Утром 1 декабря прискакавший из города гонец сообщил, что там готовятся к нападению на лагерь. Вскоре вдали показались всадники. Приблизившись, они передали шейху приказ султана выдать Барта, а заодно и его имущество. Напряжение в Томбукту нарастало с каждым часом, многие из друзей шейха советовали сдаться, но шейх решил обратиться за помощью к туарегам, и те прислали 100 вооруженных всадников, которые расположились вблизи жилья шейха и его резиденции для приема гостей. Соотношение сил вновь изменилось, обстановка разрядилась, и открытого нападения не произошло.
Барт понял, что тесный контакт с туарегами — залог его безопасности. Уходить из Томбукту можно было по трем дорогам: через область, населенную фульбе, — к западному побережью; вернуться к дороге вдоль Нигера, то есть так же, как он прибыл в Томбукту, и, наконец, на север, через районы, населенные туарегами, — к Средиземному морю. Несмотря на то что Барт мечтал завершить исследование Нигера, в данной ситуации он избрал третий путь, сочтя его наименее опасным.
После нескольких безуспешных воинственных выступлений противники шейха решили испробовать другую тактику: они пригрозили блокировать Томбукту и взять под контроль верховье Нигера, откуда по воде поступало зерно для города, что привело бы к голоду и наверняка к смутам. Таким образом, свой четвертый год в Африке Барт вынужден был встретить в состоянии полной неопределенности.
Первые недели 1854 года прошли относительно спокойно. Барт, как и прежде, ограничивался обществом шейха и его ближайшего окружения. Он все более настойчиво говорил своему радушному хозяину о своем желании как можно скорее отправиться в обратный путь, однако Эль-Баккаи не хотел рисковать — и Барт вынужден был запастись терпением. С конца февраля агрессивность фульбе усилилась. Вооруженное столкновение вновь казалось неизбежным, хотя сам Барт, из-за которого разгорелись распри, ничего так страстно не желал, как покинуть наконец Томбукту. Он умолял шейха сделать все возможное, чтобы мирно уладить конфликт. Мысль, что из-за него погибнут люди, была для Барта невыносимой. К счастью, удалось избежать военного столкновения и все обошлось мирным путем: фульбе обязались оттянуть свои вооруженные силы от Томбукту, а шейх обещал, что Барт больше не появиться в городе, а впредь будет жить только в лагере.
Однако время выхода экспедиции все откладывалось из-за нерешительности шейха. Чтобы не сидеть без дела, Барт занялся систематизацией и описанием полученных в Томбукту научных материалов. Так, он отмечал в своих записях, что в Томбукту по сравнению с хаусанской столицей Кано почти отсутствовало местное производство и город представлял собой почти исключительно торговый центр, где товары севера обменивались на товары юга. Главными предметами торговли были золото, соль, орехи туро и кола.
Жившие в Томбукту купцы были, как правило, агентами крупных коммерсантов Марокко и Гадамеса. Разменной монетой служили раковины каури; как показали курганные погребения, это древнейшее платежное средство. Во времена Барта 3 тысячи каури приравнивались к 1 испанскому талеру. Главным поставщиком этих раковин были Мальдивские острова. В качестве платежного средства они получили распространение от озера Чад на востоке до государств мандинго на западе, от Томбукту на севере до устья Нигера на юге. О возможностях торговых связей этих территорий с европейскими государствами Генрих Барт писал: «Трудности свободной торговли с европейцами таких мест, как Томбукту, несомненно, весьма велики. Расположение города на краю пустыни, а также на границе ареалов разных рас делает энергичное управление при нынешнем вырождении местных царств очень затруднительным, почти даже невозможным, к тому же отдаленность как от западного побережья, так и от устья Нигера весьма значительна. Однако большое значение имеет расположение этого города на северной излучине величественной реки, охватывающей огромной дугой всю южную половину Северной и Центральной Африки, включая густонаселенные, а также в высшей степени производительные страны, что делает весьма желательным открытие здесь европейской торговли, и эту задачу значительно облегчит сама река».
Барт понимал, что ревнивое соперничество колониальных держав — Англии и Франции — в Африке чрезвычайно осложняет развитие торгово-политических отношений. Коренное население, отмечал Барт, не нуждается «ни в каких иностранных протекциях для расширения торговых связей», и, более того, независимые африканские государства могли бы обеспечить себе такое хозяйственное развитие, при котором на началах равноправия европейские государства и для себя могли бы извлечь пользу. «Если бы городу Томбукту, — продолжал он, — было обеспечено либеральное правление путем учреждения здесь… Независимой власти, я открыл бы для европейской торговли и сношений широчайшее поле деятельности, и тогда весь этот район вновь мог бы быть включен в сферу влияния здорового, более крепкого объединения. Все правители и народности глубинных районов приветствуют мирные взаимоотношения с другими народами. Это распространится и на европейцев, как только они убедятся в их справедливости и надежности».