Но в обычной жизни Билл ничем не отличался от других людей. У него была жена и двое сыновей, и соседи считали его хорошим семьянином.
Когда началась Гражданская война, Билл выступал на стороне конфедератов. В начале 1862 года организованные силы конфедерации были изгнаны из Канзаса. Те, кто собирался бороться за Юг, объединились в несколько партизанских групп бушвакеров, /подробнее о них, в следующей главе/. Эти безжалостные партизаны нападали на солдат северян и терроризировали юнионистов, гражданских лиц, поддерживающих северян. Бушвакеры часто носили форму своих врагов и мало придерживались правилам ведения войны. Партизанам южанам удалось распространить страх и террор во всем штате.
Сам Андерсон пока не принимал участия в военных стычках. Но, вскоре вся его жизнь круто изменится...
По одной из версий, отца Билла поймал на украденной лошади местный судья. Соседи знали, что он, занимается темными делами. Отца обвинили в краже сельскохозяйственных принадлежностей, в том числе и в краже лошадей. Во время спора судья застрелил предполагаемого конокрада. Свою ярость Билл обратил в месть. Братья Андерсон нашли людей, убивших их, отца и жестоко отомстили им. Один из убийц был судья, который заработал прозвище, - «Кровавый». Билл в тот момент готов был убить любого человека, которого только подозревал в сочувствии к янки.
Вторая версия была более патриотичной. 7 марта военный патруль федералов, приехавший из города Олат, проводили расследование. Они искали людей, сочувствующих и помогающих партизанам - бушвакерам.
Отец и дядя Уильяма Андерсона были обвинены в пособничестве. Билла и его младшего брата Джима, в это время не было дома. Они поставляли 15 голов крупного рогатого скота кооперативному агенту в Форт- Ливенворт. Когда братья Андерсон вернулись, они нашли отца и дядю повешенными. Их дом спалили, а все имущество разворовали. Узнав, что в убийстве принимал участие местный житель, Билл с Джимом пристрелили его, отомстив за смерть отца. Теперь уже Андерсоны, обвинялись в убийстве. Проблемы с законом вынудили братьев бежать из Канзаса на враждебную территорию, в Миссури. Вскоре Билл и Джим оказались в партизанском отряде. Позже, Андерсон забрал своих сестер из Канзаса, где они жили в разных местах, опасаясь расправы, и перевез их, в город Манди, штат Миссури.
Когда Андерсона спросили, почему он, присоединился к партизанам, Билл ответил:
- Я, выбрал партизанскую войну, чтобы отомстить за нанесенные обиды, за которые я, не мог с честью отомстить иначе. Когда началась война, я жил в Канзасе. Я, не хотел сражаться с людьми из Миссури, из своего родного штата. Янки не смогли заставить меня, поэтому они стали мстить. Они, убили моего отца, и разграбили все наше имущество.
Андерсон примкнул к крупному подразделению, которым командовал на то время, самый известный партизанский командир южан, Уильям Квантрилл, бывший в мирное время простым сельским учителем.
Правда, Андерсона первоначально встретили довольно прохладно. Другие рейдеры считали его слишком самонадеянным. Билл, вскоре, благодаря своему мастерству в ведении партизанских действий, стал одним из самых опасных бойцов Юга, который совершал рейды по тылам врага.
В начале лета 1863 года, Андерсон получает звание лейтенант. В июне и июле, Андерсон принял участие в нескольких рейдах, против войск Союза, в Вестпорт, Канзас-Сити, и Лафайет, штат Миссури.
Но, в это время личная жизнь Андерсона пошла под откос. Его мать была убита молнией, а брата убили индейцы. Билл стойко перенес эти известия, но он, не подозревал, что жизнь готовит ему ещё большую трагедию.
Силы северян оказались в крайне невыгодном положении, так, как население Миссури поддерживало партизан, предоставляя им укрытие, обеспечивая продовольствием. Рейдеры Квантрилла располагали в Миссури обширной разведывательной сетью, сочувствующих им сторонников, из числа гражданского населения. Было устроено множество хитроумных тайников, через которые передавались сведенья партизанам о передвижении воинских подразделений северян. Федералы не в силах поймать ловкого и дерзкого Андерсона, тем не менее, решили покончить с набегами Билла на свою территорию. Янки боролись с партизанами, как могли. Они, прибегли к надежному в таких случаях способу. Чтобы усмирить партизан, федералы стали производить захват и арест заложников, из числа их родственников.