В течение двух последующих лет Испания и Франция — противники, вымотавшие друг друга войнами и подготовкой к ним, — вели мирные переговоры и наконец договорились о десятилетнем перемирии. Вскоре после этого состоялась встреча императора Карла с королем Франциском в Экемортесе, недалеко от устья Роны. Несмотря на перемирие обе стороны проявили недоверие. Советники короля Франциска отговорили его от посещения галеры Карла, а советники Карла на следующий день предостерегли своего императора от посещения на суше. Лишь один Альба считал ниже достоинства императора проявить недоверие или опасения. Хотя его и могут ждать неприятности, Карлу следовало рискнуть и сойти на сушу. Он принял совет, все прошло без сучка и задоринки, и хотя больше не достигли никаких договоренностей, личная неприязнь между двумя властелинами уменьшилась.
В середине июля Карл вновь прибыл в Барселону. Герцог Альба вначале отправился оттуда в свои владения, чтобы привести в порядок семейные дела и выдать замуж своих сестер. При дворе он появлялся лишь эпизодически. В конце года принимал участие в обсуждении нового похода против турок, предусматривавшего нападение на Константинополь, однако так же, как и другие, не поддержал этого плана.
Герцог Альба выказал много усердия. Он проявил себя как мудрый советник и храбрый солдат. Однако свойственных ему организаторских способностей, его искусства командовать и владения военной тактикой — именно этого его предыдущие достижения не выявили. Даже заняв свой пост, он не мог сразу же осуществить то, к чему чувствовал себя призванным. Вначале время было заполнено второстепенными делами, как, например, поездка в Фуэнтеррабиа, где Альба побывал на местах своих первых военных действий. Но затем он принял решение отправиться в Париж.
Когда король Франциск предложил императору проехать в Нидерланды, куда хотел поехать Карл, через Париж, Альба, как некогда в Экемортесе, высказался за то, чтобы, согласно рыцарским правилам, принять приглашение. В соответствии с этим Карл он и другие высокопоставленные лица проехали через Сеговию и Вальядолид к границе Франции, где были встречены высшим дворянством страны. Затем все отправились в замок Фонтенбло, построенный Франциском, а оттуда — в Париж. Турниры, карнавалы, балы заполнили новогоднюю неделю 1540 года. Во время торжественных обедов Альба сидел вместе с дофином, принцем Орлеанским, и кардиналами за столом императора и короля Франциска.
Разговоров на политические темы избегали, хотя речь и заходила о новых брачных проектах. Все протекало превосходно, и довольный приемом Карл отправился через Валансьенн в Брюссель вместе с Альбой, который получил самый ценный подарок после императора, — бриллиант стоимостью четыре тысячи дукатов. Самой важной задачей в Нидерландах было подавление восстания в Генте. Когда Альба впоследствии признался, что Карл из-за волнений в одном-единственном городе заспешил в дальние страны, а его сын Филипп не прилагает никаких личных усилий, даже когда целые страны охвачены восстанием, то это была только часть правды. Ибо Карл прибыл не только из-за Гента, но и из-за необходимости многое уладить в Нидерландах, а также в империи. Однако он считал своей первейшей обязанностью навести порядок в своем родном городе. Характерно, что после подавления восстания герцог Альба выступил за сооружение крепости, суровую кару, отмену привилегий и смертную казнь зачинщикам, что, впрочем, Карл отклонил. Вначале, правда, он назначил тяжелое наказание, но затем использовал свое присутствие, чтобы удовлетворить прошения о помиловании и смягчить суровость наказания. Альбу он тем временем отослал в Испанию с двумя новыми поручениями: герцог должен был позаботиться о военной защите Испании от турок и французов и сделаться наставником 1б-летнего сына Карла, Филиппа.
Альба занимался в большей степени военными делами, чем воспитанием Филиппа. Он неутомимо трудился, чтобы провести преобразования, необходимые любой армии, вооружить постоянную армию новейшим оружием и укомплектовать руководство не привилегированным, а обладающим необходимыми знаниями дворянством. В то время лишь небольшая часть солдат имела огнестрельное оружие. Альба был одним из первых, кто вооружил им кавалерию; он также позаботился о хорошем вооружении судов, поскольку раньше на борт, в основном, вкатывали обычные полевые пушки. Всего этого он добился, несмотря на большие трудности, в первую очередь финансовые, ибо оружие было дорогим, а Карл V ощущал нехватку средств как никто другой.