Оборонительные боевые действия предусматривались в целях удержания баз, базовых и других важных районов, обеспечения вывода мятежников из-под удара правительственных войск, а также в случае невозможности уклонения от открытого боя. Оборона базовых районов, оборонительных рубежей и контролируемых зон возлагалась в первую очередь на боевые группы и отряды, постоянно дислоцирующиеся в этих районах и зонах. Особое внимание уделялось обороне перевалов, проходов и ущелий, господствующих высот. Важное место отводилось обороне населенных пунктов.
При организации обороны создавались системы наблюдений, огня и заграждений. Наблюдение организовывалось начиная с дальних подступов к обороне. При создании системы огня умело использовались защитные свойства местности. Позиция огневых средств выбиралась с таким расчетом, чтобы обеспечивался маневр огнем в горизонтальной, а в горах в вертикальной плоскостях. Они обычно размещались в пещерах и скалистых укрытиях в три яруса. На господствующих высотах устанавливались горные зенитные установки и крупнокалиберные пулеметы (ДШК). Для них сооружались окопы в виде вертикальных шахт, которые тщательно маскировались. Важное место в системе огня как в горах, так и в населенных пунктах отводилось снайперам и пулеметам ДШК. Для ДШК оборудовались позиции открытого типа, приспособленные для стрельбы по воздушным и наземным целям. Часто такие позиции бетонировались и имели специальные щели для укрытия личного состава. Щели открывались во все стороны от главной позиции и использовались для укрытия личного состава в зависимости от того, с какого направления происходили атаки самолетов и вертолетов. На нижних ярусах располагались безоткатные орудия и реактивные противотанковые гранатометы. Минометы и горные пушки чаще располагались на верхних ярусах. Позиции стрелкового оружия выбирались с таким расчетом, чтобы секторы обстрела обеспечивали поражение противника в проходах через перевалы и хребты, в других узких местах.
В населенных пунктах позиции тяжелого оружия выбирались за дувалами (глинобитными заборами толщиной до 2 м и высотой до 3 м), в которых проделывались бойницы. Некоторые огневые средства, особенно ДШК, размещались на крышах и верхних этажах зданий. Для пулеметов, безоткатных орудий и РПГ подготавливалось несколько огневых позиций. Подступы к обороне и позициям огневых средств минировались.
В горах окопы и другие сооружения устраивались из камней, в населенных пунктах — из мешков с землей. Позиции огневых средств тщательно маскировались. В целях маскировки огонь обычно велся из глубины пещер, расщелин и строений.
Оборону в горах мятежники вели упорно. При налетах авиации и обстреле артиллерии они укрывались в специальных сооружениях, а по окончании налета (обстрела) снова занимали свои позиции. Поражение наступавшим войскам мятежники наносили сосредоточенным огнем. Часто применялся ложный отход для вовлечения противника в подготовленные огневые мешки. Для сокрытия истинной системы огня использовался огонь отвлекающих групп. В случае если противник имел значительное превосходство, душманы после кратковременного обстрела наступающих отходили по заранее намеченным маршрутам к новому месту сбора (рубежу обороны).
Отход с занимаемых позиций осуществлялся под прикрытием огня с заранее подготовленных позиций или засад, а также минно-взрывных заграждений. В ходе оборонительного боя мятежники, используя знание местности, умело выходили из окружения. Часто выход осуществлялся ночью путем просачивания через боевые порядки наступающих войск. После выхода из окружения группы и отряды занимали новые выгодные позиции, по возможности в тылу противника. В последнем случае они внезапно открывали огонь в спину. Основная ставка при этом делалась на огонь снайперов и ДШК.
При обороне населенного пункта с подходом к нему войск противника мятежники открывали сосредоточенный огонь изо всех средств. После этого они отходили в глубину кишлака, где занимали новый рубеж обороны в жилых домах и за глинобитными стенами дувалов. В последующем поражение личному составу и боевой технике неприятеля наносилось в ближнем бою на узких и кривых улочках населенного пункта, там, где эффективное применение боевых машин, артиллерии и авиации практически становилось невозможным. В связи с этим бои в населенных пунктах приобретали особую ожесточенность и велись, как правило, с большими потерями с обеих сторон.
Партизанские боевые действия лежали в основе вооруженной борьбы оппозиции с государственной властью. Они велись на территории всей страны не только вооруженными формированиями, но и с привлечением значительной части населения. Цель их заключалась в том, чтобы нанести поражение правительственным органам и войскам, измотать их и тем самым резко ослабить государственную власть в целом. Партизанские действия включали засады, налеты, обстрелы военных и народно-хозяйственных объектов, минирование дорог, диверсионно-террористические акции и другие действия. Интенсивность применения форм партизанской войны по временам года была не одинаковой.
Наибольшая активизация боевых действий, за исключением минирования дорог, приходилась на весну и лето. Это объясняется тем, что в зимнее время большинство перевалов было для караванов закрыто. Создавались значительные трудности в снабжении оппозиции материальными средствами. Кроме того, большой снежный покров в горах заставлял душманов на зимне-осенний период спуститься в долины и раствориться среди мирных жителей. Интенсивность боевого воздействия также снижалась и во время сева и уборки урожая (за год снималось 2–3 урожая) по той причине, что мятежники или большая часть из них принимали непосредственное участие в сельскохозяйственных работах.
Партизанские действия мятежников готовились и — велись на основании тщательной разведки противника. В каждой провинции была создана четкая система наблюдения за советскими и правительственными войсками, которая опиралась на широкую сеть осведомителей среди местного населения, воинских частей и государственных учреждений. Информация о начале формирования походных колонн, времен и направлений их движения сразу же передавалась в исламские комитеты. Последние планировали боевые действия войск или же принимали меры по эвакуации отрядов, временном захоронении оружия, боеприпасов и материальных средств.
В ходе вооруженной борьбы силы оппозиции применяли различные приемы боевых действий, основными из которых являлись засады, налеты, обстрелы. Также широко практиковались минирование, диверсионно-террористическая деятельность и боевые действия, связанные с проводкой караванов.
Засадные действия проводились с целью срыва поставок народно-хозяйственных и военных грузов, захвата материальных средств, оружия, боеприпасов, а также физического уничтожения военнослужащих. Случаи их устройства были особенно частыми. Так, только за три года (с 1985-го по 1987-й) было зафиксировано более 10 тыс. засад.
Засады, как правило, устраивались на дорогах, проходящих через перевалы, ущелья и другие узости. В горах позиции для засады устраивались на склонах или гребнях высот, входе или выходе из ущелья, на перевальных участках дорог. В «зеленых зонах» они организовывались в местах вероятного отдыха правительственных и советских войск или на направлениях их ожидаемых действий. При этом поражение наносилось огнем как с фронта, так и с флангов. Имели место засады, которые устраивались на нескольких рубежах по мере продвижения войск как в колоннах, так и в боевых порядках. В населенных пунктах засады проводились за глинобитными заборами, в домах с таким расчетом, чтобы обманными действиями завлечь противника в «огневой мешок» — место, где дорога становится узкой или тупиковой.
Обычно засады организовывались ночью. Однако имели место и дневные засады. В последних случаях они обычно устраивались в конце дня, когда от усталости противник терял бдительность. Кроме того, проведение засады во второй половине дня обеспечивало душманам необходимые условия для последующего выхода из боя и отхода с наступлением темноты, которая к тому же ограничивала возможности авиации противника.