В 1273 году монгольским войскам удалось захватить крепости Фаньчэн и Сяньян в провинции Хубэй. В январе 1275 года они смогли перейти на южный берег реки Янцзы и овладеть провинциями Аньхой, Цзянсу, Цзянси и Чжэцзян. Сунская пехота не выдерживала натиск монгольской конницы. 21 февраля 1276 года последний сунский император, четырехлетний мальчик Гун Ди, в окруженной неприятелем столице Линьане отрекся от престола в пользу Хубилая. Еще через три года было подавлено сопротивление последних китайских отрядов в провинциях Фуцзянь, Гуандун и Цзянси.
Хубилай перенес столицу империи в Ханбалык (Пекин). Он попытался также завоевать Корею, Вьетнам и Бирму. В 1282–1283 годах монгольские войска при поддержке китайских отрядов захватили Бирму и разместили в стране гарнизоны. Контроль над Бирмой империя Юань в той или иной степени сохраняла до 1330-х годов. А вот господство во Вьетнаме на длительный срок монголам установить не удалось. Весной 1287 года под натиском 70-тысячной монголо-китайской армии и флота из 500 кораблей вьетнамские войска оставили Ханой, но вскоре нанесли захватчикам поражение и вытеснили их из страны. Этому способствовала победа вьетнамского флота. Китайский флот спешно сбросил провиант в море и отплыл к острову Хайнань. Монгольская армия, оставшись без снабжения, вынуждена была уйти из Индокитая.
В 1292–1293 годах была сделана попытка завоевать Яву. Сюда прибыл 20-тысячный экспедиционный корпус на тысяче судов. Он легко справился с войсками яванских князей, враждовавших друг с другом. Но начавшаяся партизанская война вынудила юнаньские войска отступить к побережью, а затем отплыть восвояси с не слишком богатой добычей на полмиллиона медных монет. Ранее, в 1274 и 1281 годах, из-за тайфунов провалились морские экспедиции против Японских островов.
В Китае монголы составляли лишь незначительную часть населения. В 1290 году в империи Юань насчитывалось 58 835 тысяч человек, из которых монголов было не более 2,5 миллиона человек. Во времена же Чингисхана, по некоторым оценкам, монголов было не более одного миллиона. Основная масса китайцев, равно как и рядовых общинников – монголов, жили в крайней бедности. Господствующее положение занимала монгольская и сблизившаяся с ней китайская аристократия, а также мусульманские купцы – уйгуры, персы и арабы. В 1351 году в Северном Китае началось восстание китайских крестьян и феодалов, известное как «восстание красных повязок». При этом идейный вдохновитель восстания Хань Шань-тун был провозглашен потомком императоров династии Сун, а командующий армией Лю Фу-тун – потомком одного из сунских полководцев. В своем манифесте Хань Шань-тун утверждал: «Я скрыл яшмовую печать (один из символов императорской власти. – Авт.) за восточным морем, собрал в Японии отборное войско, поскольку бедность крайняя в Цзиннани (Китае), а все богатство скопилось к северу от Великой стены (т. е. в Монголии. – Авт.)».
В 1355 году повстанцы возродили государство Сун. Значительная часть северо-китайских феодалов выступили против государства Сун и в 1357 году при поддержке монголов создали армию во главе с киданьским полководцем Чахань Темуром и китайским полководцем Ли Сы-цзи. В 1358 году, когда армия Лю Футуна осадила монгольскую столицу Даду, именно китайские войска спасли монголов. Но вместо Даду повстанцы взяли город Бяньлян, бывший Кайфын, столицу империи Цзинь, и сделали ее своей столицей. Однако к 1363 году совместными действиями монгольских и тех северо-китайских войск, что сохранили верность династии Юань, восстание было подавлено.
В том же 1351 году в Южном Китае вспыхнуло другое восстание, подготовленное тайным обществом «Белого лотоса». Они не выдвигали лозунг восстановления у власти династии Сун, а создали в долине Янцзы свое собственное государство Тяньвань. В 1360 году один из вождей восстания Чэнь Ю-лян вместо Тяньвань основал новое государство Хань, унаследовавшее имя древнекитайской империи. В Центральном Китае восстание вспыхнуло в 1352 году в районе города Хаочжоу и также возглавлялось обществом «Белый Лотос». Среди повстанцев здесь довольно быстро выделился бывший буддийский монах Чжу Юань-чжан. Скоро отряд, который он возглавлял вместе со своим тестем купцом Го Цзы-сином, насчитывал уже 30 тысяч человек.
В отличие от крестьянских отрядов, войско Чжу Юань-чжана не грабило население, и в него охотно вступали представители всех классов общества. В апреле 1356 года армия Чжу Юань-чжана (Го Цзы-син к тому времени умер) овладела Цзицином (Нанкином). Затем она стала уничтожать или присоединять к себе другие повстанческие отряды Южного и Центрального Китая и вытеснять оттуда войска монгольской династии Юань. Формально Чжу Юань-чжан, как и другие участники восстания, признавал императора государства Сун Хань Линь-эра, сына погибшего в самом начале борьбы Хань Шань-туна, и получил от него титул главнокомандующего. В 1363 году войска Чжу Юань-чжана спасли императора Хань Линь-эра из осажденного монголами Аньфына (Лю Фу-тун погиб во время осады). Тот перенес свою ставку в находившийся под контролем Чжу Юань-чжана город Чучжоу.