В основе взаимоотношений Правительства РФ с органами государственной власти субъектов Федерации лежит положение о том, что в пределах ведения Российской Федерации и ее полномочий по предметам совместного с субъектами Федерации ведения федеральные органы исполнительной власти и органы исполнительной власти субъектов Федерации образуют единую систему исполнительной власти в Российской Федерации. Правительство РФ координирует деятельность органов исполнительной власти субъектов РФ и осуществляет контроль за их деятельностью по вопросам совместного ведения.
Основные правила организации деятельности Правительства (планирование его заседаний, организация работы его членов, порядок внесения в Правительство и рассмотрения проектов актов, организация заседаний Правительства и другие вопросы) урегулированы в Регламенте Правительства РФ.
Всестороннее обеспечение и обслуживание деятельности Правительства возложено на Аппарат Правительства РФ, который возглавляется Руководителем Аппарата Правительства (члена Правительства), назначаемого и освобождаемого от должности Президентом РФ по представлению Председателя Правительства РФ.
Указом Президента Российской Федерации от 24 сентября 2007 г. № 1274 «Вопросы структуры федеральных органов исполнительной власти» утверждена структура всей системы федеральных органов исполнительной власти, включающая в себя федеральные министерства, службы, агентства, государственные комитеты. Эти органы могут находиться в непосредственном ведении и подчинении Президенту Российской Федерации, Правительству РФ или соответствующему федеральному министерству РФ.
Федеральные министерства являются федеральными органами исполнительной власти, осуществляющими функции по выработке государственной политики и нормативно-правовому регулированию в установленной актами Президента РФ и Правительства РФ сфере деятельности. При этом под функциями по принятию нормативных правовых актов понимается издание на основании и во исполнение Конституции РФ и федеральных законов обязательных для исполнения органами государственной власти, органами местного самоуправления, их должностными лицами, юридическими лицами и гражданами установленных Конституцией РФ, федеральными законами и другими нормативными правовыми актами общеобязательных правил поведения, распространяющихся на неопределенный круг лиц. Министерство возглавляет входящий в состав Правительства РФ федеральный министр. Осуществляя координацию и контроль деятельности находящихся в ведении министерства федеральных служб и агентств, федеральный министр осуществляет следующие функции: утверждает ежегодный план и показатели деятельности федеральных служб и агентств, а также отчет об их исполнении; вносит по представлению их руководителей в Правительство РФ проекты положений о соответствующих федеральных службах и агентствах, а также предложения о предельной штатной численности и фонде оплаты труда работников этих органов; вносит в Правительство РФ проекты нормативных правовых актов, относящихся к определенным сферам деятельности министерства и находящегося в его ведении федеральных служб и агентств, если принятие таких актов относится к компетенции Правительства РФ, во исполнение поручений Президента РФ и Председателя Правительства РФ дает поручения федеральным службам и агентствам и контролирует их исполнение; отменяет противоречащие федеральному законодательству решения федеральных агентств и служб, если федеральным законом не установлен иной порядок отмены; назначает на должность и освобождает от должности по представлению руководителей федеральных служб и агентств их заместителей и руководителей территориальных органов федеральных служб и агентств; вносит в Министерство финансов РФ предложения по формированию бюджета и финансированию федеральных служб и федеральных агентств. Министерство в установленной сфере деятельности не вправе осуществлять функции по контролю и надзору, правоприменительные функции, а также функции по управлению государственным имуществом, кроме случаев, устанавливаемых указами Президента РФ.
Общее предназначение и суть деятельности федерального министерства в том, что оно на основании и во исполнение Конституции РФ, федеральных законов, актов Президента РФ и Правительства РФ вправе самостоятельно осуществлять правовое регулирование в установленной сфере деятельности, за исключением вопросов, правовое регулирование которых в соответствии с Конституцией РФ и законодательством осуществляется исключительно федеральными законами, актами Президента РФ и Правительства РФ.
Федеральный министр осуществляет координацию деятельности государственных внебюджетных фондов, осуществляя следующие функции: вносит в Правительство РФ предложение о назначении на должность (освобождении от должности) руководителя государственного внебюджетного фонда, принимает нормативные правовые акты по сферам деятельности государственных внебюджетных фондов; вносит в Правительство РФ по представлению руководителя фонда проекты федеральных законов о бюджете государственного внебюджетного фонда и об исполнении его бюджета; назначает проверки деятельности этих фондов в устанавливаемых законом случаях.
Федеральная служба (служба) является федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим функции по контролю и надзору в установленной сфере деятельности, а также специальные функции в области обороны, государственной безопасности, защиты и охраны государственной границы, борьбы с преступностью, общественной безопасности. При этом под функциями по контролю и надзору понимаются: осуществление действий по контролю и надзору за исполнением органами государственной власти, органами местного самоуправления, их должностными лицами, юридическими лицами и гражданами установленных Конституцией РФ, федеральными законами и другими нормативными правовыми актами общеобязательных правил поведения; выдаче органами государственной власти, органами местного самоуправления, их должностными лицами разрешений (лицензий) на осуществление определенного вида деятельности и (или) конкретных действий юридическим лицам и гражданам; регистрация актов, документов, прав, объектов, а также издание индивидуальных правовых актов. Федеральные службы в пределах своей компетенции издают индивидуальные правовые акты на основании и во исполнение Конституции РФ, федеральных законов, актов Президента РФ и Правительства РФ, нормативных правовых актов федерального министерства, осуществляющего координацию и контроль деятельности службы. Федеральная служба может быть подведомственна президенту РФ или находиться в ведении Правительства РФ.
Федеральную службу возглавляет руководитель (директор) федеральной службы. Федеральная служба по надзору в установленной сфере деятельности может иметь статус коллегиального органа. Федеральная служба не вправе осуществлять в установленной сфере деятельности нормативно-правовое регулирование, кроме случаев, установленных указами Президента РФ, а также управление государственным имуществом и оказание платных услуг.
Федеральные агентства являются федеральными органами исполнительной власти, осуществляющими в установленной сфере деятельности функции по оказанию государственных услуг, по управлению государственным имуществом и правоприменительные функции, за исключением функций по контролю и надзору. При этом под функциями по оказанию государственных услуг понимается осуществление федеральными органами исполнительной власти услуг, имеющих исключительную общественную значимость и оказываемых на установленных федеральным законодательством условиях неопределенному кругу лиц; под функциями по управлению государственным имуществом понимается осуществление полномочий собственника в отношении федерального имущества, в том числе переданного федеральным государственным унитарным предприятиям, федеральным казенным предприятиям и государственным учреждениям, подведомственным федеральному агентству, а также управление находящимися в федеральной собственности акциями открытых акционерных обществ; под правоприменительными функциями понимается издание индивидуальных правовых актов, a также ведение реестров, регистров, кадастров.