В конце марта 1580 года Альба отправился в Льерену, к северу от Севильи. Там следовало сформировать войско; необходимо было позаботиться о средствах, утвердить маршрут, обеспечить вооружение, организовать обслуживание, подготовить тяжелую артиллерию, изготовить и распределить порох, заложить пограничные укрепления. Был оборудован госпиталь, пересмотрены вопросы подчиненности и ранга офицеров. Вновь идальго и кабальеро прибывали со всем своим персоналом для обеспечения роскошного времяпрепровождения, как будто полководец никогда не показывал примера в подготовке и ведении войны, и вновь пришлось отослать назад около пяти тысяч лишних людей. Кроме Альбы не было никого, кто отважился бы на подобные реформы. Ко всему прочему герцогу было поручено также командование флотом, поскольку это была единственная возможность обеспечить согласованность его действий с сухопутной армией. Наконец, возникла необходимость в переводчике, чтобы переводить приказы герцога на португальский и обеспечивать пропаганду. Ибо Альба использовал запутанность политического положения, которое никому из претендентов на трон не давало бесспорных прав и вместе с тем предоставляло возможность каждому обосновать свои притязания. Он убежденно выступил за законные права Филиппа и повел широкомасштабное пропагандистское наступление, позаботившись о поддержке со стороны папы, перетягивании на свою сторону португальского дворянства с помощью денежных подношений, и о том, чтобы избежать народного голосования, с помощью которого хотел стать королем самый опасный соперник Филиппа, дон Антонио, племянник последнего португальского короля. Когда все же состоялось голосование в пользу Антонио, Альба попытался с помощью пропаганды по крайней мере уменьшить португальское сопротивление. Только после таких приготовлений он использовал армию, чтобы подтвердить право силой.
Перед вступлением в Португалию Альба устроил перед королевской четой парад, который должен был подтвердить его примирение с королем. Филипп, со своей стороны, не мог избежать давления обстоятельств и без всякой просьбы со стороны Альбы приказал освободить Фадрике.
Назначения Альбы было достаточно, чтобы повергнуть противника в страх и наполовину выиграть кампанию. 1 июля, через несколько дней после выступления, из Порталегре и Эстремоса на границе пришли первые победные реляции. День за днем армия продвигалась в глубь Португалии. На этот раз герцог отказался от своей привычки относительно небольшой, высоко дисциплинированной и по возможности хорошо оплачиваемой армии. Он навербовал так много солдат, что португальцам пришлось с самого начала оставить мысль об обороне. Как обычно, в своем последнем походе он пытался избежать ненужных битв. Там, где речь шла о войне, он все еще проявлял подвижность ума, которая отличала его на юге Германии, в Италии, Нидерландах и делала способным постоянно менять стратегию неожиданно для врага. Его последний поход также был своего рода шедевром.
Несмотря на напряжение и физические страдания, Альба должен был регулярно посылать отчеты королю, поскольку Филипп сразу же начинал жаловаться, если их не было, как, например, перед решающей битвой под Алькантарой. Герцогу необходимо было держать в неведении папу, дабы устранить его вмешательство, и папских легатов, прибывших к нему в военный лагерь. В его задачу входило принимать сложные решения относительно обращения с доном Антонио, португальским народом и союзниками Португалии, прежде всего Англией. Он должен был держать в узде свое войско и карать за грабежи, не доводя вместе с тем солдат до мятежа из-за нерегулярной выплаты жалованья.
Так он передвигался от одного города к другому, пока, наконец, на побережье, недалеко от Лиссабона, не произошла решающая битва. Не будучи в состоянии сесть на лошадь, герцог руководил битвой из своего кресла. С помощью флота ее блестяще выиграли. Следствием стало вступление войск в Лиссабон 25 августа 1580 года. Грабежи были опять строго запрещены. Хотя Лиссабон от них спасти удалось, но тем свирепее бушевали наемники в предместьях.