Во второй половине ноября 1942 года, в разгар Сталинградской битвы, наркома ВМФ Н. Г. Кузнецова вызвали в Ставку. И. В. Сталин сообщил, что Генеральный штаб разрабатывает наступательную операцию на юге. Через несколько дней адмирал Н. Г. Кузнецов был ознакомлен с приказом Верховного главнокомандующего по освобождению Новороссийска. Морякам поручалось провести десантную операцию в районе селения Южная Озерейка и вспомогательную высадку черноморцев в Станичках. Нарком ВМФ передал Черноморской группе войск 255-ю Краснознаменную бригаду, 323, 324-й и 327-й батальоны морской пехоты. Днем и ночью проводились тренировки, учения десантных войск и кораблей, отрабатывалось взаимодействие между всеми участвующими в операции силами.
27 января 1943 года началось наступление советских войск, но прорвать оборону к востоку от Новороссийска не удалось. В ночь на 4 февраля в районе Южной Озерейки был высажен десант. Однако десант не удался. Враг сумел сосредоточить на берегу большие силы. Уже начавшаяся высадка десантников была прекращена. Помешала также штормовая погода. Тем бойцам и матросам, которые уже оказались на берегу, было приказано пробиваться сквозь вражеское кольцо в район Станички. Неудачный десант в Южную Озерейку закончился снятием с должности командующего Черноморским флотом Ф. С. Октябрьского, который решением Ставки был направлен для продолжения службы на Амурскую военную флотилию. Нарком ВМФ Н. Г. Кузнецов предложил Ставке назначить на освободившуюся должность вице-адмирала Л. А. Владимирского, командующего эскадрой боевых кораблей и зарекомендовавшего себя решительным и вдумчивым флотоводцем.
В марте 1944 года Ф. С. Октябрьский вновь стал командовать Черноморским флотом. Это был единственный случай смещения командующего флотом и то ненадолго. Так же смело и решительно нарком ВМФ отстоял доброе имя командира Керченской военно-морской базы контр-адмирала А. С. Фролова в тяжелейшем 1942 году. Адмирал Н. Г. Кузнецов ценил морские кадры, часто вступался за них перед Верховным главнокомандующим, не боясь навлечь на себя гнев И. В. Сталина.
Позднее контр-адмирал в отставке В. Т. Проценко, активный участник боев в Новороссийске, отметил характерную черту адмирала Н. Г. Кузнецова: «Никогда не слышал, чтобы Николай Герасимович повышал голос, „разносил“ кого-либо. Он никогда не подставлял под удар своих подчиненных, даже если ошибки и просчеты, а порой и вина были бесспорны. Всегда следовал древнему флотскому правилу — командир отвечает за все».
Более успешной была высадка первого эшелона вспомогательного десанта у Станички. Корабли подошли здесь к берегу неожиданно для противника, десант поддержала береговая артиллерия. К тому же внимание фашистов в это время было отвлечено отражением ударов с суши и десанта в Южной Озерейке.
Благодаря внезапности и героизму морской пехоты под командованием майора Ц. Л. Куникова десанту удалось укрепиться на небольшом плацдарме. В последующих ожесточенных боях плацдарм был не только сохранен, но и значительно расширен. Он вошел в историю под названием Малая Земля. С 4 по 9 февраля в этот район было высажено 15 400 бойцов и моряков с артиллерией и танками, а всего к 10 сентября 1943 года на этот плацдарм флот перевез в сложных условиях более 78 тысяч бойцов и офицеров с артиллерией, танками, автомашинами, боеприпасами.
Семь месяцев на плацдарме от Мысхако до Станички площадью в тридцать квадратных километров сражались с врагом защитники Малой Земли. Их жизнь и борьба во многом зависели от морской дороги вдоль берега, занятого врагом. И семь месяцев моряки-черноморцы на малых кораблях совершали героические рейсы в Мысхако, доставляя десантникам боеприпасы, пополнение, провиант.
Малая Земля отвлекла на себя значительные силы врага, полностью лишила противника пользоваться Новороссийским портом и оказала большую помощь советским войскам в заключительных боях под Новороссийском.
В ходе войны советское военно-морское стратегическое планирование и оперативно-тактическое искусство постоянно совершенствовались и улучшались. План десанта в Новороссийский порт, по словам Н. Г. Кузнецова, «был рассчитан по минутам и секундам, всесторонне обдумывалась каждая деталь».
8 ночь на 10 сентября 1943 года в порт и город Новороссийск был высажен десант. Из шести тысяч десантников две трети — четыре тысячи бойцов — моряки.
9 сентября 1943 года советские войска начали Новороссийско-Таманскую наступательную операцию, которая по праву может быть отнесена к числу поучительных совместных сил армии и флота. Взятие Новороссийска явилось началом крушения всей «Голубой линии». Войска 18-й армии (командующий генерал-лейтенант К. Н. Леселидзе) начали развивать наступление во фланг и тыл группировки противника, оборонявшегося на Таманском полуострове. Войска 56-й армии (командующий генерал-лейтенант А. А. Гречко) и 9-й армии (командующий генерал-майор А. А. Гречкин) перешли в наступление на центральном и северном участках таманского плацдарма. Всей операцией руководил командующий Северо-Кавказским фронтом генерал И. Е. Петров, который имел двух основных заместителей: по сухопутной части генерал-лейтенанта К. Н. Леселидзе, а по морской — командующего Черноморским флотом вице-адмирала Л. А. Владимирского.