Атака велась по нескольким направлениям. Возродилась старая довоенная полемика по проблеме интерпретации квантовой механики и теории относительности.
Во второй половине 1948 года началась длительная подготовка к созыву Всесоюзной конференции физиков для обсуждения общего положения и выявления недостатков. Конференция готовилась Министерством высшего образования, возглавляемым С.В.Кафтановым.
17 декабря 1948 года был утвержден Организационный комитет конференции. В письме заместителю Председателя Совета Министров Ворошилову Кафтанов определил главные критические направления:
«Курс физики преподается во многих учебных заведениях в полном отрыве от диалектического материализма… Вместо решительного разоблачения враждебных марксизму-ленинизму течений, проникающих через физику в высшие учебные заведения… в советских учебниках по физике не дается последовательного изложения современных достижений физики на основе диалектического материализма… В учебниках совершенно недостаточно показана роль русских и советских ученых в развитии физики: книги пестрят именами иностранных ученых…».
На конференцию предполагалось пригласить 600 физиков. Оргкомитет к началу марта 1949 года провел около сорока предварительных заседаний, на которых официальную точку зрения горячо поддержала группа физиков Московского университета. По мере приближения конференции будущее поражение академических физиков становилось все более очевидным.
Из проекта резолюции, подготовленного для конференции:
«Для советской физики особое значение имеет борьба с низкопоклонством и раболепием перед Западом, воспитание чувства национальной гордости, веры в неисчерпаемые силы советского народа…»
В проекте содержалась и персональная критика. Ландау и Иоффе были обвинены в раболепстве перед Западом, Капица — в пропаганде откровенного космополитизма, Френкель и Марков — в том, что они некритически воспринимают квантовую механику и теорию относительности и пропагандируют их в нашей стране. Советские учебники по теории поля и атомной физике Хайкина, Ландау и Лифшица, Шпольского и Френкеля были осуждены за популяризацию зарубежных идеологических концепций и за недостаточное цитирование русских авторов.
Открытие конференции, которая могла бы завершиться разгромом отечественной физики, намечалось на 21 марта 1949 года. Подготовка шла под патронажем Берия, который так же глубоко разбирался в физических проблемах, как Жданов в литературе и искусстве, а Лысенко — в биологии…
Физическая конференция, безусловно, нарушила бы мирное сосуществование и баланс, сложившиеся в последние два года между политической властью и учеными, активно участвующими в реализации атомного проекта.
Сталин хотел иметь атомную бомбу как можно быстрее. Он выделил для ученых-атомщиков огромные средства, создал им привилегированные условия жизни. Он делал вид, что полностью доверяет им и спокойно ждет отдачи. А режим секретности, мелочная опека во всем — так это для их же пользы. Первый срок, установленный Сталиным для создания бомбы (1948 год), уже прошел. И атмосфера взаимоотношений исподволь, потихоньку, накалялась. Недоверие к ученым возрастало. Если генетики пытались подорвать сельское хозяйство, то почему бы атомщикам не саботировать атомную работу? За учеными нужен глаз да глаз. Еще более острый, чем за людьми искусства.
И ученые вполне отдавали себе отчет в том, что даже случайная и нелепая ошибка при испытании будет стоить им головы. Знали даже, что у Берия есть список «дублеров» для всех руководящих ученых. И всё-таки не страх перед властью был главным мотивом в поведении ученых, да и остальных работников, принимавших участие в реализации атомного проекта.