Постоянно растущая потребность в новых летчиках и положительный опыт их подготовки с использованием учебных Zlin 242L привели ВВС Македонии к решению о закупке нескольких новых самолетов этого типа. В результате ВВС получили два Zlin 242L и один Zlin 143L, заказанные в 2001 г. Министерством транспорта 8 рамках проекта по созданию летной академии гражданской авиации, который так и не был реализован. Таким образом. ВВС теперь располагают 6 учебными самолетами: 5 двухместными Zlin 242L и одним четырехместным Zlin 143L.
Реструктуризация македонских ВВС6 октября 2005 г. в силу вступила новая организационная структура ВВС Македонии. Штаб-квартира ВВС прекратила свое существование. а сами ВВС под обозначением Авиационная разведывательная и ударная группа (Vozduhoplovna Izviduvacka i Napadna Gru- pa – VING) вошли в состав вновь организованного Объединенного оперативного командования, которое напрямую подчинялось Генеральному штабу Армии Македонии. Наиболее существенной переменой стало расформирование 101-й эскадрильи, эксплуатировавшей Су-25 до того, как они -стали на прикол». Долгожданный роспуск этой части официально подтвердили в июне 2005 г. Практически сразу после этого последовало правительственное решение о продаже штурмовиков все еще официально не названной дружественной стране. Наиболее вероятным покупателем считалась Грузия, однако сделка не состоялась, т.к. Македонию не устроила предложенная за эти самолеты сумма.
Несмотря на исключение 101-й эскадрильи из новой структуры, ВВС Македонии по-прежнему состоят из четырех авиационных эскадрилий. А именно: эскадрильи боевых вертолетов (BHS), эскадрильи транспортных вертолетов (TRHS), учебной эскадрильи (TRS) и эскадрильи VIP-перевозок (VIP TS). В новую структуру входит также эскадрилья материально-технического обеспечения. К тому же. впервые в состав ВВС Македонии вошли Поисково-спасательный отржд и Отряд управления воздушным движением.
Помимо Су-25, планы реорганизации ВВС требовали также списания одного Ми-8Т и четырех Ми-24. Избавившись от них, Министерство обороны в течение последующих 10 лет могло бы сэкономить средства, на которые можно было бы приобрести летательные аппараты, признаваемые НАТО: 8 или 10 вертолетов (2-3 учебных Bell 206В Jet Ranger III, 4-6 вспомогательных Bell Huey II и один VIP-вариант вертолета фирмы Bell), а также один транспортный самолет. Командующий ВВС Македонии п-к Владимир Лазаров рассказал. что эскадрилья боевых вертолетов будет эксплуатировать только 8 Ми-24В, а эскадрилья транспортных вертолетов, располагающая тремя Ми-8МТ и тремя Ми-17, пополнится двумя вспомогательными UH-1Н Huey из состава учебной эскадрильи. Ан-2 тоже сменит хозяина и перейдет в эскадрилью VIP-перевозок. Эта эскадрилья получит также новый вертолет в VIP-варианте и транспортный самолет, закупка которых запланирована на следующий год. Наконец, учебная эскадрилья продолжит эксплуатацию шести учебных Zlin. К концу 2007 г. планируется передать в ее распоряжение, по крайней мере, два новейших вертолета Bell 206В Jet Ranger III. В планы входит и приобретение еще двух вертолетов этого же типа плюс, если позволит бюджет, одного Bell 206L Long Ranger IV или Bell 407, предназначенного для VIP-перевозок или обучения пилотов.
Единственным транспортным самолетом ВВС Македонии остается Ан-2
Учебные самолеты Zlin 242L и UTVA-75A21 сыграли свою роль в становлении ВВС Македонии
Модернизация вертолетов советской эры в Израиле
Программа реорганизации ВВС накануне вступления в НАТО потребовала также модернизации части существующего парка Ми-8МТ. Ми-17 и Ми-24. Предполагалось оборудование этих вертолетов приборами ночного видения, установка средств связи, соответствующих нормам ИКАО и НАТО, а также навигационного и опознавательного оборудования, необходимого для выполнения мирютворческих операций в рамках прхекта НАТО «Партнерство ради мира». Процесс серьезной подготовки ВВС Македонии к вступлению в НАТО начался в декабре 2003 г. Тогда правительство страны выделило 2 млн. долларов на контракт с израильской компанией «Элбит Системз», взявшей на себя обязательства по первой стадии модернизации двух Ми-17 и двух Ми-24В. Работы начались на авиабазе Петровец в феврале 2004 г. и завершились через 8 месяцев. Теперь все 4 модернизированных вертолета готовы к эксплуатации. Кабины их были перекомпонованы, в состав оборудования вошли очки ночного видения и системы ночного видения через лобовое стекло ANVIS/HUD. Последнее усовершенствование позволило ВВС Македонии стать одним из немногих эксплуатантов Ми-17 и Ми-24, оборудованных для работы ночью. Они оказались впереди таких членов НАТО, как Польша, Чешская Республика, Венгрия и Болгария. Военные представители НАТО из Комитета ПВО уже летали на двух вертолетах, прошедших первую стадию модернизации. и дали им высокую оценку.