Мы располагаем важным документом, подготовленным Н. Г. Кузнецовым: «В ЦК ВКП(б) тов. Сталину И. В. Главный военный совет Военно-Морского Флота Союза ССР рассмотрел вопрос о ходе строительства главной базы Северного флота в губе Ваенга Кольского залива. При рассмотрении выявилась необходимость проведения ряда специальных мероприятий для форсирования строительства базы, в данный момент резко отстающей от развития флота.
Прошу утвердить представленный при этом проект постановления СНК и ЦК ВКП(б) о форсировании строительства базы Северного флота в губе Ваенга…»
Согласно приказам наркома ВМФ в 1940 году с Балтийского флота на Север должны были перейти два эскадренных миноносца, 11 подводных лодок, две плавмастерские и сетевой заградитель. Но перевели только эскадренный миноносец и четыре подводные лодки, так как остальные корабли требовали ремонта и из-за этого были оставлены на Балтике до следующей навигации.
Было намечено и много других мер помощи Северному флоту. Однако, как всегда самокритично признавал сам Кузнецов: «Они не были достаточно энергичными, и вскоре нам пришлось расплачиваться за это…»
Северный флот, несмотря на быстрые темпы роста, к началу войны располагал незначительным количеством боевых сил. В его составе насчитывалось до 40 кораблей различных классов, в том числе 15 подводных лодок, 8 эскадренных миноносцев, 7 сторожевых кораблей, 2 тральщика, 1 минный заградитель, 14 малых охотников за подводными лодками и несколько гидрографических судов. Военно-воздушные силы флота имели 116 самолетов.
Внутренние и внешние коммуникации на архангельском Севере защищала вновь созданная Беломорская военная флотилия, входившая в состав Северного флота. Уже 2 августа 1941 года адмирал Кузнецов подписал приказ о формировании Беломорской военной флотилии (БВФ) с главной базой в Архангельске. Ее командующим стал контр-адмирал М. М. Долинин. Местные власти предоставили для штаба БВФ помещения в центре города на берегу Северной Двины. В Гостином дворе разместились редакция и типография флотской газеты «Северная вахта». Части и склады тыла получили более 28 тысяч квадратных метров жилого и служебного фонда.
Флотилии передали бригаду траления, дополнительно мобилизовали суда гражданских ведомств, создали еще одну военно-морскую базу, усилили береговую и зенитную артиллерию, особенно в Горле Белого моря и в новозе-мельских проливах. Морские перевозки во время арктической навигации охраняли Северный отряд (отряд Карского моря) под командованием капитана 2-го ранга Н. П. Аннина (его Николай Кузнецов знал еще со времен войны в Испании как одного из моряков-добровольцев) и 2-я авиагруппа Севморпути, которой командовал Герой Советского Союза полковник И. П. Мазурук, а также четыре береговые батареи.
В сентябре 1941 года в состав Северного флота были зачислены подводные лодки К-3, К-21, К-22, К-23, С-101, С-102, Л-20, Л-22, прибывшие из Ленинграда. После прохождения курса боевой подготовки они вошли в состав бригады подводных лодок. Еще ранее в августе по железной дороге были перевезены из Ленинграда пять торпедных катеров.
К сожалению, в тот год положение на Ленинградском фронте не позволило Наркомату ВМФ и дальше усилить Северный флот за счет кораблей с Балтики, поэтому было решено направить на Север шесть подводных лодок с Тихоокеанского флота. Нашим подводникам предстояло скрытно пересечь Тихий океан, где хозяйничали японские военные корабли, спуститься к экватору, пройти Панамским каналом в Атлантику, миновать районы активных действий немецких подводных лодок, подняться выше Северного полярного круга и оттуда следовать в базы Северного флота. 25 сентября 1942 года вышли в дальний путь подводные лодки «Л-15» (командир — капитан-лейтенант В. И. Комаров) и «Л-16» (командир — капитан-лейтенант Д. Ф. Гусаров). Вслед за ними отошли от дальневосточных причалов еще четыре подводные лодки. Командовал отрядом Герой Советского Союза капитан 1-го ранга Трипольский, который хорошо проявил себя в финской войне, будучи командиром подводной лодки.
11 октября 1942 года, когда до Сан-Франциско оставалось 820 миль, был торпедирован и погиб подводный корабль «Л-16». По одной версии, к гибели советской подводной лодки были причастны японцы, а по другой — американская субмарина.
16 августа 1942 года из Горького с завода № 112 в состав Северного флота были перевезены пять подводных лодок типа «М» серии 301, 302, 303, 304 и 305 в Молотовск железнодорожным путем. До декабря 1942 года в Молотовске осуществлялись их достройка и передача в состав Северного флота.