Но гроза уже готовилась. 8 июля (1689 г.) во время соборного крестного хода в церкви Казанской богородицы, когда государи вышли из собора за крестами, тогда правительница пошла вместе с ними. Петр с гневом сказал ей, что она, как женщина, не может быть в том ходу без неприличия и позора. Царевна его не послушалась, и Петр, не дошед еще от Успенского до Архангельского собора, оставил торжество и уехал в село Коломенское, а оттоле в Преображенское.
Царевна приступила к исполнению своего умысла. Она снеслась с Щегловитым и предначертала с ним новый мятеж. Щегловитый в ночь на 5 (по др. на 9-е) августа собирает до 600 стрельцов на Лыков двор (где ныне арсенал) и дерзкой речью приуготовляет их к бунту противу Петра, который вводит немецкие обычаи, одевает войско в немецкое платье, имеет намерение истребить православие, а с тем и царя Иоанна и всех бояр и проч. Разъяренные стрельцы требуют, чтоб их вели в Преображенское; но двое из них, Михаил Феоктистов и Дмитрий Мельнов, успели прибежать прежде и через князя Бориса Алексеевича Голицына открыли Петру весь заговор. Петр с обеими царицами, с царевной Наталией Алексеевной, с некоторыми боярами, с Гордоном, Лефортом и немногими потешными убежал в Троицкий монастырь. Гордон говорит: без штанов. Перед восходом солнца прискакал Щегловитый с убийцами, но, узнав об отсутствии царя, сказал, что будто приезжал он для смены стражи и поспешил обо всем уведомить царевну. Она не смутилась и не согласилась последовать совету князя Голицына, предлагавшего ей бежать в Польшу.
Скоро все приближенные к государю особы приехали к нему в Троицкий монастырь, откуда послал он в Москву указ к своим боярам и иностранцам быть немедленно к нему с их полками, 10-го явились к Петру Стремянного полка полковник Цыклер и пятисотный Ларион Ульфов, да пятидесятник Ипат Ульфов, да с ними пять стрельцов с доносом на Щегловитого.
Царевна, притворяясь ужаснувшейся новому мятежу, втайне однако ж старалась разжечь оный через Щегловитого. Она именем царя Иоанна не допустила исполнить требования Петра, приславшего к Иоанну стольника Ивана Велико-Гагина, чтоб позволил царь Иоанн быть изо всех полков выборным стрельцам; так и от себя Петр посылал в стрелецкие полки свой государев указ, чтоб были к нему выборные для подлинного розыску, и с ними полковники такожде и гостям и гостиной сотни посадским людям и чернослободцам («Поденная записка»). Царь Иоанн (говорит писатель Истории государевой, переведенной Писаревым) дал указ под смертною казнию не отлучаться из Москвы. Мятежа однако ж не было. Царевна, видя, что приверженцы Петра час от часу становятся сильнее, прибегнула к посредничеству тетки своей царевны Татьяны Михайловны и сестер своих царевен Марфы и Марии, дабы примириться с Петром. Они прибыли к Троице и пали к стопам государевым, повторяя затверженное оправдание. Петр, их выслушав, стал доказывать преступление правительницы. Царевна Татьяна осталась с ним в монастыре, а другие две царевны, возвратясь к правительнице, объявили о неудаче своего посредничества.
София прибегнула к патриарху; старец отправился к Троице. Но Петр не только его не послушал, но и дал ему знать, что сам он должен быть лишен своего сана и на место его уже назначен архимандрит Сильвестр. Патриарх задержан был в монастыре. Царевна в ужасе поехала сама, в сопровождении знатных особ, держа в руках икону спасителеву. Но Петр, узнав, что она остановилась в селе Воздвиженском, послал к ней стольника Ивана Ивановича Бутурлина сказать, что в монастырь ее не впустят и чтоб она поехала назад. Царевна упорствовала, говоря, что она непременно хочет увидеть своего брата. Петр послал ей князя Ивана Борисовича Троекурова с последним словом, что, буде она не повинуется, то поступлено будет с нею нечестно. Царевна в отчаянии возвратилась в Москву.
______
Петр вторично писал брату своему о присылке к нему выборных, а им послал опять указ, и 5 сентября все прибыли в монастырь. Петр вышел пред них на крыльцо с царицей Натальей Кириловной, с теткою царевной Татьяной и с патриархом и приказал вслух читать доносы стрелецкие о злодейских умыслах Щегловитого и главных его соучастников: полковника Семена Рязанова и выборных стрельцов Обросима и Никиты Гладковых, Козьмы Черного и друг. По прочтении, все предстоящие приговорили казнить осужденных.