Тяжелые условия перехода сказались на здоровье Барта. Ему необходим был отдых, но уже в первые дни пребывания в Томбукту он понял, что отдохнуть и подлечиться не придется. Вот что он записал об этом в дневнике: «Было решено, что, пока не прибыл шейх Эль-Баккаи, чьим личным гостем я себя рассматривал, мое жилье будет закрытым для всех, никому не будет позволено навещать меня. Тем не менее уже в тот момент, когда мою поклажу заносили в дом, а я сидел на ковре в коридоре, который вел к внешнему дворику, где находилось мое жилище, множество людей вошло в дом. Они пришли приветствовать меня. Так случилось, что, когда они рассматривали мои вещи, среди которых были для них непривычные, кое-кто начал сомневаться в моем (публично объявленном) происхождении. Однако дело обстояло так: сам я не имел ни малейшего желания убеждать этих людей в том, что я мусульманин, ведь на протяжении всего путешествия я не скрывал, что являюсь христианином… и был известен как таковой, поэтому истинное положение вещей могло в скором будущем обнаружиться; нам и так повезло, что, несмотря на наше весьма медленное продвижение и в связи с тем, что мы вынуждены были избрать во время похода извилистый путь, эта весть не опередила нас».
Хаммади, противник его любезного хозяина, известил ортодоксально настроенных фульбе, что в городе находится христианин, который выдает себя за мусульманина. Жизнь Барта оказалась в опасности. Однако Барт не испугался и начал действовать в соответствии с обстоятельствами. 10 сентября ему сообщили, что фульбе готовятся напасть на его дом. С тем большим облегчением он воспринял письмо шейха Эль-Баккаи, в котором тот заверил Барта, что он может рассчитывать на его личную защиту.
26 сентября шейх прибыл в Томбукту и уже на следующий день пригласил гостя на аудиенцию, во время которой сказал Барту, что волнения фульбе по поводу вероисповедания ученого его совершенно не трогают. Будучи главой арабского племени кунта и одновременно высокопоставленным духовным лицом, шейх Эль-Баккаи был весьма влиятельной личностью, однако его врагов нельзя было недооценивать. В споре, возникшем вокруг Барта, на первом месте была не столько оценка личности чужестранца, сколько противоборство сторон. К подстрекаемым султаном фанатикам-фульбе присоединились богатые торговцы из Гадамеса и Марокко, ловко прикрывавшие свои корыстолюбивые интересы религиозными мотивами. Шейх Эль-Баккаи с его гуманными принципами представлял интересы исконных оседлых сонгаев, угнетаемых верхней прослойкой фульбе. На его стороне выступали такие туареги, которые, хотя и были приверженцами ислама, в противоположность фульбе не отличались религиозным фанатизмом.
Оказавшись между двумя группировками, Барт был особенно подавлен тем, что сам он ничего не мог предпринять, чтобы изменить свою участь, — его будущее полностью зависело от шейха, который при всей его искренности и любезности не был человеком решительных действий. Если в сентябре благодаря здравомыслию авторитетных граждан нарастающая напряженность не кончилась открытыми столкновениями, то в октябре дело приняло опасный поворот. Султан настаивал на том, чтобы его приказ об изгнании чужестранца был выполнен, и послал в город группу вооруженных всадников. Противник Эль-Баккаи — Хаммади обратился к жителям Томбукту с призывом выполнить приказ султана. Обстановка обострилась настолько, что Эль-Баккаи вынужден был вместе со своим подзащитным в целях его безопасности покинуть город и 11 октября разбил лагерь на территории своих друзей-туарегов. Здесь в открытой полупустыне им было легче противостоять нападению.
Переход на лагерную жизнь для Барта, находившегося уже довольно длительное время (правда, в целях его же защиты) на положении арестованного, был приятной переменой. Однако уже 13 октября они вернулись в город. В то время как некоторые члены семьи шейха высказывали сомнение, стоит ли из-за чужестранца продолжать распри, Эль-Баккаи остался при своем мнении и даже предложил Барту показаться перед противникам во всеоружии, чтобы продемонстрировать ему свою готовность дать отпор.
Враждебность фульбе заставила шейха в октябре еще не раз разбивать лагерь. В такой обстановке об отъезде Барта не могло быть и речи. Ноябрь не принес никакого улучшения, а в конце месяца положение стало критическим, так как из столицы прибыл вооруженный отряд, который грозил расправиться со всеми, кто не послушается приказа задержать чужестранца «живым или мертвым».