26 октября — освящение Иверской часовни на Красной площади Москвы.
4 декабря — на III Всемирном Русском Народном Соборе Патриарх Алексий критикует политику властей в России.
1996, февраль — начало враждебной политики Константинопольского Патриарха Варфоломея по отношению к Московскому Патриархату. Апрель — участие в торжествах, посвящённых возвращению Церкви Александро-Невской лавры в Санкт-Петербурге.
14 апреля — первая пасхальная вечерня под сводами храма Христа Спасителя.
Май — накануне президентских выборов Патриарх Алексий выступает с критикой дел президента Ельцина.
Июль — посещение возрождающихся Валаама и Оптиной пустыни.
Осень — первосвятительский визит в Среднюю Азию.
Вторая половина декабря — тяжёлая болезнь Патриарха Алексия.
1997, конец февраля — Патриарх проводит очередной Архиерейский Собор. Объявлено об издании многотомных «Истории Русской Церкви» и «Православной энциклопедии». Заявлен курс на размежевание с мировым экуменическим движением. Анафема бывшему митрополиту Филарету (Денисенко) за его раскольническую деятельность на Украине.
5 мая — резкая критика политики властей в России Патриархом на IV Всемирном Русском Народном Соборе.
Июнь — паломничество Патриарха Алексия на Святую землю, празднование 150-летия Русской духовной миссии в Иерусалиме.
Конец июня — визит в Австрию. Разногласия с президентом Ельциным, отклонившим закон «О свободе совести и о религиозных объединениях».
Июль—август—сентябрь — поездки в Прибалтику, Ярославскую епархию, Одессу; переговоры с Константинопольским Патриархом Варфоломеем.
Сентябрь — под давлением Патриарха Ельцин подписал закон «О свободе совести и о религиозных объединениях».
1998, весна — резкая критика Патриархом Алексием ситуации в стране. Разногласия с Ельциным по поводу принадлежности останков, найденных под Екатеринбургом.
Август — посещение Валаама и Саввино-Сторожевского монастыря.
Сентябрь — визит в Белоруссию.
Октябрь — посещение Оптиной пустыни.
Ноябрь — визит в Воронежскую и Липецкую епархии.
1999, 19 февраля — награждение Патриарха Алексия орденом Андрея Первозванного.
23 февраля — семидесятилетний юбилей Святейшего Патриарха Алексия II.
11 марта — заявление Патриарха с призывом положить конец преступной деятельности чеченских бандитов, наладивших целую индустрию работорговли на Северном Кавказе.
20—22 апреля — Святейший Патриарх находится в блокадном и обстреливаемом Белграде.
Май — канонизация праведной Матроны Московской; визит Патриарха Алексия в Японию.
22 июня — заявление Патриарха по поводу неприятия им независимости Косова.
Июль — паломничество на Валаам.
Осень — ряд поездок Патриарха по многим епархиям России.
12 ноября — заявление Патриарха о том, что Церковь поддерживает контртеррористические операции на Северном Кавказе.
Декабрь — поездка в Восточную Сибирь и работа V Всемирного Русского Народного Собора.
2000, январь — паломничество Патриарха Алексия на Святую землю.
7 мая — впервые после 1917 года нового главу государства — президента России В. В. Путина — перед вступлением в должность благословил Предстоятель Русской Православной Церкви, и впервые после 1682 года — Патриарх Московский и всея Руси.
10—12 мая — поездка Святейшего на Дальний Восток.
13—18 мая — поездка в Японию.
10 июня — десятилетие интронизации Патриарха Алексия.
Июль — поездка на Валаам.
Август — Архиерейский Собор, на котором Предстоятель выступил с фундаментальным докладом о деятельности Церкви в минувшем столетии.
Осень — поездка на Урал.
2001, лето — поездки Патриарха по Поволжью, в Чувашию, Мордовию, канонизация адмирала Фёдора Ушакова в лике святых. Посещение Западной Сибири.
20—22 августа — паломничество на Соловки вместе с В. В. Путиным.
3 сентября — сорокалетие архиерейского служения. Патриарх Алексий выступил с осуждением действий террористов после событий 11 сентября в Нью-Йорке.