Исаак Эммануилович был необычайно требователен к себе. Бытует легенда, что только один рассказ «Любка Казак» имел около 30 серьезнейших редактур, над каждой из которых писатель работал по нескольку месяцев. Очень часто он повторял: «Стилем-с берем, стилем-с. Я готов написать рассказ о стирке белья, и он, может быть, будет звучать, как проза Юлия Цезаря». Свои произведения Бабель писал в небольшой комнате с огромными окнами. Он никогда не имел пишущей машинки, да и попросту не умел на ней печатать. Писал он пером и чернилами. Рукопись Исаак Эммануилович хранил в нижнем ящике платяного шкафа. И только дневники и записные книжки находились в тяжелом металлическом ящике с замком. Обычно у него под рукой были нарезанные листочки 10×15 см, на которых он записывал свои рассказы.
В 1923–1924 годах Бабель работал над циклом «Одесских рассказов», которые стали вершиной его творчества. В это время писатель переживал настоящий душевный кризис: «Почему у меня непроходящая тоска? Потому что я на большой, непрекращающейся панихиде», – писал он в дневнике. Выход из душевного и творческого кризиса он нашел в гиперболизированном, почти мифологическом городе, населенном персонажами, в которых, по словам писателя, есть «задор, легкость и очаровательное то грустное, то трогательное чувство жизни». Одесса и ее реальные жители – Мишка Япончик, Сонька Золотая Ручка – в воображении писателя превратились в художественно достоверные образы: Бени Крика, Любки Казак, Фроима Грача. Подробно рассказывая о жизни одесского криминала, он очень часто примерял их жизнь на себя. Для того, чтобы окунуться в атмосферу одесских будней, Бабель снимал комнату на Молдаванке у старого еврея Цириса, который был наводчиком у бандитов и получал свой «карбач» от каждого грабежа. По легенде, именно там и подсмотрел Бабель сюжеты для своих известных на весь мир «Одесских рассказов». Но знаменитый писатель получал информацию и из других источников. 29 мая 1923 года из губкома в одесский угрозыск Барышеву пришла совершенно секретная бумага о допущении т. Бабеля как литератора к изучению некоторых материалов угрозыска в пределах возможного. Кроме этого, Исаак Эммануилович посещал открытые судебные заседания. В основу полного юмора, ярких красок рассказа «Карл Янкель», над которым писатель работал семь лет, был положен судебный процесс, состоявшийся 24 июня 1924 года в клубе трамвайщиков.
Год от года популярность Бабеля-писателя росла. Его часто приглашали на вечера, устраиваемые кремлевскими женами. В ту пору было модно иметь свой литературный салон. По Москве тогда ходили слухи о том, что у Бабеля сложились близкие, даже интимные отношения с женой Ежова, красавицей Евгенией Соломоновной. В ее доме часто собирались молодые и уже известные авторы. Завсегдатаи салона ценили Бабеля за любовь к жизни. Недаром Илья Эренбург сказал как-то о писателе: «Он был падок на жизнь». Связь с Евгенией Ежовой впоследствии сыграла роковую роль в жизни Бабеля.
Сам знаменитый писатель считал, что человек рождается для веселья и наслаждения жизнью. Он обожал смешные истории и ситуации. Исаак Эммануилович часто выдумывал всевозможные розыгрыши и при этом очень веселился. Однажды в воскресенье из комнаты Бабеля раздались невероятные душераздирающие стоны. На вопрос «Что случилось?» великий мистификатор самым серьезным тоном ответил: «Я хотел показать вам еврейские стоны». По воспоминаниям друзей, писатель был человеком высокой культуры и к тому же великолепным рассказчиком. Он говорил ровным голосом без акцента, никому никогда не подражал. Особенностью Бабеля-рассказчика было то, что иногда перед смешными местами он начинал хохотать, да так заразительно, что невозможно было не смеяться вместе с ним.
К сожалению, жизнь писателя с Евгенией Гронфайн сложилась неудачно. Красавица Евгения очень часто критиковала написанное мужем. В 1925 году она навсегда уехала в Париж. Супруги расстались из-за частых измен Бабеля. Сам же Исаак Эммануилович говорил о том, что жена уехала в Париж упражняться в художествах. После ее отъезда Бабель смог открыто сойтись с артисткой театра им. Мейерхольда Татьяной Кашириной. В июле 1926 года у них родился сын, которого счастливые родители назвали Эммануилом. Их роман оказался недолгим. Так и не узаконив отношения, Бабель покинул свою возлюбленную и уехал в Париж к Евгении Гронфайн, где у них родилась дочь Натали. За это время Каширина вышла замуж за Всеволода Иванова, который усыновил Эммануила и дал ему новое имя Михаил. Ивановы сделали все возможное, чтобы оградить Михаила от встречи с настоящим отцом. Из Парижа Исаак Бабель возвратился один. А в 1932 году встретил свою третью и последнюю любовь – Антонину Николаевну Пирожкову. Исаак Эммануилович стал ее первым и последним супругом. В 1937 году у них родилась дочь Лида. Антонина Николаевна всю жизнь оставалась верна своему мужу-писателю.
Смерть Горького стала одной из самых значительных потерь в жизни Бабеля. Вместе с ним ушло в небытие зыбкое равновесие между создателем «Конармии» и властями. Сразу же после того, как роковое известие дошло до писателя, он произнес фразу, предвосхитившую дальнейшие события: «Теперь мне жить не дадут». Исаак Эммануилович хорошо понимал, что смерть Горького была насильственной, но открыто говорить об этом не мог. В это же время к одесскому писателю был приставлен литературовед Эльсберг. Этот человек работал в издательстве «Академия», что позволяло ему постоянно опекать Бабеля и его семью. Спустя много лет, уже после XX съезда партии, на одном из писательских съездов Эльсберг был исключен из Союза писателей за информаторскую деятельность.
Хрущев в своих мемуарах вспоминал, что Сталин и Берия в конце 1930-х годов планировали арест жены Ежова. Предупрежденная мужем Евгения Соломоновна покончила с собой в больнице. 11 мая 1939 года комиссар госбезопасности Кобулов допрашивал арестованного Ежова о том, что представлял собой литературный салон его жены. Бывший железный нарком рассказывал о том, что особая дружба связывала его жену с Бабелем, который, как известно, все время вертелся в подозрительной троцкистской среде и, кроме того, был тесно связан с французскими писателями. А15 мая 1939 года был арестован и сам Бабель – на даче в Переделкино, в связи с тем, что дома писателя застать не смогли.
Уже во дворе Лубянской тюрьмы арестованный Бабель произнес: «Ужасно, что не будет писем от матери». Не выдержав пыток, Исаак Эммануилович назвал десятки имен и фамилий, но в архивах НКВД сохранилось заявление писателя, в котором он отрекался от своих слов. Судебный приговор был краток: Бабеля обвинили в заговорщицкой и террористической деятельности и подготовке терактов в отношении руководителей ВКП(б) и советского правительства. В материалах следствия упоминалось имя лорда Бивербрука, с которым писатель будто бы установил контакты с целью реализации своих подрывных заданий. Приговор (расстрел) был приведен в исполнение комендантом НКВД Блохиным 26 января 1940 года в помещении Лефортовской тюрьмы.
При аресте писателя были конфискованы 24 папки с его рукописями. О поисках архива Бабеля хлопотал секретарь правления Союза писателей А. Сурков, который направил письмо министру МГБ генералу Серову. «Рукописи не найдены», – был получен короткий ответ. Он пришел так быстро, что стало ясно: никаких тщательных поисков не велось.