— принятие необходимых мер, исключающих возможность безнаказанного проникновения агентуры противника и антисоветских элементов на флот;
— борьба с предательством и изменой Родине в частях, соединениях и учреждениях ВМФ, с дезертирством и членовредительством.
Для реализации поставленных перед флотскими чекистами задач требовались профессионально подготовленные кадры. Действовавшие ранее курсы подготовки и переподготовки оперативного состава уже не соответствовали в полной мере реалиям, в которых приходилось действовать контрразведчикам на флотах. Поэтому приказами наркома ВМФ Н. Г. Кузнецова от 9 и 15 февраля 1944 года с 1 марта того же года открылась Высшая школа контрразведки ВМФ с годичным сроком обучения. На краткосрочность подготовки влияла, конечно же, война. На всех флотах ВМФ СССР продолжали функционировать курсы по подготовке оперативного состава отделов контрразведки.
Под руководством П. А. Гладкова шла напряженная работа по выявлению агентуры противника после освобождения военно-морских баз флота в Новороссийске, Севастополе, Одессе, Таллине, Риге и Лиепае. Это было связано с тем, что немецкие разведывательные органы, отступая, оставляли на глубокое оседание опытную агентуру, для борьбы с которой заблаговременно формировались оперативные группы из числа наиболее подготовленных чекистов. Главной их задачей было — вместе с передовыми частями армии и флота, вступающими в населенные пункты, немедленно разворачивать оперативно-поисковую деятельность по установлению вражеской агентуры.
Большую работу флотская контрразведка проводила на территории Прибалтики против профашистских организаций «Омакайтсе», «Кайтселиит» и «Исамаилиит» — в Эстонии, «Айсарги» — в Латвии, «Шума» — в Литве. Кроме того, в прибалтийских республиках отмечалась высокая концентрация белоэмигрантского контингента, бежавшего из Советской России, а также бывших военнослужащих армии Юденича.
Контрразведчики Краснознаменного Тихоокеанского флота (КТОФ) активно действовали в нелегкой борьбе с происками японских спецслужб, особенно их резидентур в лице Японских военных миссий (ЯВМ).
Органы военной контрразведки флота провели значительную работу по предотвращению возможной бактериологической диверсии отряда Квантунской армии № 731. Эта важная деятельность флотских чекистов подробно описана в агентурном деле «Юрта».
Особо опасным японским объектом в деле легального шпионажа на Дальнем Востоке было Генеральное консульство во Владивостоке, проводившее активную разведывательную деятельность по сбору данных о Тихоокеанском флоте.
Здание Генерального консульства находилось на возвышенности, и из его окон открывался прекрасный вид на бухту Золотой Рог. На крыше двухэтажного дома самураи установили постоянный пост визуального наблюдения за бухтой. Тогда и наше руководство придумало простую штуку. Чтобы предупредить визуальную разведку за движением надводных кораблей и подводных лодок флота, военные строители быстренько обнесли здание высоким забором высотой аж восемь метров! По периметру здания постоянно ходили наши патрули. Часть городских районов, примыкавших к местам базирования флота, были закрыты для посещения иностранцев. Это тоже была своеобразная профилактика.
Японская разведка активно вербовала в свои сети представителей так называемых малых народностей Сахалина, Приморского и Хабаровского краев, Камчатки и Чукотки. В 1941–1945 годы японцы предпринимали попытки создать из них разведывательно-диверсионные подразделения.
Так, дальневосточными военными контрразведчиками в 1945 году была разоблачена резидентура ЯВМ, расположенная в поселке Карафуто. Японская разведка с контрразведывательной целью посадила на границе между Северным и Южным Сахалином своих агентов под «крышей» охотников.
Они жили в тайге в специально построенных домах, снабженных телефонной связью с резидентом. Их задачей было постоянное наблюдение за состоянием границы и лицами, переходящими кордон в обоих направлениях. Нарушителей задерживали и доставляли к резиденту.
Каждый «охотник» обслуживал участок протяженностью 3–5 км в зависимости от рельефа местности. Руководство ЯВМ им платило жалованье или вознаграждение за эту работу в пределах 40–60 иен в месяц.
Одним из таких задержанных «охотников» в 1945 году был некий Хасимото, с которым провел вербовочную беседу начальник ЯВМ Ота. Хасимото была поставлена задача задерживать русских, подозреваемых в проведении разведдеятельности, и обеспечивать переброску японской агентуры на советский Сахалин.