Однако 26-й полет для первого экземпляра И-250 стал последним – 5 июля 1945 г. самолет потерпел катастрофу над Центральным аэродромом им. М.В.Фрунзе. В тот день требовалось определить максимальную скорость на малых высотах с включенным ВРДК, но в. полете оторвалась левая половина стабилизатора, и неуправляемый истребитель врезался в землю. Летчик успел покинуть самолет, но малая высота не позволила парашюту раскрыться, и А.П.Деев погиб. Комиссия под председательством профессора А.И.Макаревского, проводившая расследование, пришла к заключению, что причиной катастрофы стала большая перегрузка, возникшая при резком отклонении руля высоты на кабрирование при максимальной скорости на малой высоте. Найденная на месте падения спидобарограмма позволила установить, что при снижении с 600 м до 200 м скорость машины достигла значения 665 км/ч по прибору, т.е. максимальной расчетной у земли величины.
В связи с катастрофой И-250 №01 на втором прототипе, простаивавшем в ожидании возвращения компрессора из ЦИАМ, усилили стабилизатор. Первый контрольный полет с достижением высоты 3000 м состоялся 20 июля, машину пилотировал летчик-испытатель ЛИИ А.П.Якимов. Во время взлета ему не понравилось, что самолет сильно тянет вправо. После полета он сообщил А.И.Микояну, что на такой машине летать нельзя. В итоге с 22 июля специалисты ОКБ-155 начали работы по увеличению почти в 1,5 раза площади киля (с 1,64 м2 до 2,27 м2)(3*) и установке триммеров большего размера на рулях направления и высоты для улучшения устойчивости и управляемости самолета. К 10 августа эти доработки завершились, а также состоялись частотные испытания самолета на вибростенде для определения амплитуды собственных колебаний.
После отладки ВМГ истребитель И-250 №02 был готов к продолжению летных испытаний, однако в течение трех дней полеты не начинались, так как А.П.Якимов в это время летал на другой машине. 14 августа он вновь вылетел на И-250, чтобы проверить устойчивость самолета с новым вертикальным оперением, но все равно остался недоволен. В связи с этим было решено развернуть киль вправо на Г путем смещения переднего узла крепления. Окончание Великой Отечественной войны и получение доступа к трофейным немецким турбореактивным двигателям BMW-003 и Jumo-004 позволило советской авиапромышленности совершить качественный скачок в развитии реактивной авиации. В планах работ практически всех ОКБ появились задания на разработку боевых самолетов с трофейными ТРД. В связи с этим уже в июне 1945 г. ОКБ-155 приступило к разработке нового истребителя И-300 с двумя реактивными двигателями BMW-003. Первоначальный оптимизм по поводу И-250 стал угасать, а работы по нему отошли на второй план.
Тем не менее, испытания И-250 продолжались. В сентябре 1945 г. эстафету принял летчик-испытатель А.Н.Чернобу-ров, пришедший в ОКБ-155 с завода № 163, а 21 сентября свой первый ознакомительный полет на истребителе совершил летчик-испытатель Й.Т.Иващенко, которого перевели с завода №301. После катастрофы И-250 №01 ко второй машине стали относиться осторожнее и на подобные скоростные режимы не выводили. Программа заводских испытаний была уже почти выполнена, когда 18 октября самолет чуть не «расстался с жизнью», и лишь умелые действия Чернобурова спасли его от гибели. В тот день задание предусматривало проверку работы маслосистемы на высотах до 7200 м. Опробовав ВМГ на земле и не выявив отклонений, в 16 ч 55 мин Чернобуров совершил взлет. Достигнув 7200 м, летчик стал планировать, фиксируя при этом параметры работы ВМГ и периодически прогревая мотор. На высоте 1500 м подскочившее чуть ранее давление масла вдруг резко упало с 5 до 1,5 атмосферы, при этом его температура возросла с 105 до 125°С. Вскоре давление упало до нуля, и мотор сильно затрясло.
Истребитель И-250 №02 с увеличенным килем
В это время И-250 находился над южными окраинами Москвы и терял остатки высоты. Летчик, не имея возможности дотянуть до аэродрома, выключил мотор и в 17 ч 08 мин произвел вынужденную посадку в районе Кунцево-Фили. Просколь-зив по земле и свежевыпавшему снегу метров 70-80, самолет остановился. Как показало расследование, падение давления масла, главным образом, было вызвано тем, что стоявший на самолете мас-лорадиатор №693 имел недопустимо высокое гидравлическое сопротивление, и это вызывало большую утечку масла через шунт, минуя радиатор. На планировании в результате застывания масла в радиаторе его утечка через шунт еще более усилилась, и наступил масляный голод двигателя. Положение также усугубила верхняя нерегулируемая выходная щель туннеля маслорадиатора.