По сравнению с Первой во Вторую мировую войну сражений в Альпах было заметно меньше. В большинстве боевых столкновений участвовали партизанские отряды, активно действовавшие в горных районах Альпийской Франции и Словении, откуда они совершали нападения на расквартированные там немецкие оккупационные войска.
В июне 1940 года Италия вторглась на территорию Франции, ее войска прошли через перевалы Коль-де-ля-Сэнь и Коль-д’Анклав и столкнулись с размещенными в горах французскими гарнизонами. Тогда, на начальном этапе войны, бои велись во многих районах Французских Альп. Тем не менее в последующие годы большая часть боевых действий, имевших место во Французских Альпах, представляла собой стычки между отрядами французского движения Сопротивления и немецкими или итальянскими оккупантами. Одно особенно жестокое сражение произошло на высокогорных пастбищах Плато-де-Глиер, к северу от Анси, где в феврале 1944 года лагерь Сопротивления безуспешно атаковали поддерживаемые немцами французские части режима Виши; вторая попытка также окончилась безрезультатно, и впоследствии немцы отправили против 465 осажденных партизан двенадцатитысячный корпус. Подавляющее превосходство противника вынудило бойцов Сопротивления отступить и рассеяться. События тех дней увековечены мемориальной часовней и кладбищем на вершине Коль-де-Глиер — перевала на высоте 1440 метров, который пересекает плато.
Еще одним районом, который защищали отряды Сопротивления, был Веркор — густо поросший лесом и малонаселенный известняковый массив, возвышающийся над Греноблем. К 1944 году в Веркоре проходили военную подготовку четыре тысячи добровольцев, а 15 июня того же года (через две недели после высадки союзников в Нормандии) немцы напали на деревню Сен-Низье, но их атака была отбита. Лидеры Сопротивления были достаточно уверены в своих силах и 3 июля провозгласили республику Веркор, независимую от оккупированной нацистами Франции, но в этот район были направлены пятнадцать тысяч немецких солдат. Высадившись на планерах на аэродроме в Васье-ан-Веркор, они вынудили отряды Сопротивления отступить. В память о тех событиях в наши дни в Васье установлен монумент, а на мемориальную доску на городской ратуше занесены имена семидесяти четырех погибших горожан; многие похоронены на расположенном возле города Национальном кладбище Веркора.
В августе 1944 года положение отрядов Сопротивления начало улучшаться. В том месяце союзники высадились на южном побережье Франции, и департамент Верхняя Савойя стал первой областью Франции, целиком перешедшей в руки Сопротивления. После того как в этот район был высажен хорошо снаряженный англо-американский парашютный десант, немецкий гарнизон в Шамони обнаружил, что окружен, и вскоре капитулировал. Война в Альпах приблизилась к завершению, но эпилогом ее стал весьма необычный эпизод: в феврале 1945 года отряд австро-немецких горных стрелков, занимавший перевал Коль-дю-Жеан на склоне Монблана и базировавшийся в горном приюте «Турин», предпринял отчаянную контратаку на войска освобожденной Франции, обстреляв Шамони со своих позиций у станции канатной дороги в Коль-дю-Миди. Немцы, атаковавшие на рассвете, натолкнулись на яростное сопротивление французов и позже отступили, потеряв девять убитых. Этот бой произошел на высоте около 3500 метров и примечателен тем, что стал самым высокогорным боестолкновением во всей войне; это короткое сражение было актом крайнего военного безрассудства, и большая часть вины за него лежит на командире-австрийце, капитане Зингеле, который оказался в числе девяти погибших.
Словения, по другую сторону Альпийского хребта, была оккупирована нацистами с 1941 по 1945 год. Страшными зверствами тех лет печально известен замок Катценштейн в Бегунье, неподалеку от Радовльицы, у отрогов Юлийских Альп; здесь была устроена гестаповская тюрьма, где содержались тысячи узников и происходили казни. До сих пор на стенах некоторых камер можно увидеть выцарапанные на них прощальные послания, а на кладбище снаружи замка погребены многие из казненных. Если углубиться дальше в Юлийские Альпы, то возле города Краньска Гора, являющегося ныне главным горным курортом страны, сооружен мемориал в честь партизан, сражавшихся в этом регионе во время войны; памятнику придан вид карабина и альпинистского крюка-питона — они входят в состав используемого альпинистами снаряжения. Сам же мемориал стоит в красивой долине Врата в тени горы Триглав (2864 м), самого высокого пика Юлийских Альп.