В начале 1093 года король, находившийся в Глостере, опасно заболел Вильгельм Рыжий слег и вынужден был послать за Ансельмом. После беседы с Ансельмом король выпустил эдикт, объявляющий общую амнистию для всех узников всех тюрем, прощение всех долгов и забвение всех обид, нанесенных величеству. Кроме того, король обещал хорошие и божеские законы и назначил Ансельма архиепископом.
Ансельм сопротивлялся этому назначению, говорил, что он уже стар и не справится. Тогда епископы, потеряв терпение, схватили его под руки, силой подволокли к постели короля и вытянули его правую руку вперед — для посоха, но Ансельм так крепко сжал ее, что им не удалось разогнуть его пальцы, и они символически (но очень сильно — Ансельм закричал от боли) прижали посох к его кулаку. Все это было в первую пятницу Великого поста, 6 марта 1093 года.
Но полному утверждению в качестве архиепископа предшествовала еще масса формальностей, которые, впрочем, не всегда были пустыми формальностями: требовалось согласие нормандского герцога Роберта, архиепископа руанского и бекских монахов. Так что дело затянулось. За это время Вильгельм выздоровел и, конечно же, пожалел о поспешно данных обещаниях. И сразу же стал их нарушать одно за другим, амнистию отменил, долги возобновил, все судебные тяжбы короны, приостановленные глостерским эдиктом, повел с новой силой.
Летом того же года, встретившись с королем в Рочестере, Ансельм поставил ряд условий, на которых соглашался стать во главе английской церкви. Все владения кентерберийской церкви, захваченные королем за четыре года, должны быть ей возвращены, а в религиозных делах король обязан советоваться с ним. Король в присутствии свидетелей ответил, что земли он вернет, все же остальное будет делать по своему усмотрению. Вильгельм пригласил Ансельма в Виндзор, где тогда находился двор, и предложил ему архиепископство, прося при этом, правда, оставить короне часть земель, уже розданных им за эти годы своим вассалам. Ансельм отверг сделку. Король же был так поражен и раздражен его отказом, что дело снова затянулось.
Наконец, под давлением общественности был достигнут компромисс, и Ансельма в Винчестере привели к королевской присяге (вторая часть акта инвеституры, первая — посох и обычно еще кольцо). 6 сентября он приехал в Кентербери и был интронизирован, а 4 декабря 1093 года был посвящен архиепископом Йоркским в присутствии почти всех епископов Англии.
По старому обычаю, на плечи вновь посвящаемого прелата возлагали раскрытую наугад книгу Евангелия таким образом узнавали омен (предзнаменование) его предстоящего служения. Ансельму выпало место из Луки: «И когда наступило время ужина, послал раба своего сказать званым идите, ибо уже все готово. И начали все, как бы сговорившись, извиняться». Вскоре отношения между королем и Ансельмом расстроились Руф строил планы против своего брата Роберта, готовил поход в Нормандию и очень нуждался в деньгах. Все вассалы дарили ему крупные суммы. Ансельм, поколебавшись, тоже внес свои 500 марок серебра, и король сначала их принял. Но после злые языки нашептали королю, что если он откажется от этого приношения, то сможет получить большую сумму денег. Ансельм же и не думал увеличивать взнос, он, наоборот, очень обрадовался, что на его душе не будет висеть такой неприятный грех, как взятка, и, поблагодарив Бога, раздал деньги бедным.
Вскоре после этого он снова встретился с Вильгельмом и его знатными вассалами — в феврале 1094 года, в Гастингсе, где король ожидал попутного ветра для отплытия в Нормандию, на войну с братом.
Ансельм решил побеседовать с королем об улучшении церковных дел. Но когда Ансельм заговорил о вакантных аббатствах — а это прямо касалось собственности и доходов, — Вильгельм заявил, что он не нуждается больше в его молитвах и благословении. Ансельм сразу же уехал. В 1097 году король предпринял неудачную карательную экспедицию против Уэльса. Ансельм, как и все вассалы короля, посылал для кампании солдат и деньги.
После поражения он получил нарекание за плохую подготовку посланных им войск и был вызван в королевский суд. Но Ансельм не стал отвечать на этот вызов и вместо того попросил у короля разрешения съездить в Рим, к папе — за отпущением грехов и советом.
При прощании Ансельм, казалось, растрогался, да и королю было не по себе. Ансельм спросил Вильгельма, хочет ли он принять его прощальное благословение Руф согласился, Ансельм благословил его, и так они расстались 15 октября 1097 года.
Ансельм вернулся в Кентербери, простился с монахами, взял с алтаря страннический посох и суму и отправился в Дувр. Вильгельм Рыжий, как только он отбыл, сразу же вновь захватил имение церкви и пользовался им до смерти.
В ноябре 1097 года Ансельм начал свое зимнее путешествие в Италию. С ним были двое его друзей Болдуин из Турне и Эдмер Кентерберийский. Они останавливались в монастырях. Рождество встретили в Клюни, где у Ансельма был друг, аббат Хуго, некогда начальник приора Хильдебранда, а потом советник папы Григория VII, а остаток зимы провели в Лионе, у другого Хуго.
Весной Ансельм и его спутники под видом простых монахов оказались в Италии. В Северной Италии они путешествовали инкогнито, поскольку там было еще небезопасно, рыскали банды антипапы Климента, который будто бы даже заказал портрет Ансельма и раздал его своим молодцам. Пасху праздновали в небольшом монастыре Св. Михаила близ Кьюзо и в нужное время добрались до Рима.
Папа Урбан II встретил их очень ласково, с максимальными почестями. Он поселил Ансельма в покоях собственной резиденции — Латеранского дворца и обращался с ним в высшей степени уважительно и предупредительно, везде появляясь в его обществе и неизменно расхваливая мудрость и добродетели Ансельма.
Летом в Италии очень жарко, и престарелому Ансельму было небезопасно находиться в Риме (ему исполнилось уже 65 лет). Очень кстати оказалось приглашение от аббата Иоанна, бывшего бекского студента-итальянца, провести самые жаркие летние месяцы в его обители, в горах. Папа одобрил эту идею, и он отправились к аббату Иоанну (в монастырь Сан-Сальваторе, Спасителя в Телез близ Беневента). Поскольку в самом Телезе было тоже невыносимо жарко, аббат посоветовал им поселиться в горной деревушке — владении монастыря под названием Склавия, где Ансельм провел лето.
Там он завершил свое основное догматическое сочинение о воплощении «Почему Бог стал человеком?». Ансельм на несколько дней ездил в военный лагерь нормандского герцога Апулии Роджера. Пригласили его сам герцог и папа, который в эти дни тоже собирался быть там. Герцог в это время осаждал Капую, жители которой прогнали своего нормандского правителя и хотели избавиться от иноземного господства. Ансельм снискал большую популярность мягкостью манер и ласковым обращением у солдат. Ансельм и папа Урбан II пробыли там до конца осады, и когда Капуя была взята нормандцами, отправились в Аверсу. Там их настигли известия из Англии о новых бесчинствах Вильгельма Рыжего то он отобрал опять имущество церкви и пускает по миру клириков, то он за взятку разрешил родителям выкрещивать обратно иудейских юношей, обращенных в христианство.
Ансельм опять стал просить папу освободить его от архиепископата. Папа не соглашался, уговаривал его потерпеть для общего блага и пригласил на собор в Бари, намеченный на осень, а покуда они расстались папа поехал в Рим, а Ансельм — в Склавию.
Собор в Бари начался 1 октября 1098 года. Он был посвящен вопросам «точного истолкования веры». Вопрос был, собственно, не о Троице, а о том, откуда исходит Святой Дух. Исхождение Святого Духа — это одна из важнейших христианских доктрин. Этот вопрос стал одним из главных пунктов догматического расхождения между православием и католичеством.
В конце XI века, тезис об исхождении Святого Духа от Отца и Сына был в западной церковной догматике азбучным. Так что теперь на соборе в Бари защита этого тезиса была скорее делом элоквенции — хотя в средние века критерии красноречия в целом несколько сместились от идеала красивой звучности в сторону состоятельности, внятности и проверяемости.
Ансельм произнес речь, дошедшую до нас под названием «Об исхождении Св Духа, книга против греков». На всех речь Ансельма произвела большое впечатление — он был хорошим лектором и нравился обычно приятными манерами, так что, когда собор узнал о его «тяжбе» с Вильгельмом Рыжим, все возмутились и стали требовать отлучения Рыжего, которое неминуемо последовало бы, как считает Эдмер, если бы не вмешательство благородного Ансельма.