Десантная операция в Неаполь
В 1799-м году, сдав управление портом и флотом генерал-майору Баскакову, С. А. Пустошкин отправился в Николаев и принял начальство над эскадрой из 13-ти военных судов, назначенных для доставления в гвардию Неаполитанского короля трех гренадерских батальонов, под командою генерал-майора Бороздина (по особому договору, Император Павел 1 обещал послать несколько русских батальонов в южную Италию для защиты Неаполя.). В Одессе принял он десантные войска на свои суда и 29-го сентября отправился в Корфу, куда прибыл 12-го ноября
Вторая коалиция
В 1797-99 гг. французские войска установили свой контроль над Южной Италией. Римский папа находился под домашним арестом. Король Неаполя бежал на Сицилию. Освобождение Папской области и Неаполитанского королевства стало одной из главных задач союзников по Второй антифранцузской коалиции, открывшей в конце 1798 года военные действия.
Командующим русскими силами на Средиземноморском театре военных действий был прославленный адмирал Фёдор Фёдорович Ушаков (1745–1817). Зимою 1798/99 г. совместно с турками он освободил от французов Ионические острова, где им была провозглашена Республика Семи Островов – первое за триста лет независимое греческое государство.
Весной 1799 года корабли Ушакова прибыли в Тирренское море. Британская эскадра коммодора Томаса Трубриджа отказалась с ним взаимодействовать под предлогом защиты Палермо от возможного нападения французского флота. В Неаполе с помощью французских штыков утвердился режим марионеточной Партенопейской республики, не пользовавшийся популярностью у населения.
В это время победы Суворова в Северной Италии вынудили французского генерала Макдональда двинуть туда свою армию, очистив Южную Италию. Остался только французский гарнизон в Неаполе. Вокруг него ширилось море роялистского восстания, направляемого кардиналом Фабрицио Руффо и организованной им «Армией веры».
Взятие Неаполя
Ушаков направил на берег командира фрегата «Счастливый» капитана 2-го ранга Григория (Генри) Белли, шотландца, перешедшего на русскую службу, с пятьюстами матросами и шестью орудиями. 8 (19) мая отряд Белли высадился в бухте Манфреддония. 11 (22) мая русские именем неаполитанского короля овладели городом Фоджа. Суда русской эскадры поддерживали их с моря. Двигаясь вдоль берега, Белли 2 (13) июня подошёл к Неаполю. После ожесточённой стычки на мосту Маддалены русские вошли в город. Здесь капитану Белли пришлось стать свидетелем тягостных сцен: прятавшиеся до сих пор лаццарони начали резать всех, в ком подозревали республиканцев. Прибывший кардинал Руффо остановил произвол и заключил перемирие с остававшимися в нескольких цитаделях республиканскими гарнизонами. Им разрешалось эвакуироваться во Францию.
Однако подоспевший пожинать плоды чужой победы английский адмирал Нельсон вероломно нарушил перемирие, чем поставил в неловкое положение Руффо и Ушакова. Англичане захватили корабли с отплывавшими республиканцами, арестовали их экипажи и передали на расправу королевскому правительству.
Русские войска не были к этому причастны. Капитан Белли тем временем продолжал очищение Неаполитанского королевства от французских войск. 6 июля ему сдалась знаменитая древняя Капуя. За свои победы Белли был награждён орденами святого Иоанна Иерусалимского (Мальтийским орденом) и орденом св. Анны 1-й степени.
Три фрегата из эскадры Ушакова под общим командованием капитана Александра Сорокина были оставлены, по просьбе восстановленного русскими на престоле короля, для обороны Неаполя от всяких случайностей.
Адмирал Ушаков с русской эскадрой у Неаполя
Вступление в Рим
Осенью 1799 года под влиянием успехов Суворова французы оставили также и Рим. В городе начиналась анархия. Ушаков решил занять город, чтобы обеспечить его передачу папским властям. 8 (19) сентября десантный отряд из 800 морских пехотинцев во главе с полковником Скипором высадился на берег и 30 сентября (11 октября) под ликование народа вошёл в «Вечный город».
Русские успехи и популярность России у итальянцев встревожили Англию и Австрию, которые вынудили Россию выйти из коалиции. Спустя год Италия снова и уже надолго подпала под власть Франции.
Проведя тут зиму, в марте 1800 года отправился он в Отранте, где 8-го числа высадил Бороздина с вверенным ему войсками; а 14-го пришел обратно в Корфу. адмирал Ушаков, отдал следующий приказ: “командующему эскадрой гребного флота, г. капитану 1-го ранга Пустошкину, за ревностное усердное старание, прилежность и скорое выполнение в доставлении на эскадре, ему вверенной, отправленных из Корфу войск, под командой г. генерал-лейтенанта и кавалера Бороздина в Бриндичи, при противных погодах, успешно за высаживание оных в Отранте, мою похвалу и благодарность; также похваляюусердие его, Пустошкина, за исправное доставление, оных войск от Одессы да Корфу в прошедшее время глубокой осени на судах не весьма благонадежных. Что команды и все суда благополучно доведены – сие приписать должно рачительному старанию и доброму распоряжению командующего эскадрой”. 5го апреля, по приказанию адмирала Ушакова, С. А. Пустошкин вышел с эскадрой своей из Корфу; 1-го июня прибыл на рейд Очакова и, по выдержании карантина 29-го числа, ввел все суда в гавань Николаева. Монаршая благодарность была наградой его за эту экспедицию. “Поздравляю вас от всего моего сердца с благополучным возвращением”, адмирал Н. С.Мордвинов.