В 87 г. до н.э. во время гражданской войны Марий захватил Рим и установил власть популяров, и Цезарь, как молодой сторонник Мария, получил жреческий сан в храме Юпитера. Но через год Марий умер, а в 84 г. до н.э. в результате бунта в войсках был убит Цинна. В следующем году диктатором становится Луций Корнелий Сулла, противник Мария и Цинны. Цезарь был поставлен перед дилеммой: либо разорвать родственные узы с семействами популяров, развестись с женой (как поступили другие родственники Мария и Цинны), либо подвергнуться репрессиям.
Цезарь отказался от развода и разрыва родственных связей. Ему пришлось скрываться, а потом бежать подальше от Рима. Он объявился в Малой Азии, где исполнял поручения протопретора Марка Минуция Терма при дворе вифинского царя Никомеда. Успехи его миссии породили обычные для Рима сплетни, распускаемые политическими оппонентами: будто бы, Цезарю пришлось стать любовником Никомеда. В дальнейшем грязные слухи и сплетни постоянно преследовали Цезаря. Но он оставался невозмутим и не мстил клеветникам.
Как воин молодой Цезарь прославился во время осады и штурма Митилены (Лесбос). Протопретор увенчал его дубовым венком – почетной воинской наградой. За три года своей службы в Малой Азии Цезарь приобрел практические навыки управления войсками и дипломатического искусства, а также получил представление о восточных политических системах, с которыми он в дальнейшем мог сравнить государственную жизнь Рима.
Гай Марий и Корнелий Сулла
После смерти Суллы (78 г. до н. э.) Цезарь вернулся в Рим уже как политик. Своими обвинительными речами против сторонников Суллы, произносимыми на Форуме, он приобрел известность. По пути на Родос, где он намеревался обучаться ораторскому искусству, готовя себя к дальнейшим политическим схваткам, Цезарь попал в плен к пиратам и больше месяца ожидал, когда друзья соберут деньги на выкуп. После освобождения он провел карательную экспедицию – собрал флот и захватил пиратскую крепость (по версии Плутарха – только пиратскую флотилию). Своих обидчиков он распял на крестах, предварительно позволив перерезать им глотки, что считалось по тем временам милостью, ибо облегчало мучения.
После недолгого участия в войне с Митридатом, Цезарь возвратился в Рим и победил на выборах, получив пост военного трибуна, которую использовал для выступлений против аристократов и реабилитации сторонников Мария. При этом он сблизился с влиятельными политиками и военачальниками – Гнеем Помпеем и Марком Лицинием Крассом, между которыми тогда происходила борьба за власть. Первый был прославлен подавлением восстания Сертория в Испании, второй – восстания Спартака в Италии.
В 69 г. до н. э. Цезарь овдовел. В следующем году умерла его тётка Юлия, вдова Гая Мария. После новой женитьбы на Помпее, внучке Суллы, дочери Квинта Помпея Руфа (65 г. до н. э.) постепенно складываются новые родственные и политические связи. Личное политическое влияние Цезарь укрепил в должности квестора в Дальней Испании. В дальнейшем он поддержал Помпея, который получил под командование флот и армию и в 66 г. до н.э. завоевывал большую часть Малой Азии, Сирию и Палестину. Избранный эдилом в 65 до н. э., он устраивает для римлян дорогостоящие зрелища, пышные театральные представления, гладиаторские бои, общественные обеды, расходуя на это всё свое состояние. Только избрание великим понтификом в 63 г. до н. э. позволяет ему избавиться от долгов.
Жреческая карьера Цезаря была подорвана скандалом, связанным с его женой Помпеей, которая в качестве супруги верховного жреца обязана была организовать празднество Доброй Богини, доступное только для женщин. Недоброжелатели Цезаря распустили слух, что на церемонию пробрался переодетый мужчина, что расценивалось как святотатство. Мать и сестра Цезаря свидетельствовали против Помпеи. Цезарь вынужден был развестись с ней, хотя факта святотатства не признал. Причину развода он выразил в словах, которые в пересказе приобрели краткую формулу: «Жена Цезаря вне подозрений». Согласно Светонию, высказывание Цезаря было пространнее: «Мои близкие, как я полагаю, должны быть чисты не только от вины, но и от подозрений».
Этот эпизод отчасти повлиял на позиции Цезаря в политических альянсах.
Марк Красс
Пока Помпей искал военной славы вдали от Рима, в столице Империи усиливалось влияние Красса. Разрыв родственных связей Цезаря с Помпеем облегчил его сближение Крассом. Оба они участвовали в подготовке захвата власти, объединились против Помпея, используя прежних сторонников Суллы. До возвращения Помпея диктаторские полномочия мог получить Красс. Но заговор был раскрыт.