Весною 1783 года С. А. Пустошкин был назначен для доставления в Херсон команды из 200 человек матросов для тамошних галер. Но перед отправлением своим в южный край России, он в апреле месяце взял отпуск, чтобы еще раз увидеться с престарелыми родителями, жившими безвыездно в своем Чернецове; отец его тогда уже лишился зрении и, обессиленный недугами и старостью, лежал в постели. Пребывание Семена Афанасьевича на родине было непродолжительно; тем не менее, он никогда не мог забыть его: при отъезде отсюда он в последний раз получил благословение родителей на верную службу, на радость и счастье в жизни. Узнав о назначении своего сына в Херсон, старик отец, благословив его при последнем прощании, велел старшему сыну подать хрустальный стакан, на котором изображены: жертвенник, два голубя с лавровыми ветками и надпись “непременно”. Подавав этот стакан любимому сыну, растроганный старец сказал ему: “друг мой, Сеня! Даю тебе этот скудельный сосуд, который возвращен нам из Херсона, куда ты отправляешься ныне; там он был в руках дяди твоего Дмитрия Федоровича (Д.Ф.Пустошкин, родной дядя Семёна Афанасьевича, был убит под Очаковом, при взятии. той крепости Минихом, в июне 1737года). Этот стакан – скудельный сосуд и принесен сюда в целости; молю Создателя, чтобы Он так же благополучно возвратил к нам и тебя. Служи верно и честно нашей великой Государыне и Отечеству. За Богом молитва, а за Царем служба никогда не пропадают”. Добрые желания и надежды старца исполнились; но сам он уже не дождался этой радости: вскоре по отправлении сына он скончался. Летом того же года вверенная С. А. Пустошниму команда приведена им в Херсон в совершенной исправности, за что ему и объявлена благодарность от вицеадмирала Клокачева, командовавшего Азовским флотом. В это время свирепствовавшая в Новороссийском крае чума, несмотря на все меры, принятия правительством, вторглась и в Херсон; в числе жертв ее был и Клокачев. На место его назначен вице-адмирал Сухотин. Его распоряжениями действие губительной заразы прекращено. Одним из самых деятельных помощников Сухотина в этом деле был С. А. Пустошкин, заслуживший за то особенную похвалу и благодарность вице-адмирала, объявленную в приказе его. – В апреле 1784 года, он определен на 66-пушечный корабль “Слава Екатерины”, первый наш построенный на верфи города Херсона. Командиром корабля был капитан 1-го ранга граф Воинович. С ним С. А. Пустошкин совершил первую кампанию на водах Черного мора, от Херсона до Севастополя, куда они прибыли 19-го сентября; а с 26-го октября до мая 1786 года, будучи сам командиром на пинке № 2, находился, по разным экспедициям, то в Херсоне, то в Севастополе, совершив в 1785-м году (с 2-го сентября по 22-е декабря) кампанию от Севастополя до Глубокой пристани.
Разведывательный поход Пустошкина
Наконец, в мае 1786 года, С. А. Пустошкин назначен командиром небольшого военного фрегата “Пчела” и получил приказание отправиться под купеческим флагом в разные порты Средиземного моря, для перевозки товаров Елисаветградского купца Масленникова: фрегат нагружен был пшеницей и парусиной.
«Инструкция из Черноморского Адмиралтейского правления капитану “Пчелы” Пустошкину, от 7-го мая 1786 года № 268».
– пункт 5. При входе в Царьград и в другие порты, пушечной пальбы отнюдь не производить, а к тому как амуничных, так и мундирных и оружейных вещей не оказывать, и во всём себя и команду содержать по купеческому обряду”.
Таким образом, это была закамуфлированная под торговый рейс разведывательная операция Адмиралтейства Императорского Флота России. Но главной причиной этого назначения были тогдашние политические обстоятельства. По силе Кучук-Кайнарджийского договора, Порта обязалась открыть русским купеческим кораблям свободнее плавание по Черному и Средиземному морям и защищать наш флаг. Несмотря на это, два купеческих судна, отправленные из Петербурга компанией графа Головкина, князя Несвицкого и купца Маковкина, со всеми товарами и людьми, захвачены были алжирцами, Россия потребовала по этому случаю объяснении от Порты; Порта медлила ответом. С. А. Пустошкину поручено было узнать: точно ли алжирцы безнаказанно нападают на купеческие суда, под нашим флагом ходящие? А как, по договору, через Дарданеллы нельзя было проходить судами, имевшим более 12-ти пушек, а между тем опасность поручения требовала большой