Утром намеченного дня Ушаков дал сигнал открыть огонь двух батарей по крепостным укреплениям французов, а десанту атаковать внешние укрепления. Одновременно эскадра начала обстрел северной и восточной сторон Видо. Обрушив всю силу огня корабельной артиллерии по батареям и береговым укреплениям острова, союзники за два часа окончательно подавили их. Не прекращая огня, Ушаков приказал высадить десант во всех удобных местах. В 14 часов остатки гарнизона острова — 422 человека во главе с генералом Пивроном — сдались в плен.
Взяв Видо, Ушаков все силы бросил на овладение островом Корфу. После полуторачасового штурма были взяты наружные укрепления старой крепости. Видя безнадежное положение гарнизона, главный комиссар Директории Дюбуа и комендант крепости Шабо на следующий день прислали к Ушакову парламентера с предложением о сдаче крепости. 20 февраля был подписан акт о капитуляции. В донесениях адмирала сказано, что в плен было взято 2931 человек, захвачено 698 пушек разного калибра, линейный корабль, фрегат, бомбардирский корабль и десять мелких судов, большое количество боеприпасов и продовольствия.
Русские моряки в этих боях в очередной раз проявили самые лучшие свои качества. «Прилежнейшие наши служители, — писал Федор Федорович, — от ревности и рвения своего желая угождать мне и оказать деятельность свою и храбрость, на батареях в работу и во всех бдительностях в дождь, в мокроту и в слякоть, обмаранные в грязи, все терпеливо сносили и с великой ревностию старались обо всем рачительно и все переносили». И еще он писал: «Корфу взята нами, так сказать, великой отважностью и последними способами, каких другие употреблять не осмеливаются…»
Победу эту, к великому сожалению, в высших кругах встретили холодно и равнодушно. Ушаков искренне недоумевал и переживал по поводу такого отношения к подвигам русских моряков.
«За всем моим старанием и столь многими неусыпными трудами и рачением из Санкт-Петербурга не замечаю соответствия, — делился он своей душевной болью в письме к русскому послу в Константинополе. — Я душою и всем моим состоянием предан службе, не только о собственном каком-либо интересе, но и о себе ничего не думаю, кроме одной пользе государевой. Зависть, может быть, какая против меня действует. За Корфу я и слова благоприятного никакого не получил…»
В январе 1799 года Ушаков получил копию «с союзного оборонительного трактата высочайшего двора с Портою Оттоманскою». На основании этого «трактата» Ушаков должен был действовать в союзе с английским флотом в Средиземном море. Весной с повеления государя эскадра направилась к южным берегам Италии, на севере которой развернул победоносное наступление русских войск генералиссимус А. В. Суворов. Александр Васильевич поручил Ушакову очистить от французов Римскую область и Неаполитанское королевство. Морской десант, высаженный в мае на восточном побережье Италии, был горячо встречен местным населением. Пройдя через Апеннинский полуостров, отряд в начале июля взял Неаполь.
В период средиземноморской экспедиции во всем блеске проявился и дипломатический талант Федора Федоровича, который имел несомненный политический такт и проводил твердую политику, опирающуюся на русские традиции. Огромной мудрости и выдержки требовали от него, например, отношения с временным союзником и одновременно явным противником турецким правителем Янинского округа в Нижней Албании Али-пашой. В переписке, которая велась между ними довольно активно, Ушаков вежливо именовал его «высокородным и превосходительным пашой». Тот же уверял его во взаимном уважении и дружбе, хотя во многом всячески мешал адмиралу и ни на минуту не оставлял надежд воспользоваться победами как минимум поровну, а в чем-то даже обойти русских.
Чтобы вызвать у адмирала еще большее доверие, он пообещал прислать ему в помощь при осаде Корфу своего сына с шестью или семью тысячами войска. Ушаков, желая получить такого знатного заложника, писал в ответ: «Сына вашего, ежели изволите ко мне прислать, я буду беречь его, как собственного моего сына и друга, и тем докажу вам мое почтение…» Одновременно, не сомневаясь в двойной игре паши, так характеризовал его в письме русскому посланнику в Константинополе В. С. Томаре: «Человек хитрый и безмерно обманчивый… заметно из его поступков — он держит и держать будет ту сторону, которая сильнее».
Этой слабостью конкурента Федор Федорович пользовался при всяком удобном случае, являя ему свое великодушие. Однажды послал даже золотую табакерку, осыпанную бриллиантами. Но как только Корфу был взят, адмирал заговорил с ним более решительно и смело, пригрозил даже послать военный корабль к берегам Албании, чем сразу же смирил строптивого вассала Турции.
По письмам видно, как внимательно Ушаков следил и щепетильно реагировал на все тонкости в отношениях иностранцев к русским морякам, пытался разгадать их тайные и явные замыслы. В одном из писем к тому же Томаре он размышлял: «Требование английских начальников морскими силами в напрасные развлечения нашей эскадры я почитаю — не иное что, как они малую дружбу к нам показывают, желают нас от всех настоящих дел отщепить и, просто сказать, заставить ловить мух, а чтобы они вместо того вступили на те места, от которых нас отделить стараются. Корфу всегда была им приятна; себя она к ней прочили, а нас под разными и напрасными видами без нужд хотели отдалить или разделением нас привесть в несостояние…
После взятия Корфу зависть их к нам еще умножится, потому и должно предоставить все деятельности мне производить самому по открывающимся случаям и надобностям».
В письмах подробно рассказывается об устройстве правлений на освобожденных территориях, в частности в Ионической республике. И тут Федор Федорович показал настоящую дипломатическую прозорливость. Он сумел, с одной стороны, оградить интересы местного населения, с другой — не нарушить интересов Турции и не затронуть самолюбия щепетильного султанского правительства. Отдавая должное Ушакову и в этом вопросе, следует особо подчеркнуть, что принимать решения и добиваться их реализации ему приходилось большей частью самостоятельно. Ведь распоряжения, другие документы русского правительства доходили до него в лучшем случае через два месяца. И конечно же, наделенный благородством, он, вступив в мир политики, ежедневно рисковал собой.
Близилась к завершению средиземноморская экспедиция. Получив распоряжение оказать помощь англичанам в освобождении острова Мальта, Ушаков принял на корабли две тысячи гренадер, посланных Суворовым, и отправился в Сицилию с намерением дальнейшей переброски войск на Мальту. Во время перехода был получен другой приказ: прекратить боевые действия и возвращаться в свои черноморские базы. 26 октября 1800 года Федор Федорович привел эскадру в родной Севастополь, оставленный им более двух лет назад.
Ушакову после этого героического похода недолго пришлось оставаться командующим Черноморским флотом. Наступило царствование Александра I — самая мрачная пора в истории русского флота. Необходимость его совершенствования не только ставилась под сомнение, но и отрицалась вовсе. Морским учреждениям, и в частности Морскому корпусу, стремились придать сухопутный характер. Ревностным исполнителям воли государя, таким, как Мордвинов, Аракчеев и другие, на командных должностях нужны были иные люди, чем строптивый и независимый адмирал Ушаков. Брали верх и давние интриги бездарных адмиралов и всякого рода авантюристов. Зависть, сопровождавшая Федора Федоровича долгие годы, в общем-то понятна. Не имевший никакого отношения к придворным кругам, человек из российской глубинки, он достиг таких высот в службе и такого авторитета, какие большинству его недоброжелателей могли привидеться разве что в счастливом сне. Подобное не проходило бесследно.
Ушакову пеняли на то, что он не дворянин, и ему пришлось документально доказывать свое дворянское происхождение. Но с карьерой было покончено. Его перевели в Петербург и назначили главным командиром Балтийского гребного флота и начальником флотских команд. Такое оскорбительное отношение к заслугам тяготило прославленного флотоводца. Понимая, что он больше не нужен русскому флоту, Ушаков подает в отставку. Его прошения по этому поводу немногословны, но полны душевной боли. В январе 1807 года Ушаков был уволен в отставку с ношением мундира и пенсией в размере половинного жалованья. Он покидает Петербург и поселяется в деревне Алексеевка неподалеку от Санаксарского монастыря на Тамбовщине (ныне Мордовия). Там с не меньшей силой проявились его незаурядные душевные качества, милосердие и благотворительность.