Аграрная реформа и расправа с мамлюками подготовили реформу армии. Это была долгая и трудная работа. Первоначально опорой Мухаммада Али служили албанские и африканские отряды. С середины 1820-х годов он начал комплектовать армию из египетских крестьян. Обучением регулярных войск занимались иностранные военные специалисты. В Асуане Мухаммад Али создал большой учебный лагерь, где тысячи молодых египтян и суданцев проходили военное обучение под руководством французских и итальянских инструкторов. Наряду с этим он организовал военные школы для подготовки командного состава: пехотную школу в Дамиетте, кавалерийскую - в Гизе, артиллерийскую - в Туре. В 1826 году была образована даже академия генерального штаба. Вся организация армии строилась по образцу наполеоновской. На арабский язык были переведены французские военные уставы. Мухаммад Али старался снабдить своих солдат самым современным оружием, в том числе первоклассной артиллерией. В первые годы оружие полностью закупалось в Европе, потом его стали частично производить в Египте. К 30-м годам XIX века регулярная египетская армия достигла внушительных размеров и насчитывала в своих рядах около 180 тысяч солдат. Не ограничиваясь сухопутными силами, Мухаммад Али решил создать национальный египетский флот. Сначала он закупал корабли за границей, а в 1829 году заложил большую верфь в Александрии. Строительство кораблей здесь пошло исключительно быстрыми темпами - первый стопушечный корабль сошёл на воду уже в январе 1831 года.
Реорганизация армии потребовала создания новых фабрик и мануфактур. Так, при Александрийской верфи были устроены литейные цеха, кузницы, слесарные мастерские и мануфактура парусных холстов. Новые фабрики возникли в Каире и Розетте. Кроме того, были построены чугунолитейный завод с годовой производительностью 2 тысячи тонн чугуна, три ружейных завода, созданных по передовым французским образцам, селитровые и пороховые заводы. Для нужд армии и флота основывались фабрики хлопчатобумажных, льняных и суконных тканей, канатные заводы, фабрики фесок.
Мухаммад Али уничтожил мамлюкскую административную систему, допускавшую произвол провинциальных губернаторов-кашифов, и создал новый, централизованный и организованный по европейскому образцу государственный аппарат. Важную роль в нём играли министерства с чётким разделением функций. Военное министерство руководило армией и флотом. Министерство финансов собирало налоги. Министерство торговли ведало государственными монополиями (ему принадлежала также монополия внешней торговли). Министерство народного просвещения основывало школы и посылало студентов за границу обучаться европейским наукам. Наконец, были созданы министерства иностранных и внутренних дел. Страна была разбита на семь провинций - мудирий. Во главе каждой из них стоял губернатор-мудир, подчинённый центральному правительству. Он не только выполнял административные функции и собирал налоги, но также управлял правительственными фабриками и мануфактурами, следил за состоянием каналов, мостов, дорог, обеспечивал своевременный посев и сбор сельскохозяйственных культур.