И тут король Наварры предлагает Маргарите позаботиться о своей фаворитке, ожидающей от него ребенка. Этот факт вскоре стал известен в Париже, Екатерина Медичи вмешивается в отношения между супругами, настояв на возвращении Маргариты в Париж, где ее ожидал холодный прием. Генрих III решил заставить ее вернуться обратно. Генрих Наваррский остановил свою супругу в пути и заставил ее ждать результатов переговоров с Генрихом III. Он требовал компенсации за прием Маргариты. Переговоры длились семь месяцев. Наконец, она отправилась в город Ажан, к сторонникам Католической лиги, во главе которой стоял близкий ей Генрих Гиз, который понимал, что Маргарита стала предметом политических интриг. И, считая себя ее другом, он счел бы за бесчестие оставить свою первую возлюбленную, к которой испытывал нежные чувства, в таком унизительном положении. Разгром королевскими войсками лигеров окончился для Маргариты пленением. В сопровождении конвоя ее как преступницу доставили в овернский замок Ус-сон, расположенный высоко в горах, где она узнает о планах своих близких: муж Генрих Наваррский стремится оформить развод, королева-мать предлагает заключить в монастырь, брат Генрих III — убить.
Марго же добилась прав на владение замком Уссон. Здесь, вдали от света, она предается чтению и творчеству. В круг ее интересов входили история, теология, литература, философия, естествознание. Много усилий Марго потратила на сбор и пополнение своей библиотеки. В Ус-соне она узнала о смерти любимого брата Франсуа, королевы-матери, а в 1589 году — об убийстве брата, короля Генриха III.
С вступлением на престол Генриха IV Маргарита поняла бесполезность сопротивления и признала поражение, объявив себя сторонницей нового короля. Король желал получить развод, потому что заботился о наследнике. Маргарита не возражала. Но для развода королевской четы требовалось соизволение папы римского Климента VIII. Святой престол стремился к укреплению своего влияния во Франции и поэтому не торопился удовлетворить обоюдное желание супругов. Климент VIII дал разрешение на развод только в 1599 году, спустя шесть лет с момента официального заявления Генриха IV.
После развода Генрих IV остался для Маргариты не только кузеном, но и покровителем. В 1599 году особой королевской грамотой за Маргаритой был оставлен титул королевы Наварры и добавлен новый титул — королевы Франции. Маргарита могла вернуться в Париж. Напротив Лувра она построила свою резиденцию, в которой ей суждено было провести последние семь лет жизни. Парижский салон Маргариты возродил старую традицию придворных праздников, возникшую еще при ее деде Франциске и его сестре — также Маргарите Наваррской (1492–1549 гг.), которая является автором широкоизвестного произведения под названием «Гептамерон».
14 мая 1610 года Генрих IV был заколот Равальяком. Смерть короля заставила Маргариту бороться за сохранение мира во Франции, за обретенное ею благополучие, и за укрепление на престоле новой династии в лице Людовика XIII. В последние годы жизни Марго впала в ипохондрию, ежедневно ходила к мессе и причащалась. Предметом ее особой заботы стали обитатели тюрем и госпиталей. Она проявляла большую щедрость ко всем, нуждающимся в помощи. В конце 1613 года, вернувшись из кратковременной поездки в Уссон, Маргарита заболела воспалением легких, и 27 мая 1615 года ее не стало.
Гроб с телом покойной, установленный в монастырской часовне, ожидал захоронения целый год. Похороны должны были состояться в мае 1616 года. Но в казне не оказалось денег для торжественных почестей, и покойницу ночью тайком в сопровождении двух стрелков из королевской гвардии перевезли в фамильную усыпальницу Сен-Дени. В завещании, составленном 25 мая 1615 года, Маргарита распорядилась всем своим имуществом в пользу Людовика XIII и королевы-матери Марии Медичи.
Подводя некоторый итог, думается необходимо подчеркнуть, что Марго, которая является героиней многочисленных сюжетов, и королева Маргарита Наваррская — взаимодополняющие друг друга фигуры. Марго — любвеобильна, самостоятельна в своем выборе, обольстительна. Королева Наваррская, по ренессансному образцу воспитанная и образованная женщина, рассудительная и непрактичная одновременно. Трагедия судьбы Марго состояла в том, что она так и не реализовала своих выдающихся способностей, была глубоко несчастна, искала любви, но никем не была понята. За годами надежд, желаний, устремлений последовали десятилетия разочарований. И о тяжком пути Маргариты Наваррской в «земном аду» романа еще не написано.