Самому Юстиниану пришлось утверждать власть не только законом, но и прямым насилием. Следует отметить, что в первые века византийской истории население столицы ещё не имело к своим василевсам того почтения, которое установилось позже. Столичные жители, особенно на ипподроме во время ристалищ, не смущались выкрикивать своё нелестное мнение о правителях, а бывало чернь бралась за оружие. Императоры Зинон и Анастасий многие годы вели с константинопольцами форменную войну и отсиживались в своих дворцах, словно в осаждённых крепостях. Юстиниану пришлось столкнуться с той же проблемой. В январе 532 года в Константинополе началось мощное восстание, известное в истории как «Ника». Солдаты столичного гарнизона отказались поддерживать императора. К счастью для Юстиниана, из Персии как раз прибыл большой отряд под командованием лучшего полководца той эпохи Велисария. Он внезапно напал на жителей столицы, когда они собрались на городском ипподроме. В результате страшной резни было перебито около тридцати тысяч человек. Неслыханная жестокость, с которой подавили выступление, надолго устрашила византийцев. Дальше, почти до самой смерти, Юстиниан правил спокойно.
Всё царствование этого императора прошло в ожесточённых войнах с варварами и соседями. Он мечтал расширить пределы своей державы до границ прежней Римской империи. И хотя его планы осуществились далеко не полностью, масштабы сделанных при нём завоеваний были впечатляющие. В 532 году Юстиниан сосредоточил свои усилия на возвращении захваченной вандалами Африки. В 533 году на шестистах судах в Африку отправилось 15-тысячное войско под командованием Велисария. В сентябре римляне высадились на африканском берегу, осенью и зимой 533/534 годов под Дециумом и Трикамаром король вандалов Гелимер был разбит. В марте 534 года он сдался Велисарию.
Сразу вслед за тем началась Итальянская война. Летом 535 года две небольшие, но хорошо обученные и оснащённые армии вторглись в пределы Остготской державы: Мунд захватил Далмацию, а Велисарий - Сицилию. С запада Италии грозили подкупленные римским золотом франки. Устрашённый король готов Теодат начал было переговоры о мире и соглашался уже отречься от престола, но в конце года Мунд погиб в стычке, а Велисарий спешно отплыл в Африку на подавление солдатского мятежа. Теодат, осмелев, прервал переговоры и заключил под стражу императорского посла.
Мятеж в Африке был вызван решением Юстиниана присоединить все земли вандалов к фиску, между тем как солдаты надеялись, что император разделит их между ними. Легионы восстали, провозгласив командующим простого солдата Стоцу. Почти вся армия поддержала его, и Стоца осадил Карфаген, где заперлись немногочисленные верные императору войска. С прибытием Велисария мятежники отступили от города, но война на этом не утихла. Собрав под свои знамёна рабов и уцелевших вандалов, Стоца ещё десять лет боролся против императорских войск. Окончательно страна была покорена только к 548 году. К этому времени, по словам Прокопия, Африка оказалась до такой степени разорённой, что встретить там человека на протяжении долгого пути, было делом нелёгким и даже примечательным. А между тем до войны в этой богатейшей провинции одних вандалов проживало около восьми миллионов человек, не считая потомков тех, кто прибыл сюда во времена римского владычества. Вина за этот ужасающий разгром целиком лежала на императоре, который, не позаботившись о прочном обеспечении своей власти, спешно отозвал из Африки Велисария, совершенно безосновательно возведя на него обвинения в тирании. После этого он немедленно послал оценщиков земли и наложил прежде небывалые и жесточайшие налоги. Земли, что получше, он присвоил себе, стал преследовать ариан, а солдатам перестал платить жалованье. Возникший вследствие этих причин мятеж и привёл к конечному разорению страны.
Одновременно с Африканской войной продолжалось завоевание Италии. Зимой 536 года Велисарий вернулся на Сицилию. В середине ноября римляне штурмом взяли Неаполь. Готский король Теодат был убит заговорщиками, а престол захватил Витигас. Но эта перемена уже не могла спасти готов. В ночь с 9 на 10 декабря 536 года Велисарий вступил в Рим. Попытка Витигаса отбить город, несмотря на более чем десятикратное превосходство в силах, оказалась неудачной. В конце 539 года Велисарий осадил Равенну, а следующей весной столица готов пала. Они предложили Велисарию быть их королём, но полководец отказался. Тем не менее подозрительный Юстиниан отозвал Велисария из Италии и отправил сражаться с персами, которые в 540 году внезапно напали на восточные провинции Византии. Следующие десять лет, когда империи пришлось одновременно вести три тяжёлые войны, были самыми трудными в царствование Юстиниана.