Керенский приехал еще и затем, чтобы арестовать Вырубову. Когда он вошел в комнату, где лежала Анна, еще не оправившаяся от кори, то был поражен при виде этой женщины, которую молва изображала соблазнительницей Распутина и даже Царя. Она оказалась довольно полной женщиной средних лет, которая не могла передвигаться без костылей. Тем не менее он приказал отвезти ее в Петропавловскую крепость, где в течение нескольких месяцев ее содержали в жестоких условиях. Лили Ден была тоже арестована, и хотя ее отпустили через несколько дней, вернуться во дворец ей не разрешили.
Изоляция Николая Александровича и Александры Феодоровны продолжалась всего две недели, но за это время Керенский успел допросить их по одиночке относительно правительственной политики и назначений министров до революции. Александра Феодоровна отвечала с ясностью и твердостью, поразившей его, заявив, что они с Императором находили согласие по всем вопросам и что она не принимала никаких решений без его одобрения. Большинство ее встреч с министрами имели отношение к госпиталям, учреждениям Красного Креста, военнопленным и другим проблемам благотворительности. Напротив, экс-Император не чувствовал себя обязанным объяснять или оправдывать свои решения и не пытался поддерживать разговор. Керенский был изумлен спокойствием и самообладанием Царя и впоследствии признал, что не могло идти и речи об измене или контрреволюционной деятельности Августейшей четы.
Но вот длинный и трудный март кончился, впереди ожидались Страстная седмица и Светлое Христово Воскресение. В начале апреля во дворец был приглашен отец Афанасий Беляев, принесена чудотворная икона Божией Матери с Богом л аденцем «Знамение». Была отслужена
обедня по случаю дня рождения Наследника. Икону несла процессия священников и дьяконов, которых солдаты пропустили во дворец. Настоятель был глубоко тронут, когда «горячо, на коленях, со слезами, просила земная Царица помощи и заступления у Царицы Небесной». Граф Бенкендорф вспоминал, как процессия покидала дворец, как семья, проводив ее до балкона, смотрела ей вслед, пока священники не скрылись. «Это прошлое уходит от нас, чтобы никогда не вернуться. Воспоминания об этой церемонии навсегда останутся со мной, и я не смогу думать о ней без глубокого волнения».
На дни Страстной седмицы и Пасхи священнику разрешили переехать во дворец. В своем дневнике он называет некоторые блюда, которые подавались во время Великого поста: рубленая капуста с маринованными огурцами и картофелем, щи с грибами, рисовые котлеты, жареная корюшка, яблоки в сладком сиропе, компот из фруктов. Тесное общение с Царской семьей обрадовало его, но в то же время наполнило сердце грустью.
«Надо самому видеть и так близко находиться, чтобы понять и убедиться, как бывшая Царственная семья усердно, по-православному, часто на коленях, молится Богу. С какою покорностью, кротостью, смирением, всецело предав себя в волю Божию, стоят [они] за богослужениями. И у меня, грешного и недостойного служителя Алтаря Господня, замирает сердце, льются слезы, и, несмотря на гнетущую тяжесть затвора, благодать Господня наполняет душу».
«Первый раз в присутствии Государя, за великим входом, когда нужно было вместо Благоч(естивейшего) Самод(ержавнейшего) Гос(ударя) Импер(атора) и пр. говорить о Державе Рос(сийской) и Врем(енном) Правительстве), я не сразу мог собраться с силами и едва не разрыдался. Надорванным голосом, сбиваясь в словах, (я) закончил поминовение…»
Все обитатели дворца, включая прислугу, исповедовались в Страстную седмицу: в среду — пятьдесят четыре, в пятницу — сорок два слуги и особ свиты, включая двух докторов; затем исповедовались фрейлины и члены Императорской семьи. Исповеди Великих Княжон и Алексея произвели глубокое впечатление на отца Афанасия Беляева.
«Как шла исповедь — говорить не буду. Впечатление получилось такое: дай, Господи, чтобы и все дети нравственно были так высоки, как дети бывшего Царя. Такое незлобие, смирение, покорность родительской воле, преданность безусловная воле Божией, чистота в помышлениях и полное незнание земной грязи — страстной и греховной, меня привело в изумление, и я решительно недоумевал: нужно ли напоминать мне, как духовнику, о грехах, может быть, им неведомых, и как расположить к раскаянию в неизвестных для них грехах».