоже отправил в школы США. Жан-Мишель, менее знаменитый участник плаваний на «Калипсо», стал инженером-кораблестроителем, позже занимался в США образовательными проектами в области биологии моря. Филипп Кусто, аквалангист и писатель, которому супили яркое будущее в морских исследованиях и журналистике, погиб в 1979 году во время приводнения гидросамолёта.
Симона тяжело переживала гибель сына. Она пристрастилась к алкоголю. Жак-Ив нашёл утешение у Франсины Трипле. Они познакомились в 1976 году. Молодая очаровательная стюардесса «Эр Франс» годилась знаменитому исследователю во внучки — разница в возрасте между ними составляла почти сорок лет. Франсина своей энергией и оптимизмом заражала всех вокруг, и рядом с ней Кусто как будто помолодел.
Свой роман Кусто тщательно скрывал от жены — он не решался на развод. Только после смерти Симоны Франсина стала мадам Кусто. Соблюсти все формальности было необходимо хотя бы потому, что у них росли дети: Диана и Пьер-Ив должны были иметь такие же права на наследство, как и их сводный брат.
Кусто умел привлечь внимание к своей персоне. Если на собраниях во Французской академии наук он появлялся в академической мантии, то на церемонии в Брюсселе, когда Свободный университет Брюсселя присвоил ему звание почётного доктора, Жак-Ив вышел на сцену в свитере, джинсах и кроссовках.
Будучи директором Океанографического музея Монако, он запустил в аквариум дельфинов и дал им запоминающиеся прозвища. Посетители выстраивались в очередь у входа в музей, чтобы полюбоваться подводными пейзажами и жизнью морских обитателей. На крыше здания музея он открыл кафе и бар с безалкогольными напитками.
Человек-легенда, самый знаменитый француз XX века ушёл из жизни 25 июня 1997 года. Кусто оставил после себя огромную империю, подчинённую делу исследования и спасения морей и океанов планеты. За несколько лет до смерти он назвал полноправной преемницей своего дела Франсину. Она возглавила фонд Кусто, куда входят две ассоциации — американская «Кусто сосайети» и французская «Экип Кусто».
В последнее время вышло очень много воспоминаний, эссе и мемуаров, в которых жизнь великого морского исследователя расследовалась чуть ли не по часам.
С разоблачениями выступил Вольфганг Ауэр, один из членов команды «Калипсо». Бывший водолаз утверждал, что Кусто издевался над животными. К примеру, чтобы заснять схватку между акулам и, их натравливали друг на друга, нанося чувствительные раны. В одном из фильмов Кусто есть эпизод, в котором детёныша кита на части разрывает стая акул. На самом деле выловленного заранее китёнка изуродовали и бросили на растерзание хищникам. Осьминога, упорно не желавшего двигаться по палубе, по указанию капитана Кусто облили едким раствором, и тогда животное задёргалось в конвульсиях.