В. А. Пальмин подчеркивает: «Первые беломорские суда Петра I: яхта „Святой Петр“ и корабль „Святой Павел“, сошедшие в 1693–1694 годах со стапелей судостроительной верфи в Архангельске, были заложены и построены как морские суда военного назначения. Из чего следует, что Архангельск, точнее, его островной район — Соломбала, стал тем местом в России, где в 1693–1694 гг. было положено начало военному морскому кораблестроению».
С тем чтобы придать морскому плаванию более конкретный и определенный смысл, Петр Первый осуществил своими кораблями сопровождение иностранных торговых (четырех голландских и четырех английских) судов, в ходе которого российские военные корабли выполняли роль конвойного эскорта. В этих целях царем были составлены инструкции, схема построения торговых и конвойных судов, отработаны способы связи и оповещения при следовании их в море. Еще в Москве, готовясь к морскому походу в Белом море, Петр Первый присвоил адмиральские звания своим ближайшим помощникам — будущим морским командирам Ф. Ю. Ромодановскому (адмирал), И. И. Бутурлину (вице-адмирал), П. Гордону (контр-адмирал), подчеркнув военный характер создаваемой Беломорской флотилии. Изучив письма Ф. Лефорта, дневниковые записи П. Гордона, В. А. Пальмин отмечает, что участники морского похода называют соединение не иначе как флотом.
Справедливости ради упомянем о том, что петровские «адмиралы» фактически не имели морской практики и опыта кораблевождения, что едва не привело к трагическим последствиям; тем не менее тогда внешние атрибуты сыграли свою роль.
Самым важным свидетельством того, что Беломорская флотилия была создана как военно-морское соединение, является факт поднятия на ее кораблях бело-сине-красного флага, который до 1705 года был исключительно военно-морским. И только с введением на Военно-морском флоте России Андреевского флага он стал специальным флагом российских торговых судов.
Уезжая из Архангельска в 1693 году, Петр Первый свой трехцветный с орлом штандарт, впервые затрепетавший над волнами Белого моря, передает как дорогую реликвию архиепископу Холмогорскому и Важскому Афанасию. Поморский владыка по достоинству оценил царский дар и определил ему почетное место в крестовой архиерейской церкви. Позднее штандарт Петра Великого был перенесен в Архангельский кафедральный собор, где своим присутствием напоминал об истоках Военно-морского флота России.
17 (28) декабря 1700 года по указу Петра Первого в 19 километрах от Архангельска на взморье была заложена Новодвинская (Петропавловская) крепость. Это была первая в России морская крепость бастионного типа. Внутри беломорской цитадели находились казармы для гарнизона, дом коменданта и деревянная церковь во имя апостолов Петра и Павла, поэтому крепость первоначально называлась Петропавловской. 25 июня 1701 года под стенами строящейся крепости была одержана первая военно-морская победа над шведами в Северной войне (1700–1721). В ходе сражения были захвачены два корабля с флагами, артиллерией, боеприпасами, продовольствием и одной шлюпкой. Царь, получивший донесение об этой славной виктории, поделился радостью с главным начальником Адмиралтейского приказа бывшим двинским воеводой Ф. М. Апраксиным. Письмо начиналось восторженной фразой: «Я не мог Вашему превосходительству оставить без ведома, что ныне учинилося у города Архангельскова зело чудесно».
В 1702 году Петр Первый в третий раз посетил Архангельск. С ним прибыли четыре тысячи солдат-преображенцев и многочисленная свита. Около трех месяцев находился царь в Архангельске. Это было самое продолжительное его пребывание на Русском Севере. Времени зря он не терял: при нем было спущено на воду два фрегата и заложен еще один — 26-пушечный.
В августе морская флотилия из 13 кораблей, половина которых была архангельской постройки, отправилась в Соловецкий монастырь, а затем к поморскому селу Нюхча. К этому времени через леса и топи северными крестьянами и солдатами была проложена «осударева дорога» к городу Повенцу. Строительством этой дороги руководил сержант гвардейского Преображенского полка Михаил Щепотев (Щепотьев). Корабли «Курьер» и «Святой дух», установленные на специальных полозьях и закрепленные многочисленными канатами, по-бурлацки тянули по мостовому настилу сотни лошадей и около двухсот крестьян и солдат. Это была грандиозная картина. Весь 160-верстный путь занял десять суток, днем и ночью (тем более что северные ночи светлые) продолжался этот беспримерный по трудности переход. По «осударевой дороге» прошли петровские войска, а протащенные на бревенчатых катках из Белого моря в Онежское озеро фрегаты совершили затем переход по реке Свири в Ладожское озеро. По шведским крепостям был нанесен внезапный и успешный удар. Возвращение России захваченной шведами в 1611 году крепости Орешек, которую Петр Первый переименовал в Шлиссельбург (Ключ-город), существенно изменило военное положение страны. Внесшие достойный вклад в эту победу два военных фрегата северной постройки вошли в состав будущего Балтийского флота.