В 1831 г. семидесятитрехлетний Купер был отстранен Советом кураторов от поста президента колледжа Южной Каролины. В обличительной речи против своих обвинителей при повторном разбирательстве дела Купер смело и гордо заявил: «Я стою перед судом инквизиции за то, что борюсь за свободу мысли... Большое несчастье для человека идти на полвека впереди знаний своего времени. И если человек делает это, он должен быть готов к тому, чтобы встретиться с соответствующими последствиями и заплатить соответствующую плату».
Ясное представление о том, какую обстановку социального остракизма и террора по отношению к свободомыслящим создали мракобесы конца XVIII в., наследники салемских инквизиторов, дают некоторые письма Джефферсона. В своем ответе на просьбу врача Уотерхауза разрешить опубликовать его письма о религии Джефферсон писал: «Нот, милостивый государь, ни за что на свете. В какое осиное гнездо это ввергло бы мою голову!» А после смерти Раша он просит его сына уничтожить или вернуть ему находившуюся у Раша рукопись своих тезисов о религии. В руках политических противников Джефферсона это было бы смертельным оружием против него.
По мнению одного из новейших исследователей американского деизма, Г. Морейса, деизм в Америке конца XVIII в. привлекал к себе внимание, явно не соответствующее его действительному влиянию. Но если свободомыслие и не овладело массами, оно страшило обскурантов как неодолимая сила, способная подорвать устои мракобесия, нанести сокрушительные удары религиозному неразумию, осветить неугасимым светом тьму предрассудков и суеверия.
Американские клерикалы называли деизм французской заразой. Тем не менее при всем бесспорном идейном родстве и духовной близости американских и французских просветителей их антирелигиозные позиции существенно различались. Передовой отряд французских просветителей был последователен и непримирим в своем отрицании религиозной веры, тогда как американские просветители даже в своих наиболее воинственных антирелигиозных выступлениях ограничивали веру в бога, но окончательно не отвергали ее: они всячески старались обезвредить ее, но не исключить. Первые были атеистами, вторые — деистами. Эта отличительная особенность антирелигиозной позиции американских просветителей объясняется своеобразием исторических условий идейно-политической борьбы в США.
Джефферсон в одном из своих писем к Адамсу (8 апреля 1816 г.) отмечал, что общественные условия в католических странах толкают разуверившихся в ортодоксии людей к атеизму, а в протестантских странах критическая мысль идет по пути деизма. Чем же это объясняется? Главным образом социальным существом этих двух форм христианства и соответственно различным характером связи церкви и государства. Во Франции, как и в других странах, важнейшим оплотом феодального господства было в ту пору католическое христианство, спаянное с государственным аппаратом феодального общества. Протестантизм был христианством, преобразованным в соответствии с требованиями и задачами эпохи первоначального накопления капитала. Он не уступал католицизму ни по своей нетерпимости, ни по своему фанатизму, но его главным средством воздействия на общественное сознание было не столько прямое политическое принуждение, сколько моральное давление. Французский атеизм был составной частью антифеодальной революционной идеологии, одним из выражений надвигающейся буржуазной революции. Американская же революция по сути дела не была социальной революцией, переходом к новой экономической формации. Коренное население Америки еще не достигло феодализма, а европейские пришельцы сразу же строили на новой земле капиталистическое общество со своеобразным рабовладельческим «привеском» к делу. Американская революция была не ломкой феодальных порядков, а национально-освободительной, антиколониальной войной. Английской монархии она противопоставила республику, но за этим не скрывалась борьба двух антагонистических классов. В одном случае борьба велась национальной буржуазией против колониальной зависимости от иноземной буржуазии, в другом она была столкновением враждебных классов внутри нации. Мишенью французского атеизма была идеология феодальной реакции, мишенью американского деизма — цепкие пережитки идеологии первоначального накопления. Атаки Аллена и Пейна на христианство не уступали по своей остроте атакам французских материалистов, но велись они с деистических позиций.