К середине мая 1918 года управление Красной армией осуществлялось Высшим военным советом, Оперативным отделом Наркомвоена и Всероссийским главным штабом. Каждое из этих учреждений имело в своем составе орган военной разведки. Разведка не была объединена единым руководством.
В соответствии с общим мнением руководителей разведывательных органов Наркомвоен в конце июня 1918 года создал «Комиссию по организации разведывательного и контрразведывательного дела», куда входили представители разведывательных и контрразведывательных органов Всероссийского главного штаба, Высшего военного совета и Оперода Наркомвоена. К ее работе были привлечены представители ВЧК, штабов Московского и Ярославского военных округов, а также штаба Северного участка «завесы».
2 августа 1918 года комиссия Наркомвоена утвердила «Общее положение по разведывательной и контрразведывательной службе» и штаты разведывательных отделений.
Осенью 1918 года в ходе реорганизации высшего военного управления был образован Революционный военный совет Республики (РВСР) и его Полевой штаб. 5 ноября 1918 года в составе Полевого штаба было создано Регистрационное управление как центральный орган военной разведки Республики. Этот день принято считать днем основания российской военной разведки.
В ходе Гражданской войны в составе Красной армии были сформированы армейские и фронтовые объединения, которые успешно вели боевые действия против контрреволюционных сил и интервентов.
Опыт Гражданской войны свидетельствует о том, что специальная разведка Вооруженных сил республики относилась и была составной частью агентурной разведки. В разное время ее называли: «диверсионная разведка», «активная разведка» или просто «активка», «особая разведка» и «специальная разведка».
Главной ее задачей было совершение диверсий на военно‑промышленных объектах. Однако ставились и задачи специального характера, например ликвидация изменников и предателей нашей Родины и некоторые другие.
Основными организаторами и исполнителями диверсионных актов были специальные агенты или диверсионные группы. Основной метод действий: взрывы, поджоги, механические повреждения. При этом разведывательные задачи носили второстепенный характер и выполнялись попутно с основными (диверсионными).
4 апреля 1921 года Регистрационное управление было преобразовано в Разведывательное управление штаба РККА, которое стало центральным органом управления военной разведкой как в мирное, так и в военное время.
До 1935 года в Красной армии не существовало подразделений специальной разведки в составе оперативной.
Директивой начальника штаба РККА № 1371сс от 25 января 1934 года предусматривалось создание разведывательно‑диверсионных подразделений. В целях маскировки Директивой предписывалось эти взводы размещать при саперных батальонах и называть «саперно‑маскировочными взводами» дивизии. В них отбирались только военнослужащие второго года службы. Диверсионные взводы численностью по 40 человек дислоцировались вдоль западной границы и подчинялись начальникам разведки приграничных дивизий.
После годичной подготовки в этом взводе разведчики‑диверсанты поселялись в населенных пунктах вдоль границы, компактно. Они вступали в колхозы, в органы милиции и т. д. В ближайшей воинской части для них хранилось вооружение и снаряжение. Одновременно были созданы специальные курсы командиров этих взводов.
Задачи этих взводов сводились к следующему: переход через государственную границу; выход в назначенный район; проведение специальных мероприятий (подрыв железных дорог, вывод из строя средств связи, мостов, перехват связных и т. п.), создание в тылу противника паники, срыв отмобилизования, дезорганизация работы ближайшего тыла. При этом разведывательные задачи им ставились как попутные. Способ перехода государственной границы — пеший. Срок пребывания в тылу противника — как можно продолжительнее. Предпочтение отдавалось действиям мелкими (по 6–7 человек) группами. Связь с высланными группами не предусматривалась. Однако в случае крайней необходимости разрешалось ее осуществлять посыльными. Базами питания частично являлись «опорные точки». В последующем предполагалось изыскивать продовольствие, боеприпасы и другие средства материально‑технического обеспечения из местных ресурсов. Планировалась также доставка крайне необходимого для групп имущества и снаряжения воздушным путем.