Однако такое противостояние не могло длиться долго.
25 февраля 1946 года Наркомат обороны был преобразован в Наркомат Вооруженных сил (позднее — в Министерство Вооруженных сил). Наркомат ВМФ был упразднен, а его службы вошли в новое министерство. Н. Г. Кузнецов был назначен главнокомандующим Военно-морскими силами и заместителем министра Вооруженных сил. При этом его статус понизился по сравнению с министром судостроительной промышленности. Главком ВМС лишился возможности докладывать руководству страны, а должен был согласовывать свои действия через министра обороны. Но, как оказалось, все неприятности по службе Н. Г. Кузнецова на этом не кончились.
С адмиралом начали сводить счеты, почувствовав удобный момент, приближенные вождя. В мемуарах Н. Г. Кузнецов называет своим «злым гением» Н. А. Булганина. Замещая наркома обороны, Булганин беспардонно приказал выселить из одного из зданий несколько управлений флота. Н. Г. Кузнецов обратился за помощью в высшую инстанцию — к Сталину, который на этот раз поддержал «строптивого адмирала». Н. А. Булганин был взбешен и наедине заявил Н. Г. Кузнецову, что он «знает, как варится кухня, пообещав при случае припомнить ему этот инцидент».
Гром грянул после новогодних праздников. В начале января 1947 года на заседании Главного военного совета И. В. Сталин предложил освободить адмирала флота Н. Г. Кузнецова от занимаемой должности. Главкома ВМС это решение не застало врасплох, он прекрасно осознавал, что «кухня уже варилась» Н. А. Булганиным. Главой ВМС был назначен командующий Тихоокеанским флотом И. С. Юмашев. 17 января Главный военный совет, воплощая в жизнь навязчивую идею своего генералиссимуса, вслед за Балтийским разделил и Тихоокеанский флот на два — 5-й и 7-й ВМФ.
19 февраля 1947 года, учитывая славное боевое прошлое адмирала Н. Г. Кузнецова, его назначили начальником Управления военно-морских учебных заведений.
Удивительное обстоятельство: как только Николая Герасимовича освободили от должности главкома ВМС, все телефоны в квартире сразу замолчали. Жизнь как будто остановилась. И только редкие звонки друзей, сослуживцев начали пробиваться сквозь эту зловещую тишину. Многие, кто служил под началом Кузнецова, сразу попадали под обаяние незаурядной и светлой личности адмирала. Но немало было и таких «людишек», которые в силу своей ущербности и аморальности завидовали ему. Он великодушно прощал их, оставлял на тех же должностях, даже выдвигал на более высокие посты… Это было непонятно и непостижимо для многих окружающих и друзей адмирала.
Подлость, зависть, клевета, интриги…
Адмиралу Н. Г. Кузнецову наконец-то представилась возможность побывать в отпуске. За годы войны и первое послевоенное время об отдыхе можно было только мечтать. Бывший главком ВМС взял семейную путевку в санаторий на Рижском взморье. В один из дней он позвонил командиру бригады кораблей в Усть-Двинске контр-адмиралу Н. Н. Амелько с просьбой организовать на небольшом катере поездку по реке Лиелупе. «Опальный адмирал» хотел пройтись по Лиелупе, войти в Даугаву, дойти до Риги, посмотреть бухты и торговый порт в Мильгрависе. Командир бригады по просьбе Кузнецова стал и капитаном, и мотористом, и матросом. После трехчасового плавания при возвращении Николай Герасимович попросил Н. Н. Амелько высадить его в поселке Дзинтарс, откуда хотел проехать до санатория одну остановку на поезде. Погода стояла жаркая, и они решили заглянуть в станционный буфет, утолить жажду. Вспоминает адмирал Н. Н. Амелько: «Когда мы вошли, буфет был битком набит офицерами флота, все столики оказались заняты. Увидев Николая Герасимовича в штатском, все офицеры встали по стойке „смирно“, а было их человек восемьдесят, наступила полная тишина. Николай Герасимович тихо сказал: „Спасибо!“ — смутился, вышел из буфета и до подхода электрички молча простоял на платформе, глядя в море»…
Но, как известно, одна беда не приходит.
В это время в стране набирала обороты кампания по борьбе с космополитами. Факты «преклонения» перед зарубежными авторитетами, «некритического» подхода к опыту боевой деятельности иностранных флотов были обнаружены и в системе военно-морского образования. Так, в Военно-морской академии имени К. Е. Ворошилова в качестве «улики» сослались на использование в учебной программе труда немецкого военно-морского специалиста А. Штеннеля «История войны на море с точки зрения морской тактики». В Высшем военно-морском инженерном училище имени Ф. Э. Дзержинского излишне бдительные «патриоты» указали на конспект лекций «Вторая мировая война на море», где ставились в пример некоторые операции флотов Англии и США. Проявление «низкопоклонства перед Западом» нашли в учебниках Вербицкого «О газовых турбинах», Дегтярева «Основы фортификации», Иванченкова «Взрывчатые вещества и пороха». Даже учебники по математике подвергались тщательной проверке… Дошла очередь и до руководителя военно-морских учебных заведений адмирала Н. Г. Кузнецова. Ему вспомнили прошлое. 3 октября 1947 года на имя заместителя главкома ВМС по кораблестроению и вооружению вице-адмирала П. С. Абанькина поступил рапорт капитана 1 — го ранга В. И. Алферова. В нем автор жаловался на то, что его торпеда, которую он своевременно не защитил авторским свидетельством, три года назад на правах взаимной информации была передана англичанам.