Второй по важности орган Союзного государства - его Совет министров, который собирается по мере необходимости в Москве или Минске. Несколько заседаний союзного Совмина прошли в первой половине 2009 г. в Минске. Осенью того же года премьеры Владимир Путин и Сергей Сидорский встречались несколько раз в московском «Президент-отеле» и подмосковной резиденции Ново-Огарево. Только на последней из этих встреч они обсудили более 20 наиболее актуальных вопросов российско-белорусской интеграции. Это были очень разные, но крайне важные вопросы - от цен на поставляемые в Беларусь нефть и газ до совместной разработки ресурсосберегающих и экологически чистых технологий для производства биологически полноценных комбикормов на 2010-2012 г. Первое в 2010 г. заседание союзного Совмина состоялось 16 марта в Бресте.
На регулярной основе работает и Парламентское Собрание Союза Беларуси и России, или Парламент Союзного государства. Как правило, он собирается в Минске и обсуждает социальные проблемы наших стран, проводит согласование всех главных законодательных актов, создавая постепенно нормативно-правовую базу Союза. Парламентское Собрание собирается не слишком часто. (Например, в феврале 2008 г. состоялась его 33-я сессия, на которой был заслушан отчет Совета министров об исполнении союзного бюджета за 2006 г.) Однако при нем создано много комиссий и комитетов - по экономической политике, по социальным вопросам, вопросам культуры и образования и т. п.
Основным работающим органом Союзного государства стал в последние годы Постоянный комитет Союзного государства. Именно под его руководством реализуются многочисленные совместные российско-белорусские программы и проекты. Постоянный комитет, или Постком (как его часто называют в печати), является чем-то вроде неофициального правительства Союзного государства, работой которого фактически руководит государственный секретарь Союза Павел Бородин и его заместители с белорусской и российской сторон члены Посткома Сергей Шухно, Василий Хрол, Альберт Степанов и Юрий Дубинский. У Постоянного комитета есть офисы как в Минске, так и в Москве.
В систему органов Союзного государства входят еще Пограничный и Таможенный комитеты, Комитет по гидрометеорологии, Комиссия по тарифному и нетарифному регулированию при Совете министров Союзного государства и ряд других комитетов и комиссий. Как в Москве, так и в Минске нередко собираются совместные коллегии различных министерств. Для их работы создана уже весьма значительная правовая база - на конец 2009 г. только в рамках российско-белорусских отношений действовало более 140 межгосударственных договоров, а также межправительственных договоров и соглашений, которые позволяют нашим государствам продуктивно взаимодействовать в самых различных сферах. Среди этих договоров есть и Договор о союзной собственности (весьма значительной).