Проблемой ГРУ является и ослабление вертикальных связей внутри этой могущественной организации. В связи с распадом СССР и последующим «парадом суверенитетов» отдельные разведуправления штабов округов и армий стали действовать излишне самостоятельно. Кроме того, резидентуры ГРУ во многих странах подверглись сокращению, а в некоторых второстепенных, с точки зрения разведки, были совсем закрыты.
По мнению некоторых специалистов и аналитиков, в частности бывшего сотрудника центрального аппарата ГРУ капитана 1-го ранга в отставке Валерия Петровича Калинина, необходимо создать "общегосударственный разведывательный информационно-аналитический центр". В. П. Калинин выдвигал эту идею еще в 1983 г., но благодаря отрицательному заключению Д.Ф.Устинова и В.М.Чебрикова, ЦК КПСС не поддержал его. Также крайне негативным фактором В. П. Калинин считает отсутствие в ГРУ собственной контрразведки47.
Еще одна проблема ГРУ — отсутствие прямой связи с высшим политическим руководством страны. В отличие от главы СВР, которого президент принимает по понедельникам, если не находится в больнице, начальник ГРУ не имеет такой привилегии. Он подчиняется начальнику Генерального штаба и министру обороны. Им он и докладывает о результатах деятельности военной разведки.
Надо сказать, что должность начальника ГРУ, чрезвычайно важная в период нестабильности в стране и непрекращающихся кризисов, постоянно служит мишенью для различного рода интриг. По сообщениям прессы, вокруг фигуры Ладыгина, когда он находился на посту начальника ГРУ, постоянно шла «подковерная» борьба. Бывший министр обороны Игорь Родионов якобы считал Ладыгина человеком из команды Павла Грачева и пытался отправить его в отставку. Однако тогда вмешался секретарь
Совета обороны Юрий Батурин, возглавлявший комиссию по высшим воинским должностям и званиям при президенте Российской Федерации, который отстоял Ладыгина48.
В конце мая 1997 г. Ладыгин, которому к тому времени исполнилось 60 лет, был уволен из рядов Вооруженных Сил и с почетом отправлен на пенсию. Однако год спустя, как сообщила газета «Труд», его приняли на работу в фирму «Мистко», занимающуюся закупками кубинского сахара и рассчитывающую использовать старые связи Ладыгина в кубинском руководстве49.
Новым, 27-м по счету начальником ГРУ, если считать от Семена Аралова, стал генерал-полковник Валентин Владимирович Корабельников. О нем известно не так уж много. К моменту назначения ему исполнился 51 год. Корабельников является кадровым разведчиком. Он окончил Военно-дипломатическую академию, став, как это ни парадоксально, первым из выпускников этого заведения, достигшим вершины в пирамиде ГРУ. В общей сложности Корабельников прослужил в разведке около 20 лет и к моменту назначения, наряду с Владимиром Измайловым, занимал должность первого заместителя начальника ГРУ.
В отличие от Ладыгина, который считался хорошим аналитиком, но которому не приходилось иметь дела с оперативной работой, Корабельников служил в Оперативном управлении ГРУ и вообще имеет репутацию энергичного и напористого практика, не боящегося взять на себя ответственность за принимаемые им решения.
Сразу же после назначения Корабельникова в печати появились сведения, что он отвечал за оперативную деятельность на постсоветском пространстве и курировал, среди прочих, чеченское направление. Писали, что Корабельников провел в Чечне не один месяц, руководя там спецоперациями, был даже ранен. Кроме того, ему приписывается личное руководство операцией по уничтожению чеченского лидера Джохара Дудаева, за что он, якобы, и получил свой нынешний пост. Однако Министерство обороны категорически опровергло это утверждение, заявив, что Корабельников, хотя и находился в Чечне, и занимался там разведывательным обеспечением боевых действий российских войск, однако ни он, ни подчиненные ему бригады спецназа к убийству Дудаева отношения не имели. История рассудит, кто был прав в этом вопросе ...