Петр пытался обуздать своих вельмож. Так было начато следствие против воронежского вице-губернатора Колычева из-за растрат и лихоимства; потом следствие против Меншикова, населившего свое малороссийское имение посторонними людьми и начавшего захватывать чужие земли; и, наконец, взялись и за Шафирова. Дело в том, что Шафиров поддерживал в Сенате клан Долгорукого и Голицына против клана Меншикова и обер-прокурора Скорнякова-Писарева, который и обвинил Шафирова в покушении на воровство.
Началось с того, что Шафиров обвинил Меншикова в том, что тот «начал прирезать себе соседние участки, а казаков, которые этому противились, сажал за решетку». Могущественный Меншиков натравил на Шафирова своего друга обер-прокурора. Тот заявил, что Шафиров добивался, чтобы его брату Михаилу при переходе с одной службы на другую выдали лишнее жалованье, и подводил его под закон об иноземцах. Обер-прокурор уточнил, что Шафировы «никакие не иноземцы, а жиды» и дед их «был в Орше «шафером», то есть домоправителем. По словам Скорнякова-Писарева, отсюда и пошла их фамилия Шафировы. Это разозлило дипломата, а обер-прокурор продолжал дразнить и провоцировать его. Когда в сенате обсуждалось дело о почте, руководимой Шафировым, обер-прокурор настаивал, чтобы Шафиров покинул зал, поскольку царский указ предписывает судьям выходить из присутствия во время слушания дел, которые касаются их самих либо их родственников. Шафиров вышел из себя, назвал обер-прокурора вором, вступил в перепалку с Меншиковым и Головкиным. Тогда они покинули зал и заявили, что Шафирова следует лишить звания сенатора. Сегодня это назвали бы лишением депутатской неприкосновенности. Обер-прокурор подал жалобу: «Оной Шафиров… на безгласно шумнаго меня вынимал шпагу и хотел заколоть, но не допустили до того тут будущие». Кстати, этот обер-прокурор был и в других делах весьма подлой личностью: пятью годами ранее он отметился зверской расправой над окружением Евдокии Лопухиной.
Вернувшийся из Персидского похода Петр в конце 1722 года созвал в Преображенском суд из сенаторов и высших военных начальников, который и приговорил Шафирова к смертной казни. Это было посерьезнее, чем избиение кнутом проштрафившегося Колычева. Исполнение приговора было назначено на 15 февраля 1723 года. И казнь была подготовлена в Московском Кремле по всем правилам. Можно себе представить, что испытывал успешный дипломат и сочинитель дипломатических трудов, когда взошел на эшафот и положил голову на плаху. В этот момент Шафирову дважды сказочно повезло. Наносивший удар палач промахнулся, а потом кабинет-секретарь Макаров провозгласил, что за прежние заслуги Шафирова царь дарует ему жизнь и заменяет смертную казнь ссылкой в Сибирь.
Чудо чудом, но Шафирова пришлось откачивать и пускать ему кровь. Он был, как выяснилось из его слов, не столько напуган близостью смерти, сколько потрясен публичным позором, который ему пришлось пережить: «Лучше было бы, если бы мне пустил кровь палач, и с нею истекла моя жизнь».
После лечения от потрясения дипломата отправили в Сибирь, но на полдороге остановили и по царской милости оставили «на жительство» в Нижнем Новгороде «под крепким караулом». Там ему вместе со всеми домочадцами отпускали на содержание 33 копейки в день. Наступили годы бедности и лишений. Семейству дипломата оставалось лишь вспоминать свой роскошный дом на Невке и приемы в огромных залах этого дворца, которые они устраивали. Знавшие Шафирова дипломаты, русские и иностранные, из сострадания и уважения посылали ему средства на содержание. За него даже вступилась царица Екатерина. Однако Петр I, вконец обозленный придворными интригами и правонарушениями, считал, что он и так сделал для Шафирова очень много – и казнь отменил, и до Сибири не допустил. Случай с раздорами в Сенате заставил Петра издать закон о наложении штрафа за неприличное поведение в присутственном месте.
Враги Шафирова тоже пострадали, хотя и гораздо меньше: коварный обер-прокурор лишился должности и своих имений, но взамен получил должность смотрителя работ на Ладоге; сенаторов Долгорукого и Дмитрия Голицына присудили к денежному штрафу и шести месяцам тюрьмы, но по просьбе Екатерины простили.