Голос архиепископа александрийского Феофила, прозванного в народе "христианским фараоном", звучал громче прочих. Настойчиво добивался он от императора Феодосия I Великого указа об уничтожении языческих храмов Египта: оглашённого недавно запрета поклоняться и совершать жертвоприношения идолам ему было мало. Наряду с религиозным рвением архиепископом двигал и прагматический расчёт: как и любая другая, его власть нуждалась в деньгах, и копившимся веками храмовым сокровищам надлежало пополнить его — и только его! — казну. А поскольку больше всего ценностей сосредоточилось в александрийском Серапейоне, с наибольшим усердием Феофил хлопотал при дворе о дозволении уничтожить именно его. И своего добился.
Утром предводительствуемая монахами толпа устремилась к Серапейону. И хотя на помощь защитникам поспешили многие горожане, возмущённые посягательством на красу и гордость Александрии, участь храма была решена — архиепископ хорошо подготовил нападение. Правда, обороняющиеся предприняли несколько отчаянных вылазок, но уже к полудню сады, дворики и залы Серапейона заполонила разъярённая толпа. Обуреваемые духом разрушения фанатики крушили всё: разбивали статуи, выламывали двери, портили фрески… А тем временем несметные храмовые сокровища под надёжной охраной были переправлены во дворец Феофила.
Кто-то крикнул, что следует немедля уничтожить проклятые книги идолопоклонников, и толпа ринулась к библиотеке. С оружием в руках её попыталась защитить горстка учёных, но, даже окажись на их месте ветераны победоносных римских легионов, это ничего бы не изменило: слишком непомерен был перевес сил. Книги сбрасывали с полок, рвали, топтали; рукописи, за которые в свое время отдавали целые состояния, летели в костры. К вечеру Мусейон прекратил существование; Александрийская библиотек почти полностью была уничтожена.
Этот день Ипатия провела взаперти, под охраной преданных рабов. Но погибли ее брат и жених, поэт и философ Элладий (верность его памяти она сохранит до конца дней). Отец спасся буквально чудом — какие-то доброхоты подобрали его, раненого и потерявшего сознание, и под покровом ночи принесли домой, вверив дочерним заботам и уходу (в науке врачевания Ипатия тоже знала толк).
После разгрома Серапейона многие учёные навсегда покинули Александрию. Но Теон, оправившись от ран, выждал несколько месяцев, пока поулеглись страсти, и в собственном доме открыл частную школу, где принялся обучать желающих механике и астрономии. Он считал, что спасать надо не столько свитки, барельефы или фрески, сколько само представление о преемственности культуры и познания, о назначении науки и непреходящей ценности искусства. Вместе с отцом возобновила преподавание Ипатия.
Всё свободное время она проводила над книгами или совершенствовалась в искусстве наблюдать звёзды. Развивая идеи греческого астронома, математика и географа I века Клавдия Птолемея, Ипатия написала книгу комментариев и уточнений к его «Альмагесту», третьим, завершающим томом вошедшую в сочинения Теона, — этим дочь как бы ставила памятник покойному отцу, не успевшему закончить труд.
Ещё один комментарий Ипатия посвятила сочинениям Диофанта по геометрии, а следуя за Аполлонием Пергским, написала работу о конических сечениях — именно оттуда пришли в математику гипербола, парабола и эллипс. Об этом её вкладе в науку может сегодня судить каждый школьник. Впрочем, от преподавания математики Ипатия постепенно перешла ещё и к чтению лекций по философии. Её толкования Платона и Аристотеля поражали обстоятельностью и глубиной. Она относила себя к неоплатоникам, но её строгий, подчинённый законам математики мир чисел и геометрических фигур был далёк от мистических озарений других философов этой школы. С не меньшим блеском читала Ипатия и лекции о Гомере или греческих трагиках. Казалось, в этой молодой женщине воплотилась вся мудрость прошлого.
На части лунной карты показан район с кратером Ипатии.
— обращался к ней Паллад Александрийский, один из последних блистательных поэтов эллинистического мира. Слава её школы распространилась по всему культурному миру. Быть учеником Ипатии считалось честью, и жаждущие знаний стекались в Александрию отовсюду. Были среди них и христиане — один из ёе любимых учеников, Синесий, ставший вскоре епископом птолемаидским, даже богословские труды выпускал в свет лишь с одобрения Ипатии. Некоторое время учился у Ипатии её будущий убийца — племянник архиепископа Феофила Кирилл.
Посещать дом Ипатии вошло в моду — вокруг неё собирался весь цвет учёной Александрии, нередко бывал тут и префект Орест. Между тем время отнюдь не способствовало занятиям науками. Даже математика вызывала подозрения: в церквах нередко молили Господа обрушить гнев на головы "математиков, колдунов и прочих злодеев". Астрономия, кстати, считалась в те времена разделом математики — звездочётов именовали математиками даже в официальных документах. В 409 году императоры Гонорий и Феодосий II издали специальный закон, которым всем математикам вменялось в обязанность явиться к епископу, отречься от богопротивных взглядов, предать огню списки своих заблуждений и поклясться впредь блюсти христианскую веру. Тех, кто отказывался отрекаться и каяться, предписывалось изгонять из Рима и прочих городов. Осмелившихся же нарушить это установление или под прикрытием ложной клятвы продолжавших тайком заниматься своей профессией надлежало карать безо всякого милосердия.