В начале ноября 1801 г. англичане снова обратились с предложением ввести русские войска на остров, а России стать гарантом будущего англо-французского соглашения о Мальте. На этот раз русское правительство, опасаясь, что оно будет отстранено от мирных переговоров, которые шли в Амьене, принципиально согласилось принять на себя гарантию. Однако, к большому удивлению русских, в десятой статье Амьенского договора, где говорилось об эвакуации острова в течение трех месяцев после ратификации договора, русскую гарантию отодвинули на более чем скромное место. В договоре указывалось, что после вывода английских войск с острова на него будет временно введен неаполитанский гарнизон в количестве двух тысяч человек (до того момента, пока рыцари ордена Иоаннитов не смогут обеспечить крепости надежную защиту), а гарантом данного соглашения будут выступать Франция, Англия, Австрия, Испания, Россия и Пруссия. Подобная выходка со стороны англичан, сначала искавших русской гарантии, а потом от нее открестившихся, вызвала раздражение среди русских политиков. На заседаниях Совета в июле 1802 г. сторонники нейтралитета России так же, как и те, кто придерживался профранцузской ориентации, выступили против принятия Россией гарантии в подобных условиях. Оскорбительным показалось упоминание России на предпоследнем месте после Испании и Австрии. К тому же, считал Н.П. Румянцев, Мальта не нужна России, а ее гарантия может лишь послужить вовлечением ее в войну.
Изменение ориентации в политике России в конце 1802 г. вызвало желание дать все-таки гарантию Амьенского договора для того, чтобы ни под каким видом не допустить на остров французов. В ноябре 1802 г. русское правительство согласилось дать Англии и Франции гарантию неприкосновенности Мальты, но при условии, что будет аннулирована десятая статья Амьенского договора, и будут признаны требования России о возвращении Мальты ордену и ее нейтралитете. Англичане формально заявили, что соглашаются с русскими предложениями, но на самом деле отвергли ряд статей русского проекта. В общем можно сказать, что вопрос о статусе острова и отношении России к нему оставался в это время весьма неопределенным. Единственным подписанным юридически принятым Англией и Францией документом был Амьенский договор.
И вот в начале 1803 г. мальтийский вопрос приобрел особую остроту. В то время как французы выполнили все свои обязательства, означенные в договоре (в частности, весной 1802 г. были выведены французские войска из портов Неаполитанского королевства Тарент, Бриндизи и Отранто), англичане продолжали оставаться на острове. Первый консул со своей стороны все более настойчиво требовал исполнения Амьенского соглашения. Маленький остров снова, как несколько лет тому назад, приобрел огромную, несоразмерную своей площади значимость. Во-первых, Бонапарт считал его необычайно важным в стратегическом отношении, по его мнению, присутствие англичан на Мальте устанавливало их господство в восточном Средиземноморье. Во-вторых, остров снова приобрел и огромное моральное значение. Согласиться с его оккупацией английскими гарнизонами означало признать фактически недействительным Амьенский договор, капитулировать перед грубым нажимом со стороны Великобритании. Первый консул был молод, честолюбив, горд за могущество своей страны и считал, что подобная капитуляция не только обесчестит его и Францию, но и покажет всей Европе его слабость и тем самым послужит предлогом для агрессивных действий феодально-монархических стран. И в конечном итоге, приведет к войне, но в менее выгодных для него условиях. Поэтому он решился любой ценой добиться выполнения английским правительством статьи десятой Амьенского договора. Так снова вокруг Мальты сошлись столь мощные линии напряжения, что могло показаться, что в Европе нет более важного пункта, чем крепость на скале, затерянной в просторах Средиземного моря.