Противопожарные системы двигателей – автономные, каждая включает в себя две подсистемы: сигнализации о пожаре и пожаротушения. Огнегасящий состав – фреон 114В2.
Оборудование, за исключением аппаратуры специального назначения, на перехватчиках и разведчиках унифицировано. Оно состоит из: связной КВ-радиостанции Р-847РМ (позднее – Р-864); связной УКВ-радиостанции Р-832М «Эвкалипт»; радиостанции Р-802; радиокомпаса АРК-10; радиовысотомера больших высот РВ-19 (позднее – РВ-18);
радиовысотомера малых высот РВ-4 (РВ-4А); станции предупреждения об облучении СПО-Ю «Сирена-ЗМ» (позднее – СПО-15 «Береза»); маркерного радиоприемника МРП-56П; ответчика системы управления воздушным движением СО-63Б (позднее – СО-69); ответчика системы государственного опознования СРО-2П; радиосистемы ближней навигации РСБН-6С «Коралл»; антенно-фидерной системы «Пион-ЗП»; переговорного устройства СПУ- 7; защищенного накопителя информации «Тестер УЗЛ»; аппаратуры речевой информации П-591 с магнитофоном РИ- 65; магнитофона МС-6 «Лира»; приемника воздушного давления ПВД-7; системы автоматического и ручного управления воздухозаборником СРВМу-2А и др.
Кроме того, на всех перехватчиках установлена автоматизированная пилотажно-навигационная система -Полет-1И», включающая в себя: систему ближней навигации и посадки «Ромб-1 К»; систему автоматизированного управления полетом САУ- 155П1 (на разведчиках – САУ-155Р1); курсовертикаль; систему воздушных сигналов СВС-ПН-5, Система «Полет-1 И» обеспечивает полет в любое время суток, в простых и сложных метеоусловиях, в автоматическом, полуавтоматическом (директорном) и ручном режимах управления. При взаимодействии с наземными азимутально- дальномерными и курсо-глиссадными радиомаяками система обеспечивает: программный набор высоты; маршрутный полет по заранее запрограмированным трем промежуточным точкам и четырем аэродромам; возврат на аэродром вылета или один из трех запасных аэродромов; привод самолета на незапрограмированный аэродром и посадку в ручном режиме; заход на посадку до высоты 50 м; повторный заход на посадку; полет на радиоориентир. Система «Полет-1 И» сопрягается с аппаратурой бортового наведения и бортовой РЛС и обеспечивает вывод самолета в зону обнаружения и атаки цели.
Ключевым элементом бортового электронного оборудования перехватчиков является система управления вооружением (СУВ), предназначенная для обеспечения перехвата и поражения воздушных целей днем и ночью в простых и сложных метеоусловиях с применением ракетного вооружения. Основу СУВ составляет РЛС «Смерч-А», а с середины 1970-х гг. – ее улучшенный вариант «Смерч-А2». Перехватчики МиГ-25ПД и МиГ-25ПДС оборудовались РЛС типа «Сапфир-25», которая также обозначалась как РП-25М или РП-25МН. Кроме РЛС, в состав СУВ входят: теплопеленга- тор ТП-26Ш (на МиГ-25ПД и МиГ-25ПДС); аналоговая вычислительная машина АВМ-25; аппаратура объективного контроля ПАУ-473. СУВ сопрягалась с запросщиком системы государственного опознования. Дальность обнаружения среднеразмерной цели РЛС «Сапфир-25» превышает 100 км. Перехватчики МиГ-25П оборудованы радиокомандной системой наведения с земли «Лазурь». На МиГ-25ПД и МиГ-25ПДС установлена новая аппаратура наведения и целеуказания БАН-75, взаимодействующая с наземным комплексом наведения «Луч-1».
Разведывательно-бомбардировочные модификации оснащены прицельно-навигационной системой «Пеленг-Д» (или «Пеленг-ДР», «Пеленг-ДМ»), в состав которой входят: инерциально-курсовая система ИКС-8; доплеровский измеритель скольжения и угла сноса ДИСС-Зс «Стрела» (позднее – ДИСС-7 «Поиск»); цифровая вычислительная машина ЦВМ-10-155 «Орбита-155». Самолеты несут станции постановки помех СПС-141, СПС-142, СПС-143 или СПС-151. На МиГ-25БМ установлен прицельный комплекс «Ягуар» со станцией обнаружения и целеуказания «Сыч-М».
Электрическая система самолета включает: два канала электроснабжения постоянным током с напряжением 28 В и две сети трехфазного переменного тока частотой 400 Гц и напряжением 208 В (для перехватчиков) или 115 В (для разведчиков). В каждом канале постоянного тока основными источником энергии является генератор ГСР-12КИС, а резервным – аккумуляторная батарея 15СЦС-45Б. Источники переменного тока – генераторы СГК-11/1,5КИС (или СГК-11/1,5КИС-М), вращающиеся от приводов постоянных оборотов ППО-20 (по одному на каждый двигатель). Так как ряд потребителей требует питания переменным током частотой 400 Гц и напряжением 36 В, к каждой сети подключены трансформаторы Т-1,5/02. В аварийной ситуации обеспечивается автоматическое выключение мощных потребителей электроэнергии для того, чтобы агрегаты, обеспечивающие посадку, могли проработать не менее 15 минут.