1840–1850. Научные путешествия по Уралу и Алтаю университетского профессора минералогии и геологии Г. Е. Шуровского. Описанные им исследования о геологическом строении этих областей заложили основы Московской геологической школы. Профессор зоологии в университете К. Ф. Рулье развивает идеи о единстве организма и условий существования, доказывая причинную зависимость эволюции живых форм от изменения среды их обитания.
1849. По инициативе профессора А. И. Полунина в университете впервые в России организуются кафедры патологической анатомии и патологической физиологии. 1851. Профессор хирургии В. А. Басов произвел первую операцию на трахее.
Профессор физики М. Ф. Спасский в Аудиторном корпусе университета демонстрирует опыт с маятником Фуко, наглядно показывающий обращение Земли около своей оси.
Профессор русской истории в университете С. М. Соловьев выпустил первый том «Истории России с древнейших времен». В университетской типографии напечатаны отдельной книгой «Записки охотника» И. С. Тургенева.
Титульный лист «Капитала» К. Маркса с дарственной надписью автора профессору М. М. Ковалевскому.
1854. Начал выходить в свет «Вестник естественных наук», популярное издание Московского общества испытателей природы под редакцией профессора К. Ф. Рулье.
1855. Торжественное — празднование столетнего юбилея Московского университета. Издан «Биографический словарь профессоров и преподавателей Московского университета».
Почечными членами университета избраны известный математик Н. И. Лобачевский и хирург Н. И. Пирогов, а в почетные члены Московского общества испытателей природы английские ученые — астроном Д. Гершель и физико-химик М. Фарадей.
1857. Положено начало традиционных ежегодных встреч воспитанников Московского университета. На организованном впервые вечере присутствовали выпускники начиная с 1816 года.
1858. Издано исследование профессора русской словесности университета Ф. И. Буслаева «Опыт исторической грамматики русского языка», первое исследование истории русского языка.
1860. По инициативе Московского общества испытателей природы при Московском университете профессор Г. Е. Щуровский начал проводить публичные геологические экскурсии в окрестностях Москвы. Открытие первой в Москве воскресной школы, одним из учредителей которой был адъюнкт педагогии Московского университета литературовед Н. С. Тихонравов. При университете основан Физиологический институт.
Профессор университета экономист И. К. Бабст в одной из своих публичных лекций изложил учение К. Маркса, развитое в книге «К критике политической экономии». Об этой лекции К. Маркс упоминает в письме к Ф. Лассалю.
1861. Общество любителей Российской словесности при университете начало издавать «Толковый словарь живого великорусского языка» писателя и лексикографа В. И. Даля.
1862. Адъюнкт университета по кафедре астрономии Ф. А. Бредихин защитил магистерскую диссертацию «О хвостах комет». Этой работой положено начало теории о кометных формах.
1863. При Московском университете основано Общество любителей естествознания, антропологии и этнографии — первое демократическое научное общество. Президентом был избран профессор Г. Е. Щуровский. Общество издавало свои «Известия», «Этнографическое обозрение» и другие издания. Оно было инициатором открытия выставок: этнографической (1867), политехнической (1872) и антропологической (1879), которые положили начало созданию Политехнического, Исторического и Антропологического музеев в Москве.
1866. Опубликована книга профессора ботаники Московского университета Н. Н. Кауфмана «Московская флора», основополагающее исследование в отечественной ботанической науке.
1867. Работой адъюнкта университета А. П. Богданова «Материалы для антропологии курганного периода в Московской губернии» открываются палеоантропологические исследования в России.
1872. Начало работы в Московском университете приглашенного для чтения лекций известного ботаника К. А. Тимирязева.
1873. Профессор физики А. Г. Столетов начинает создавать университетскую научно-исследовательскую физическую лабораторию.
1874. Основоположник Московской школы эмбриологов и цитологов растений профессор университета И. Д. Чистяков впервые в ботанической литературе описал процесс деления клеточных ядер, так называемый кариокинез., одним из первых наблюдал и описал митоз (непрямое деление клетки)у растений.
1877. Открытие памятника М. В. Ломоносову перед зданием университета.
1878. Один из передовых пропагандистов дарвинизма в России, К. А. Тимирязев, становится профессором Московского университета и выпускает книгу «Жизнь растения», созданную на основе общедоступных лекций в Политехническом музее.
1879. По инициативе магистра Д. Н. Анучина при университете открыт Музей антропологии. В следующем году в должности доцента Д. Н. Анучин начал читать в университете впервые в России курс антропологии.
1880. Профессор В. В. Марковников в университетской химической лаборатории впервые синтезирует четырехчленный углеродный цикл. Начаты исследования состава русских нефтей.
По инициативе профессора гигиены Ф. Ф. Эрисмана Московским земством предпринято санитарно-эпидемиологическое обследование фабрик и заводов Московской губернии.
Почетным членом Московского университета, избран знаменитый ученый-химик Д. И. Менделеев.
1881. Совет Московского университета присудил степень доктора зоологии известному путешественнику и естествоиспытателю Н. М. Пржевальскому. В.следующем году (1882) он читает в университете публичные лекции о своих путешествиях.
В Московском университете проходило торжественное празднование 50-летия общественной и научной деятельности почетного члена университета, хирурга Н. И. Пирогова.
1881–1883. Палеонтолог В. О. Ковалевский, приглашенный университетом на преподавательскую работу, начал читать впервые в мире курс эволюционной палеонтологии, построенный на своих исследованиях об историческом развитии копытных животных.
Профессор В. В. Марковников читает лекцию. 80-е годы XIX века.
1884. Начало чтений лекций в университете историком В. О. Ключевским, защитившим здесь в 1882 году докторскую диссертацию «Боярская дума древней Руси». В этой работе он изложил основы своей концепции развития исторического процесса России в целом. По инициативе профессора университета Д. Н. Анучина создана кафедра географии, деятельность которой способствовала созданию русской университетской географической школы. 1885–1886. Почетными членами Общества любителей Российской словесности при университете избраны Л. Н. Толстой, М. Е. Салтыков-Щедрин, С. Я. Надсон, Д. Н. Мамин-Сибиряк, В. Г. Короленко.
1887. По инициативе профессора университета Н. В. Склифосовского начинают создавать университетский Клинический городок на Девичьем поле.
В работе «Самарская Лука и Жигули» профессор геологии университета А. П. Павлов сделал прогноз, оправдавшийся впоследствии, о нефтеносности этого района.
1888. Профессор физики А. Г. Столетов устанавливает закономерности фотоэффекта.
1889. Французские медики прислали в дар Московскому университету большую вазу из севрского фарфора за достигнутые успехи в области медицинских наук. Писатель, воспитанник университета