После вторжения в Согдиану Александр «бывшее при нем войско разделил на пять частей: во главе одной он поставил Гефестиона, во главе другой Птолемея, сына Лага, телохранителя; командование третьей поручил Пердикке; четвертым отрядом предводительствовали Кен и Артабаз; с пятым отрядом он сам пошел через эту страну к Маракандам». Далее Пердикка упоминается во время похода Александра на среднеазиатских паретаков [Arr. An., IV, 16, 2; IV, 21, 4]. Из Согдианы в 327 г. Пердикка вместе с Александром отправился в Индию. Во время Индийского похода Пердикка совместно с Гефестионом вел основную армию, взял штурмом г. Певкелаотида, в сражении на Гидаспе и при осаде Сангалы командовал гиппархией, прикрывал силы Гефестиона, наводящего переправу через Инд. В сражении за город маллов Пердикка был единственным из высшей знати, кто бросился на помощь к раненому Александру. Пердикка вернулся из Индии вместе с Александром в августе 324 г. до н. э. и был назначен заместителем Гефестиона — второго человека после Александра.
В этих условиях в Сузах происходит коллективная свадьба, на которой по рекомендации Александра Пердикка женится на дочери Атропата. После свадьбы в Сузах Пердикка, сопровождая Александра, прибывает в Экбатану уже в качестве зятя сатрапа Атропата.
Источники ничего не сообщают об имени дочери Атропата (что, возможно, связано со скифской традицией), и также нам неизвестно, были ли ранее знакомы Пердикка и дочь Атропата. Отсутствие информации, по всей вероятности, связано с тем, что в источниках заметно порой умолчание о деятельности Пердикки в некоторые периоды истории. В частности, отсутствие сообщений о нем с зимы 325/324 г. до н. э. до весны того же года А. С. Шофман объясняет болезнью Пердикки [Шофман, 1984. С. 33–34]. Также отсутствует информация о Пердикке в период после прибытия Александра в Экбатану летом 330 г. и вплоть до Согдианских боевых действий. Отсутствие сообщений об этом периоде деятельности Пердикки Филлипс Грехэм объясняет тем, что когда «летом 330 г. до н. э. войско отправилось в Бактрию, он остался в Экбатанах вместе со своим отрядом обеспечивать бесперебойное снабжение основных сил и поддерживать порядок на путях подвоза из Европы. В декабре того же года, после того как Александр казнил Филоту по обвинению в заговоре против его жизни, а заодно приказал убить и отца Филоты, Пармениона, Пердикку внезапно назначили командовать всем арьергардом македонской армии с резиденцией в Экбатанах. По всей вероятности в связи с этим в течение двух следующих лет он не принимал участия в сражениях и только в 328 г. до н. э. присоединился к Александру, когда тот начал боевые действия в Согдиане» [Филлипс, 1984]. Период пребывания Пердикки в Экбатане вплоть до 328 г. совпадает с назначением Атропата сатрапом в Мидию, что вполне допускает начало их личного знакомства в этот период.
Согласно сообщениям первоисточников, Пердикка, став регентом империи Александра, продолжал оставаться мужем дочери Атропата. Это подтверждается тем, что Атропат неизменно упоминается в качестве тестя регента — Пердикки. Одним из факторов, предопределяющих стабильность семейных уз Пердикки и дочери Атропата, была верность Пердикки восточной политике Александра. В тот период истории многоженство среди македонской элиты было явлением принятым. В частности, у Александра было несколько жен. О наличии у Пердикки жены до его женитьбы в Сузах на дочери Атропата источники не дают каких-либо сообщений. Но после того как он стал регентом империи, сразу появилось несколько претендентов. В числе потенциальных невест Пердикки источники называют дочь Антипатра, Никею, и сестру Александра — Клеопатру, отношения с которыми так и не были доведены до конца.
Источники сообщают о некоторых чертах характера Пердикки. Плутарх приводит, что Александр, узнав об имущественной нужде своих друзей, наделил одного из них поместьем, другого — деревней, третьего — доходами с какого-нибудь поселения или гавани. Когда, наконец, почти все царское достояние было распределено и роздано, Пердикка спросил его: «Что же, царь, оставляешь ты себе?» — «Надежды!» — ответил Александр. «В таком случае, — сказал Пердикка, — и мы, выступающие вместе с тобой, хотим иметь в них долю». Пердикка отказался от пожалованного ему имущества, и некоторые из друзей Александра последовали его примеру [Plut. Alex., 15, 1–3]. Элиан описывает отважность Пердикки, который сумел похитить у львицы ее детенышей, что вызвало всеобщее восхищение [Claudius Aelianus. XII, 39]. Согласно записям секретаря Александра, Евмена, в разговоре с Александром Пердикка осмелился подвергнуть сомнению разумность его новых завоевательных планов, хотя для многих это означало трагический исход [Arr. An., IV., 13, 1–2; 4, 14, 1–2].