Можно только удивляться тем объемам работ, которые легли на плечи Ивана Яковлевича. Высокое профессиональное мастерство обеспечивало ему еще бо́льшую нагрузку, и живописная «служба» больше походила на военную: приказали, значит, надо срочно сделать самому или обеспечить исполнителями. Кажется, можно было утонуть в ворохе высочайших указов, счетов и отчетов. А ведь Вишняков не только руководил всеми живописными работами в Петербурге, Москве и в загородных резиденциях двора, он и непосредственно в них участвовал. Художник работал в тесном контакте с зодчими В.В. Растрелли, М.Г. Земцовым и декоратором Дж. Валериани, участвовал в бесконечных перестройках, реставрациях и новом строительстве Зимнего, Летнего и Аничкового дворцов, Триумфальных ворот в Москве, Петропавловского собора, оперных домов, Петергофского и Царскосельского дворцов.
Роспись дворцовых интерьеров, создание образов для Троицкого собора и церкви Симеона и Анны, личные заказы императрицы Елизаветы Петровны перемежаются у Вишнякова с необходимостью мыть и чистить старые холсты, совместно с резчиками золотить «каймы» плафонов и люстры, сооружать декорации, переставлять рамы, надшивать холсты и одновременно выступать экспертом и консультантом по многочисленным живописным произведениям, следить за чистотой иконографии царствующих особ, чтобы не искажались их лики.
Иван Яковлевич при его даровании расходовал свои творческие силы на массу второстепенных работ. А ведь была еще большая семья: престарелая мать Акулина Ануфриевна, три сына от первого брака, вторая жена Марья Федоровна, родившая трех сыновей и дочь. Загруженный делами, он успевал заботиться об их судьбе и образовании, особенно об одаренном старшем Иване: хлопотал о его «живописном ученичестве в Канцелярии от строений и обучении итальянскому языку в надежде на заграничное пенсионерство». Поездка в Италию не была дозволена, но Иван и его младший брат Александр стали хорошими живописцами. С 1753 г. старший сын принимал непосредственное участие во всех работах отца и принял на себя руководство Живописной командой после его смерти 8 августа 1761 г.
За четверть века, проведенного во главе Живописной команды Канцелярии от строений, художником была создана целая школа, которая может быть по праву названа «школой И.Я. Вишнякова». Система обучения, разработанная А. Матвеевым и совершенствованная Иваном Яковлевичем, легла в основу принципов преподавания в Академии художеств. Живописцы Г. Молчанов, И. Вельский, А. Антропов, иконописец М. Колокольников и десятки менее знаменитых художников были учениками этого замечательного педагога и заботливого наставника.
С годами Иван Яковлевич все больше тяготел к религиозной живописи и даже отстаивал свое право не только контролировать, но и писать иконостас для Андреевского собора в Киеве (икона Богоматери с младенцем, образ Св. апостола Андрея Первозванного, 1750-1753 гг.). До самой смерти работал он над иконами большой церкви Зимнего дворца (1761 г.). Но портрет, который в русском искусстве был проверкой на высшую ступень живописного мастерства, остался ведущим жанром в творчестве Вишнякова. О первых его опытах как портретиста (портреты детей Ягожинского, герцога и герцогини Курляндских) трудно судить, так как они бесследно исчезли во времени, как и все декоративные работы. Но и сохранившихся вполне достаточно, чтобы понять, каким прекрасным мастером он был. В его портретах, особенно детских, отразился дух русского рокайльного искусства, но в них нет бездушности, фривольности, наружной слащавости и галантности, присущих западному рококо. Вишняков не прошел «академической выучки», в совершенстве не знал анатомии. Тело и фон для него – это не характеристика человека, и потому он пишет фигуры безукоризненно задрапированными, плоско и схематично. Но лица в портретах пронизаны теплотой и душевностью, в них есть «особая интимность и непритязательность», обаяние и цельность образа. Органичное соединение парусности, декоративной парадности и внешней статичности создают удивительный эффект, на фоне которого внутренний мир человека царствует над нарочитой скованностью фигуры.