В целях усиления Северного флота была проведена уникальная операция по переводу с Каспийского в Белое море пяти подводных лодок: «С-14», «С-15», «С-103», «С-104», «М-201». Перевод лодок из Баку до Горького проходил своим ходом, а дальше от Горького до Архангельска — на плавдоках по рекам Волге, Шексне и Северо-Двинской водной системе.
В ноябре 1942 года нарком ВМФ Н. Г. Кузнецов направил в советскую военно-морскую миссию в Англии радиограмму, в которой просил выяснить, смогут ли союзники сменить на советских подводных лодках аккумуляторные батареи и установить новые радиолокационные и гидроакустические станции. По распоряжению наркома адмирал Н. М. Харламов связался с английским адмиралтейством и получил положительный ответ. Вскоре новыми станциями были оборудованы две тихоокеанские подводные лодки — «С-54» и «Л-15»; еще четыре установки были отправлены с очередным конвоем в Полярное, где их ждали советские субмарины. На подводных лодках «С-56» и «С-55» был проведен основательный доковый ремонт. Адмирал Н. Г. Кузнецов одобрил действия военно-морской миссии в Англии.
24 января 1943 года в Полярное пришла первая подводная лодка, которой командовал капитан 3-го ранга И. Ф. Кучеренко. Остальные подводные корабли прибыли на Северный флот в марте — июне 1943 года. Как отмечал нарком ВМФ Н. Г. Кузнецов, «это был первый за всю историю советского подводного флота столь длительный переход». Каждая из субмарин пробыла в море 2200 часов и оставила за кормой 17 тысяч миль. К сказанному следует добавить, что подводная лодка «С-56» за участие в боевых действиях на Северном флоте была удостоена звания гвардейской и награждена орденом Красного Знамени. «С-51» также стала краснознаменной, а командиры этих подлодок Г. И. Щедрин и И. Ф. Кучеренко были удостоены высокого звания Героя Советского Союза.
С самого начала военных действий корабли флота оказывали артиллерийскую поддержку приморскому флангу 14-й армии. 29 июня 1941 года, когда 135-й стрелковый полк, оборонявший полуостров Средний, подвергся ожесточенным вражеским атакам, эскадренный миноносец «Куйбышев» под командованием капитан-лейтенанта С. Н. Максимова несколько часов вел орудийный огонь по наступающим частям противника. На следующий день для артиллерийской поддержки полка в Мотовский залив вышли эсминцы «Куйбышев» и «Урицкий» и два сторожевых катера «МО». В течение трех часов они обстреливали немецко-фашистские войска на подступах к полуострову Средний.
25 ноября командир сторожевого корабля «Бриз» (СКР-25) лейтенант В. А. Киреев проявил решительность, изобретательность и мужество в бою с фашистской подводной лодкой у мыса Святой Нос. Когда командир носового орудия старшина 1-й статьи А. А. Чижов разглядел силуэт немецкой субмарины, командир В. А. Киреев принял решение идти на таран. Развив большую скорость, сторожевик нанес подлодке жестокую рану, а когда она погрузилась, минеры сбросили глубинные бомбы. Как выяснилось позже, СКР-25 серьезно повредил немецкую подводную лодку U-572. По другим сведениям, она затонула.
Главком ВМФ ввел в практику постановку задач флота на каждый год. Подчиняя интересам сухопутной армии задачи флота, аппарат Наркомата ВМФ и его Главный штаб анализировали состояние боевой готовности флотов, результаты выполнения задач в морских операциях и определяли новые ориентиры. Так, в 1942 году нарком ВМФ адмирал Н. Г. Кузнецов поставил Северному флоту следующие задачи:
не допустить захвата районов базирования флота, прорыва вражеских кораблей и высадки десантов в Кольском заливе, Иоканьге, Белом море;
поддерживать фланг 14-й армии авиацией, артогнем, десантами и морскими операциями;
способствовать нарушению перевозок противника в Норвежском и Баренцевом морях и запретить использование Петсамо в качестве конечного пункта перевозок;
активизировать действия подлодок, авиации и надводных кораблей против боевых кораблей и транспортов противника, систематически производить активные минные постановки;
обеспечить движение внешних конвоев усилением охранения и всеми видами обороны в прибрежной зоне; сохранить морскую коммуникацию Мурманск — Белое море — Арктика.
Летом 1942 года командованием предпринимается реорганизация вооруженных сил, действовавших на приморском направлении. Северяне сражались на всех участках огромного фронта. Только на территории Архангельской области было сформировано около 120 различных подразделений, в том числе для боевых действий в Заполярье десять отдельных стрелковых и лыжных бригад и полков, 12-я Краснознаменная Печенгская бригада морской пехоты, 24 лыжных батальона, каждый численностью в 570 бойцов.