Среди простого народа и горожан, которые оставались верны своим языческим верованиям, обращения в христианство были распространены куда менее. Примерно тогда же, когда произошло обращение Дардана, в Альпах начали появляться христианские миссионеры, такие как братья Джулио и Джулиано, посланные из Рима проповедовать Писание людям в дикой местности вокруг озера Орта в итальянском Озерном краю. Джулиано основал церковь в Гоццано, к югу от озера, а Джулио жил отшельником на острове посреди того же озера, хотя местные жители утверждали, что тот населен драконами и змеями. (На месте скита Джулио в настоящее время стоит базилика в романском стиле, возведенная в IX веке; в церкви хранится кость, принадлежавшая одному из чудовищ, убитых Джулио, когда отшельник впервые ступил на остров; прах же святого хранится в урне в крипте.) Джулио и Джулиано были первыми миссионерами, а к последним десятилетиям римского господства в Альпах процесс обращения шел уже полным ходом. По всему региону возникали многочисленные христианские церкви: пол средневековой церкви Санта-Мария дель Тильо, что в Граведоне на озере Комо, украшает мозаичное покрытие, которое прежде было полом церкви, заложенной на этом месте в V веке. В другом районе Альп, в Куре, в результате раскопок под великолепным романским кафедральным собором были обнаружены остатки более древней церкви, относящейся ко времени Асинио, ставшего первым епископом города в 451 году. Но к тому времени, как мы уже видели, римская эпоха в истории Альп близилась к концу. Этому региону предстояло пережить долгий период политической нестабильности, еще более заметной на фоне постоянно растущей активности христианства.
В 600 году алеманны и бургунды, которые заполнили вакуум, оставшийся в Центральной Европе после ухода Римской империи, были завоеваны новой доминирующей политической силой — франками. Эта могущественная группа германских племен, возвысившихся и занявших ведущее положение как деятельные и сильные противники римлян, доминировала в политической жизни Европы на протяжении веков: в зените своего могущества франки владели большей частью того, что в настоящее время является Германией, Францией, Северной Италией, а также исторических Нидерландов (современных Нидерландов, Бельгии и Люксембурга), в том числе и Альпами, и правили своим государством из столицы в Ахене в северной Германии. В 507 году Хлодвиг, король франков, принял христианство и, таким образом, создал наиболее могущественное христианское королевство раннесредневековой Европы, предшественника Священной Римской империи.
В первые века франкской экспансии сложился альянс с другим германским племенем, баварцами, которые заняли восточные районы Альп, в то время как франки взяли под свой контроль их западную часть. Подобно франкам, баварцы в завоеванных землях установили феодальный строй и приняли христианство. В VIII веке они основали в Австрии множество монастырей, в том числе монастырь на Мондзее возле Зальцбурга, церкви которого больше тысячи лет спустя были использованы в сцене свадьбы в фильме «Звуки музыки». Еще позже баварцы вытеснили славян из герцогства Карантания (Каринтия), которое те основали в том районе, где сейчас проходит австрийско-словенская граница.
Необычный экспонат из «Ландесмузеума» в каринтийском городе Клагенфурте датируется именно этим временем. Верхушке древнеримской колонны придана форма табурета с гладким широким сиденьем, памятник известен под названием Furstenstein», или «Княжеская скамья». Этот камень играл заметную роль в государственных церемониях, подтверждавших власть немецкоязычных правителей над говорившими по-славянски крестьянами, которые остались здесь после наступления баварцев. Подобное использование колонны указывает на то, что римляне, прославленные поборники закона и порядка, почитались по-прежнему; вожди франкских и баварских племен, должно быть, остро осознавали политическую тень, которую на Европу еще долгое время отбрасывало римское владычество, даже тогда, когда они приступали к установлению нового, послеримского, политического устройства.
В то время как баварцы в восточной части Альп преодолевали сопротивление славян, франки столкнулись на западе с совершенно иным врагом. Сарацины, мореплаватели из Северной Африки, предпочитали промышлять в открытом море пиратством, но также воевали и на суше, совершая частые набеги и вторгаясь в Италию и южную Францию. После поражения сарацин в битве при Пуатье в 732 году часть их осталась в Европе, и в соответствии с традицией некоторые из говорящих по-арабски пришельцев поселились в альпийских долинах, занявшись сельским хозяйством. (Они получили также и политический плацдарм: в начале X века король Италии Гуг Прованский после военных успехов сарацин был вынужден передать под их опеку целый ряд альпийских перевалов.) Если верить легенде, одной из областей, где в те века поселились сарацины, была отдаленная долина Валь-д’Эранс возле Сьона, в самом сердце Валейских Альп. В этой долине и сегодня звучит гортанная речь, напоминающая арабский язык, а люди, что живут в тени крутых скалистых склонов, имеют смуглую кожу и темные глаза, что наводит на мысли о возможном их средиземноморском происхождении. Во всем Вале жители Изерабля известны как беджуи — как предполагают некоторые, это название происходит от слова «бедуин», — а пик Аллалинхорн у Саас-Фе своим названием может быть обязан слову «Аллах».