Укрепившись на троне, Екатерина предприняла кардинальные шаги в области совершенствования законодательства в стране, необходимость в котором назрела уже давно. С этой целью 14 декабря 1766 г. она издала Манифест о созыве Уложенной комиссии, которая должна была устранить существующие противоречия в законах, а также помочь императрице, по ее собственным словам, узнать «нужды и чувствительные недостатки нашего народа». Для работы в комиссии депутаты избирались тайным голосованием, причем не только от дворянского сословия. Таким образом Екатерина ввела в России своего рода парламент. Увы, как и действующие ныне выборные законодательные органы власти, он был далек от совершенства. В комиссию попадали не те, кто был способен там работать, а люди, стремившиеся урвать кусок лично для себя. Малообразованные и не имеющие политического опыта, члены комиссии думали лишь о своих собственных, а не об общегосударственных интересах. В результате уже в конце 1768 г. Екатерина решила сама составлять законы и распустила комиссию, поняв бесполезность этого начинания. Ведь депутаты так и не смогли понять своих задач, хотя Екатерина сама составила для них Наказ, программу действий комиссии, в скором времени переведенную на все основные европейские языки и получившую широкую известность в Европе.
Текст программы несомненно свидетельствует в пользу того, что императрица стремилась к введению либерального правления. Она отрицательно высказалась по поводу применения пыток, признавала невозможным считать человека виновным до приговора суда. Порицала жестокое обращение с крестьянами, упомянув, что еще в древних Афинах строго наказывали тех, кто «с рабом поступал свирепо». А в случайно сохранившемся черновом наброске к программе, не вошедшем в переданный комиссии текст, писала о необходимости создания законов, которые от «злоупотребления рабства отвращали», давали бы гарантии рабам, то есть крепостным крестьянам, в том, «чтобы рабы в старости и болезнях не были оставлены». Почему последнее не вошло в окончательный вариант текста, можно только предполагать. Но известно, что Екатерина уничтожила более половины написанного, а текст программы давала предварительно читать многим, намеренно выбирая людей с разными точками зрения. С ее разрешения они могли исключать из документа все, что было им не по нраву.
Многие современники и тем более потомки упрекали Екатерину в том, что она, будучи убежденной противницей крепостного права, не только не освободила крестьян, но закрепостила их в еще большей степени и расширила крепостное право на те земли, где его не было. Последнее произошло в рамках ликвидации автономий Украины, Лифляндии (Литвы) и Эстляндии (Эстонии). Эти автономии императрица считала «глупостью» и стремилась к тому, чтобы они «перестали глядеть, как волки в лесу». Но в данной ситуации следует в первую очередь иметь в виду фактор времени.
Господствующей формой правления для лидирующих европейских стран в XVII в. был абсолютизм, при котором монарху принадлежала неограниченная власть. В этой ситуации любые вольности, а именно их требовала украинская казацкая старшина, для правителя представлялись абсолютно недопустимыми и даже вредными. Созданию такого мнения способствовали и донесения доверенных лиц. К примеру, Григорий Теплов, которому императрица поручила составить записку о положении дел в Украине, утверждал, что произвол старшины приводит к неправедному захвату земель, несправедливому закрепощению казаков и крестьян (это подтверждается позднейшими статистическими данными). Более того, по мнению ряда ученых того времени, «свободный переход крестьян и казаков с одного места на другое приводил к двум негативным последствиям: бедный помещик становился еще беднее, ибо богатый сманивал у него крестьян предоставлением им льгот: свобода перехода не приносила счастья и крестьянину, а также казаку. И тот и другой предавались лености, безнравственности, пьянству, – прожив льготное время у одного богатого помещика, они переходили к другому, где пользовались новыми льготами». В результате в 1760 г. появился гетманский универсал, запрещавший крестьянам перемещаться на новые места без письменного разрешения помещика. Спустя три года Екатерина подтвердила этот универсал, сочтя его вполне справедливым и полезным для государства и своих подданных.
В то же время упразднение украинского гетманства – политической основы самоуправления Украины – напрямую не связано с именем Екатерины. Оно было ликвидировано еще при Петре I и возобновлено при его преемницах, шедших на поводу у своих фаворитов. При Екатерине 10 ноября 1764 г. вместо гетманского правления была создана Малороссийская коллегия, включавшая четырех представителей России и такое же количество представителей от Украины. Это, безусловно, кардинальным образом ограничивало права и свободы украинской старшины и усиливало влияние монарха.