Когда епископы выступили против Постановлений, они все, кроме Роджера Йоркского и Вильгельма Нориджского, сначала сопротивлялись их принять. Бекет очевидно полагал, что статьи I, III, VII и VIII были неприемлемы. На это король совершенно разозлился; а его министры и бароны озвучили некоторые угрозы против духовенства. Наконец архиепископ Бекет, со значительным колебанием и призывая к королевской милости, решил, что Постановления могли быть приняты даже без обычного квалификационного пункта. Следуя его поступку, другие епископы также уступили королю. Хотя Бекет принял одну из трех официальных копий документа, он не приложил к ней свою печать. Позднее, горько сожалея об этом поступке, который он совершил в момент слабости, Бекет искал отпущения грехов у Папы и тем временем воздерживался от совершения мессы.
Следующий шаг Генриха состоял в том, чтобы добиться одобрения Постановлений Папой. Поэтому он написал Папе в Сане и попросил Бекета сделать то же самое. Он также обратился с просьбой назначить Роджера Йоркского легатом на территории всей Англии. Хотя точная копия Постановлений, очевидно, не была послана тогда Александру, возможно, Бекет смог составить некоторое объяснение этого документа. В любом случае, возможно где-то в марте, Александр прислал свой ответ, в котором неодобрительно отнесся к действиям короля и призывал Бекета быть твердым. По-видимому, для того, чтобы в чем-то уступить королю, Папа даровал дипломатическое представительство Йорку. Уступка, однако, состояла из многих оговорок и позднее была отвергнута Генрихом.
Тем временем Бекет получил письмо от Папы, в котором тот отпускал ему грехи, но слегка упрекал за то, что тот не служил мессу, и напомнил ему о различии между грехами, совершенными преднамеренно, и теми действиями, которые сделаны «по неведению или по принуждению». Хотя архиепископ дважды безуспешно пытался пересечь пролив, чтобы лично встретиться с Папой, он очевидно осознал, что стоит на более сильных позициях и его совесть свободна от греха. В любом случае, Бекет начал игнорировать Постановления. Когда для Генриха стало очевидным, что архиепископ не намеревался следовать Постановлениям, он был одновременно разочарован тем, что не смог проводить собственную церковную политику на твердой основе и приведен в ярость сопротивлением человека, который ранее был его другом. Но он также осознавал, что хотя другие епископы и приняли Постановления, они сделали это с неохотой и не были удовлетворены результатом. Соответственно, его первые действия, направленные против Бекета, не относились к церковной области. Король в большей степени воздействовал на Бекета с точки зрения феодального права.
На королевском совете, состоявшемся в Нортгемптоне в октябре 1164 года, агенты короля предъявляли архиепископу различные обвинения, относящиеся ко времени его службы в качестве канцлера. Несмотря на то что Бекет в ответ высказал жалобу о том, что, став архиепископом, он был освобожден от всех прочих обязательств, доводы короля оказались сильны. Более того, поскольку Бекет заявил, что не отвечал на предыдущие вызовы короля на совет, сославшись на нездоровье, он теперь оказался перед новым обвинением в неуважении к суду.
Сначала Бекет казался смущенным и нерешительным. Он в действительности был болен и все еще лелеял надежду, что можно найти какой-то способ приспособиться к новой ситуации и жить с королем в мире. Епископы были испуганы и раз делились в своем мнении. Один или два из них советовали архиепископу освободить престол или подчиниться. Другие выступили против такого решения. Более того, на этом совете они не представляли, как в Кларендоне, единую организацию, чтобы обсудить проблему Церкви, но скорее являлись вассалами, созванными, чтобы судить своего архиепископа по феодальному вопросу.
Поэтому Бекет, не находя реальной помощи среди своих коллег, искал совета своего духовника, приора Роберта Мертонского. Очевидно тому удалось укрепить его дух, так как на следующий день архиепископ встретился со своими епископами и информировал их о намерении оставаться твердым. В ожидании действий против себя, он запретил им, под страхом снятия с должности, принимать участие в любом приговоре в отношении тех действий, которые принимались им как канцлером, и приказал епископам отлучать от Церкви каждого, кто исполняет приговор светского суда против него. Несмотря на усилия епископа Фолиота Лондонского и других остановить Бекета, тот вошел в зал совета с идущим впереди себя прислужником, который нес архиепископский крест, что, конечно, явилось показательным жестом, отмечающим, что архиепископ не признавал за королевским судом право судить его. Он также официально обратился с апелляцией к папе.
После совета, проведенного королем с епископами, Генрих отправил заключительное обращение архиепископу, призывая его отозвать свою апелляцию в Рим и отменить отданные им приказы другим епископам, поскольку оба действия, совершенные им, противоречили обычаям, которые тот поклялся защищать. Проблема выбора принять распоряжение короля или поддержать архиепископа для английских епископов осложнилась, когда стало очевидным, что король намеревался использовать обвинение в государственной измене, которое могло привести к приговору пожизненного заключения. Соответственно, епископы, в очередной раз потерпев неудачу в попытках отстранить Бекета, решили, возможно по предложению Фолиота, попросить короля освободить их от обязанности зачитывать приговор суда, при условии, что они обратятся с апелляцией к Папе, обвинив Бекета в нарушении Постановлений, которые тот поклялся защищать и принудил других епископов утвердить. Нет сомнений, что они надеялись таким образом освободиться от бремени осуждения всего архиепископа по феодальной, то есть политической проблеме. Так как Фолиот и его коллеги, каким бы двусмысленным ни было их поведение, хорошо осознавали свои обязанности по отношению как к архиепископу, так и к папе, они не желали разрывать нормальные отношения с ними не сейчас и не позднее.
Предложение епископов было принято, и король не настаивал, чтобы они выносили приговор. В итоговом слушании они сидели рядом с архиепископом, а не с баронами. Поэтому светские бароны выносили обвинение и зачитывали приговор, графу Лестерскому выпала неблагодарная роль объявить о принятом решении. В действительности, он так и не смог закончить чтение приговора. В то время как он тушевался и проявлял свои колебания и сомнения, Бекет просто покинул зал совета и в сопровождении простого народа был доставлен в свое жилище при монастыре св. Андрея. Той же ночью, непонятно точно по какой причине, архиепископ сбежал, переодевшись, из Нортгемптона в направлении Ла-Манша. В начале ноября он достиг французского берега, где его лично приветствовал французский король.
Таким образом, архиепископ наконец преодолел свою нерешительность и встал на твердые позиции. Более того, он попытался сорвать судебное заседание по феодальному вопросу, подводя рассматривавшиеся на нем разногласия к более значительной проблеме отношений Церкви с короной, в решении которой он мог надеяться на поддержку своих коллег и Папы. Необходимо, тем не менее, понимать, что, изменяя направление своих действий, Бекет серьезно смутил тех, кто его поддерживал, кто всегда находился рядом с ним и дал свое согласие принять Постановления. Когда архиепископ начал осуждать то, что прежде одобрял, английские священники, конечно, неохотно последовали за ним в этом новом курсе. Более того, его стремительное бегство лишило их лидера.
Во время развития разногласия между Бекетом и королем большая часть английских епископов разошлась с архиепископом в основном по вопросу тактики. Они верили, что Генрихом можно управлять и что, проявляя сдержанность и придерживаясь правильной тактики, они могли сохранить с помощью переговоров с королем свободы Церкви, которые стремились защитить не в меньшей степени, чем сам архиепископ. В любом случае, возможно поскольку архиепископ зарекомендовал себя бескомпромиссным и неуступчивым человеком, в то время как Генрих являлся столь же упрямым и не менее решительным, чем Бекет, позиция, которой придерживались епископы, оказалась неверной. Тем не менее их взгляд на проблему представлялся обоснованным в 1164 году, особенно после того, как король получил вынужденное согласие с их стороны признать Постановления.