В результате проведенных оргмероприятий было сокращено количество рот с 11 до 4 и сформировано пять отдельных батальонов специального назначения. Боевая подготовка вновь созданных частей началась 1 декабря 1957 года и проводилась по программам Главного разведывательного управления Генерального штаба. Руководство и контроль подготовки указанных батальонов и рот возлагались на начальника разведки Главного штаба Сухопутных войск.
В конце 40‑х годов XX века к руководству разведкой ВМФ СССР пришли люди, в годы войны служившие в разведывательном отделе штаба Балтийского флота и непосредственно занимавшиеся ротой особого назначения. Ими перед начальником Морского Генерального штаба ВМС, Военно‑морским министром и ГРУ Генерального штаба Советской армии неоднократно ставился вопрос о воссоздании специальных частей разведки ВМС. На этом же настаивали и командующие флотами.
29 мая 1952 года вопрос о воссоздании спецчастей легких водолазов‑разведчиков был рассмотрен Военно‑морским министром вице‑адмиралом Н. Г. Кузнецовым и решен положительно. 24 января 1953 года на совещании с начальниками управления ГРУ Генерального Морского штаба министр подтвердил решение о создании на флотах отдельных морских разведывательных дивизионов (ОРМД), в первую очередь на Черноморском и Балтийском флотах.
24 июня 1953 года директивой Генерального штаба ВМС СССР был открыт штат морского спецназа Черноморского флота. К 1955 году часть полностью закончила организационную подготовку и приступила к практической подготовке водолазов‑разведчиков.
15 октября 1954 года директивой Генерального штаба ВМС СССР открывается штат спецназа Балтийского флота.
18 марта 1955 года начинается формирование спецназа Тихоокеанского флота.
26 ноября 1957 года начато формирование спецназа Северного флота.
В соответствии с решением ЦК КПСС № 338 от 21 июня 1961 года и директивой Генерального штаба № М/2/68390 от 27 марта 1962 года были разработаны схемы организации и проекты штатов бригад специального назначения мирного и военного времени.
На основании приказа Министра обороны СССР № 0088 от 15 августа 1961 года было решено «в целях улучшения специальной разведки сформировать в военных округах дополнительно к существующим спецчастям по одной роте специального назначения в каждом внутреннем военном округе».
Отдельной директивой были созданы при Военно‑дипломатической академии годичные курсы, которые функционировали с 1 января 1962 года до сентября 1963 года. Курсы сделали два выпуска офицеров для частей специального назначения и разведорганов штабов военных округов, в общей сложности около 120 человек.
К 1 января 1963 года на основании директив Генерального штаба № 140104 от 5 февраля 1962 года, № М/2/68390 от 27 марта 1962 года и № 140547 от 19 июля 1962 года было сформировано 10 скадрованных бригад специального назначения (в ЛенВО, ПрибВО, БВО, ПрикВО, КВО, ОдВО, ЗакВО, МВО, ТуркВО, ДВО), силами которых и осуществлялась подготовка специальных кадров для действий в тылу противника.
В последующем в соответствии с директивой Генерального штаба № ОРГ/7/110125 от 25 июля 1964 года была проведена реорганизация частей специального назначения, в результате которой усилены скадрованные бригады, расформированы роты и батальоны в тех военных округах, где имелись бригады специального назначения, а высвободившаяся численность личного состава — сокращена.
Таким образом, в результате реорганизации к концу 1964 года насчитывалось 10 скадрованных бригад (во всех приграничных округах, МВО и КВО); два батальона (в ГСВГ и СГВ) и шесть рот СпН (в СкВО, ПриВО, УрВО, СибВО, ЗабВО, ЮГВ).
Учитывая важность языковой подготовки разведчиков, с летнего периода 1970 учебного года все бригады специального назначения приступили к плановому изучению иностранных языков в строгом соответствии с операционным предназначением.
В 1977 году в целях улучшения качества подготовки офицеров частей специального назначения было принято решение организовать подготовку специалистов‑разведчиков частей специального назначения в отдельных группах в количестве 10 человек на каждом курсе разведывательного факультета Военной академии имени М. В. Фрунзе, начиная с 1978/79 учебного года.
Специфика боевого применения частей специального назначения заключается в организации и ведении активной разведки, проведении специальных мероприятий в тылу противника, выявлении и уничтожении диверсантов и банд в своем тылу, развертывании и использовании в интересах партизанского повстанческого движения формирований на захваченной противником территории, в борьбе с терроризмом.