Октябрь — смена руководства Русской Зарубежной Церкви, начало медленного её сближения с Русской Православной Церковью Московского Патриархата.
13 декабря — появление В. В. Путина на VI Всемирном Русском Народном Соборе.
2002 — экспансия Ватикана в России, вызвавшая решительные протесты Патриарха Алексия.
14 марта — окончание строительства храма Христа Спасителя.
Май — визит в Белоруссию.
7 июня — начало постоянного сотрудничества с Высшим религиозным советом народов Кавказа и лично Патриарха Алексия с председателем Управления мусульман Азербайджана и Кавказа Шейх-уль-исламом Аллахшукюром Паша-заде.
Июнь—июль—август — пастырские визиты в Рязанскую епархию, в Санкт-Петербург, на Валаам, в Тамбовскую и Костромскую епархии. Конец октября — посещение Астраханской епархии, резкое ухудшение состояния здоровья. До конца года Святейший Патриарх находится на излечении.
2003, 26 марта — открытое письмо Патриарха Московского и всея Руси Генеральному секретарю ООН с осуждением агрессии США против Ирака.
Июль—август — торжества в Сарове по поводу столетия прославления преподобного Серафима Саровского.
Сентябрь — посещение Эстонии.
Ноябрь—декабрь — первый обмен официальными делегациями с Русской Зарубежной Церковью. Создание комиссии по обсуждению вопросов, касающихся восстановления канонического общения двух Церквей.
2004 — 75-летие Патриарха Московского и всея Руси Алексия II.
3 февраля — в Свято-Троицкой Сергиевой лавре на открытии VIII Всемирного Русского Народного Собора Патриарх провозгласил, что настала пора заново осмыслить значительную роль Православия в мировой истории, в начертании судьбы человечества.
23 февраля — Святейший награждён орденом «За заслуги перед Отечеством» 1-й степени.
Май — официальный визит в Россию Предстоятеля Русской Зарубежной Церкви митрополита Лавра.
9 июня — перенесение мощей святителя Филарета (Дроздова) в храм Христа Спасителя.
2005, январь — по инициативе Патриарха Алексия начал работу православный кинофестиваль «Лучезарный Ангел».
Май — участие в праздновании шестидесятилетия Победы.
Июль — посещение Татарстана, Владимирской и Ярославской епархий.
Август — поездка в Калужскую епархию, в Санкт-Петербург и на Валаам.
Сентябрь — визит в Азербайджан, посещение Тульской епархии и участие в торжествах по случаю 625-летия Куликовской битвы.
Ноябрь — поездки в Нижегородскую епархию « в Молдавию.
2006, февраль — под руководством Патриарха Алексия на X Всемирном Русском Народном Соборе выработана и провозглашена «Декларация о правах и достоинстве человека».
Май — достигнуты договорённости о грядущем восстановлении канонического общения с Русской Зарубежной Церковью; Святейший посетил Латвию.
3 июля — Предстоятель Русской Православной Церкви возглавил работу Всемирного саммита религиозных лидеров, проведённого по его инициативе.
Сентябрь — 45-летие епископского служения Алексия II; пастырский визит в Калининградскую епархию.
Конец сентября — визит в Санкт-Петербург.
2007, март — на XI Всемирном Русском Народном Соборе Патриарх воззвал к властям России предпринять шаги по преодолению чудовищной бедности населения страны.
Апрель — ухудшение состояния здоровья Патриарха во время его пребывания в Германии, курс лечения в швейцарской клинике.
17 мая — в храме Христа Спасителя Патриархом Алексием II и митрополитом Лавром подписан Акт о восстановлении канонического общения с Русской Православной Церковью и Русской Православной Церковью заграницей.
Сентябрь — паломничество на Валаам.
1—4 октября — поездка во Францию, первый официальный визит Предстоятеля Православной Церкви в католическую страну после великого разделения Западной и Восточной Церквей 1054 года. Выступление на сессии Парламентской ассамблеи Совета Европы, в котором заявлено о решительном неприятии какого-либо отступления от норм морали в современном западном обществе.
Ноябрь — споры по поводу реформы школьного образования. Заявление Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II о том, что необходимо введение изучения основ культуры Православия и других традиционных религий в разных регионах России.